KEGG

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
Skocz do: nawigacja, szukaj

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) - zbiór dostępnych w Internecie bioinformatycznych baz danych, które zawierają informacje nt. genomów i genów, szlaków metabolicznych (reakcji chemicznych i enzymów) i metabolitów. Znajdują się one w osobnych sieciach: białkowej, genetycznej i biochemicznej.

Informacje podstawowe[edytuj | edytuj kod]

KEGG została zapoczątkowana przez japoński program ludzkiego genomu (Laboratorium Kanehisa w Instytucie Badań Chemicznych) w 1995 r.[1]. Jej twórcy uważają KEGG za komputerowe odzwierciedlenie układu biologicznego[2]. Baza danych KEGG ma wiele zastosowań: modelowanie, symulacja, przeglądanie i pobieranie danych.

Bazy danych[edytuj | edytuj kod]

KEGG zawiera w sobie 5 baz danych:

  1. KEGG Atlas
  2. KEGG BRITE
  3. KEGG Genes
  4. KEGG Ligand - zawiera informacje o związkach i reakcjach chemicznych, które biorą udział w zachodzących w komórce procesach; składa się z następujących części:
    • Compound
    • Drug
    • Glycan
    • Reaction
    • RPAIR (Reactant pair alignments)
    • Enzyme
  5. KEGG Pathway – zawiera informacje na temat sieci komórkowych interakcji molekularnych i ich wariantów charakterystycznych dla konkretnych organizmów; jej części to:
    • Metabolism
    • Genetic Information Processing
    • Environmental Information Processing
    • Cellular Processes
    • Human Diseases
    • Drug development

Zobacz też[edytuj | edytuj kod]

Comparative Toxicogenomics Database - CTD łączy ze sobą KEGG pathways z genetycznymi danymi dotyczącymi toksykologii i chorób od nich zależnych.

Przypisy

  1. Minoru Kanehisa. A database for post-genome analysis. „Trends in Genetics”. 13 (9), s. 375-376, wrzesień 1997. doi:10.1016/S0168-9525(97)01223-7. ISSN 0168-9525. 
  2. Kanehisa M., Goto S., Hattori M., Aoki-Kinoshita KF., Itoh M., Kawashima S., Katayama T., Araki M., Hirakawa M. From genomics to chemical genomics: new developments in KEGG.. „Nucleic Acids Res”. Jan 1;34. Database issue, s. D354-7, 2005. doi:10.1093/nar/gkj102. PMID 16381885. 

Linki zewnętrzne[edytuj | edytuj kod]