Biblioteka genomowa

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

Biblioteka genomowa (też: bank genów, bank genomowy) – to kolekcja klonów (zazwyczaj bakterii), która jako całość zawiera co najmniej jedną kopię każdej sekwencji DNA obecnej w genomie organizmu, którego bibliotekę genomową utworzono.

Powstaje przez pocięcie całego genomu danego organizmu enzymami restrykcyjnymi, a następnie połączenie powstałych w ten sposób fragmentów DNA z wektorami (np. plazmidami lub kosmidami), tak że każdy wektor zawiera jeden, losowo wybrany fragment. Wektory te następnie wprowadza się do komórek bakteryjnych (np. bakterii Escherichia coli) – każda bakteria pobiera jeden wektor, a więc zawiera jeden fragment oryginalnego genomu. Taka bakteria, namnażając się, tworzy klon bakteryjny zawierający ten fragment. Tylko niektóre klony zawierają geny, część zawiera tylko fragmenty genów, większość sekwencje niekodujące. Fragmenty DNA niesione przez dwa klony mogą nakładać się na siebie, gdyż powstały przez losowe cięcie wielu kopii oryginalnego genomu. Biblioteka genomowa powinna być odpowiednio duża, aby prawdopodobieństwo, że każdy fragment oryginalnego genomu jest w niej obecny, wynosiło co najmniej 99%.

W zależności od zastosowanego systemu wektorowego banki genów mogą być różnej wielkości. Na wielkość banku wpływa pojemność klonująca systemu wektorowego. Bank jest tym większy im bardziej skomplikowany jest organizm. Jest on konstruowany w sposób dość przypadkowy.

Wzór Clarka–Carbona wykorzystywany do określenia liczby koniecznych (wymaganych) rekombinantów (klonów):

N = {\operatorname{ln}(1-P)\over\operatorname{ln}\left[1-\left({L-x\over M}\right)\right]}

gdzie:
N – liczba wymaganych klonów
P – prawdopodobieństwo z jakim jesteśmy w stanie znaleźć w danym banku dany gen
L – długość klonowanego fragmentu
x – wielkość szukanego genu
M – wielkość genomu

Rodzaje bibliotek genomowych[edytuj | edytuj kod]

  1. Biblioteki plazmidowe: pojemność 10 kb
  2. Biblioteki fagowe: pojemność 23 kb
  3. Biblioteki kosmidowe: pojemnść 45 kb
  4. Biblioteki YAC (Yeast artificial chromosome): pojemność 1000 kb