Lepki koniec

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
Skocz do: nawigacja, szukaj

Lepki koniec (koniec kohezyjny) – kilkunukleotydowy jednoniciowy odcinek DNA znajdujący się na końcu dwuniciowego DNA[1].

Lepkie końce mogą być efektem hybrydyzacji łańcuchów jednoniciowych DNA o odpowiedniej sekwencji, np. syntetycznych oligonukleotydów[2], lub powstawać przez przecięcie dwuniciowej cząsteczki DNA enzymem restrykcyjnym[1].

Przykładowo enzym restrykcyjny EcoRI rozpoznaje sekwencję 5'-GAATTC-3' w dwuniciowym DNA:

5' G|A A T T C 3'
3' C T T A A|G 5'

i niesymetrycznie przecina dwuniciową cząsteczkę, w taki sposób, że na nowo powstałych końcach znajdują się jednoniciowe fragmenty o długości 4 nukleotydów z wystającym 5'.

5' G 3'               5' A A T T C 3'
3' C T T A A 5'               3' G 5'

Inny enzym restrykcyjny - PstI rozpoznaje sekwencję 5'-CTGCAG-3' i przecina ją w następujący sposób:

5' C T G C A|G 3'
3' G|A C G T C 5'

Co daje lepkie końce z wystającym 3':

5' C T G C A 3'                5' G 3'
3' G 5'                3' A C G T C 5'

Jak widać z powyższych przykładów, istnieją dwa rodzaje lepkich końców - z "wystającym" 3' lub 5' końcem DNA. Jest to istotne w biologii molekularnej podczas umieszczania insertu w wektorze.

Cząsteczki DNA zakończone komplementarnymi lepkimi końcami, w odróżnieniu od cząsteczek zakończonych tępymi końcami, mogą łączyć się ze sobą (hybrydyzować) poprzez wiązania wodorowe (stąd nazwa "lepkie"), co ułatwia ich ligację[3].

Przypisy

  1. 1,0 1,1 końce kohezyjne. Słownik terminów biologicznych PWN. [dostęp 2013-08-02].
  2. R. Crea, A. Kraszewski, T. Hirose, K. Itakura. Chemical synthesis of genes for human insulin. „Proc Natl Acad Sci U S A”. 75 (12), s. 5765-5769, 1978. PMID 282602. 
  3. Gregory J.S. Lohman, Stanley Tabor, Nicole M. Nichols: DNA Ligases. W: Current protocols in molecular biology. Willey & Sons, 2003. DOI:10.1002/0471142727.mb0314s94.