MMTK

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

MMTK Akronim od en Molecular Modelling Toolkit to zestaw narzędzi programowych do modelowania molekularnego. MMTK jest to oprogramowanie open source z wiodącym językiem Python, do wspomagania powszechnych działań w modelowaniu cząsteczek.

Pakiet zawiera:

  • konstrukcje systemów cząsteczkowych szczególnie dla białek i polinukleotydów
  • Nieskończone systemy dla periodycznych warunków brzegowych
  • geometryczne operacje na współrzędnych
  • Wizualizacje przy użyciu zewnętrznych PDB i VRLM przeglądarek
  • animację dynamicznych trajektorii
  • AMBER 94 oddziaływania polowe z wieloopcyjnym wybieraniem elektrostatycznych interakcji
  • siłowe pola deformacyjne dla szybkich NM obliczeń dla polipeptydów
  • minimalizacje energii w wersjach: stopniowej i ciągłej
  • Molekularną dynamikę z wyborem ustaleń termostatycznych, barostatycznych i odległościowych
  • NM profil analizy
  • operacje torów
  • dopasowywanie ładunków punktowych
  • obliczanie powierzchni cząsteczek
  • IO sprzężenie do innych programów


Linki[edytuj | edytuj kod]