Bioinformatyka

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

Bioinformatyka to dyscyplina zajmująca się stosowaniem narzędzi matematycznych i informatycznych do rozwiązywania problemów z nauk biologicznych. Z bioinformatyką powiązane są: genomika, proteomika, metabolomika, transkryptomika i konektomika.

Podstawowe zagadnienia bioinformatyki[edytuj | edytuj kod]

  • katalogowanie informacji biologicznych (bazy danych, bazy danych sekwencji i wyszukiwanie sekwencji, adnotacji, danych numerycznych w bazach danych)
  • analiza sekwencji DNA (składanie sekwencji, adnotacja, wyszukiwanie sekwencji kodujących, regulatorowych i repetytywnych, motywów, markerów)
  • analiza sekwencji genomów, porównywanie genomów
  • ustalanie ewolucyjnych relacji pomiędzy zbiorami sekwencji / organizmów (drzewa filogenetyczne)
  • genotypowane (używane między innymi do wyszukiwania genów odpowiedzialnych za choroby genetyczne, w ustalaniu ojcostwa, kryminalistyce)
  • analiza ekspresji genów (głównie analiza danych z mikromacierzy)
  • analiza sekwencji białek, nazywana też proteomiką (porównywanie sekwencji, wyszukiwanie domen i motywów, przewidywanie własności fizyko-chemicznych, drugo- i trzecio-rzędowej struktury białka, lokalizacji w obrębie komórki, analiza danych z eksperymentów spektroskopowych)
  • katalogowanie funkcji genów/białek, analiza dróg metabolicznych (np metabolizm lipidów) oraz dróg sygnałowych (np od receptora na powierzchni komórki poprzez kaskadę kinaz do czynników transkrypcyjnych)
  • modelowanie układów biologicznych
  • wirtualne dokowanie (ang. virtual docking) - np. używając trójwymiarowej struktury aktywnego centrum enzymu ("zamek" albo "kieszonka" ang. pocket) przeszukuje się w komputerze tysiące małych cząsteczek z których kilka-kilkanaście ('kluczy') będzie miało kształt mieszczący się w centrum aktywnym. Pierwszy krok w kierunku odkrywania nowych leków.
  • komputery DNA
  • morfometria / analiza obrazu

Linki zewnętrzne[edytuj | edytuj kod]