Primer-dimer

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
Skocz do: nawigacja, szukaj

Primer-dimer (ang. primer dimer, także primer dimer problem) - potoczne określenie używane w biologii molekularnej odnoszące się do samoistnego tworzenia dimerów[1] (spowodowanego całkowitą lub częściową komplementarnością) pary primerów w danej reakcji PCR. Parowanie primerów tworzy dwuniciowy produkt (dwuniciowe RNA) i tym samym uniemożliwa lub utrudnia poprawne oddziaływanie primerów z matrycowym DNA.

Dana para primerów ma tendencję do tworzenia dimerów, gdy primery mają komplementarną sekwencję i tendencja jest tym wyższa, im niższa jest temperatura hybrydyzacji (annealingu), i im dłuższa sekwencja komplementarna. Także użycie matryc TempliPhi podczas sekwencjonowania – z nieznanego powodu, matryce te znacznie częściej powodują problem primer-dimer[2]. Na powstawanie dimerów primerów mogą mieć też wpływ warunki jonowe reakcji[potrzebne źródło].

Powstawanie podczas PCR dimerów primerów zmniejsza jej wydajność, a także zwiększa ilość produktów niespecyficznych rekacji, gdyż sparowane ze sobą primery stają się matrycą dla polimerazy DNA, konkurując w ten sposób z poprawnym matrycowym DNA. W skrajnych wypadkach może zupełnie uniemożliwić poprawne przeprowadzenie rekacji. Problem rozpoznawany jest podczas elektroforetycznego rozdzielania produktów reakcji na żelu – otrzymuje się słabo widoczne prążki dla specyficznych produktów reakcji (lub nie otrzymuje się ich wcale) i dodatkowy prażek lub prążki produktów niespecyficznych.

Rozwiazać problem może modyfikacja warunków temperaturowych reakcji, jednak czasami należy zupełnie przeprojektować primery (zmienić ich sekwencję).

Przypisy

  1. Termin "dimer" w tym kontekście nie oznacza rezultatu reakcji polimeryzacji, gdyż dimery są efektem oddziaływań chemicznych (wiązania wodorowe między primerami), a nie zachodzącą między nimi reakcją chemiczną.
  2. Sequencing Primer Dimer Formation