Batalion nie występował w pokojowej organizacji wojska. 3 lipca 1939 roku[1]5 batalion saperówsformował w alarmie batalion saperów dla 6 Dywizji Piechoty[2].
6 baon saperów o składzie: dowództwo baonu, dwie kompanie liniowe po 4 plutony, jedna kompania zmotoryzowana, pluton minerski i pluton transportowy oraz kolumna saperska. W czerwcu 1939 6 bsap udał się na Śląsk w celu wykonania prac saperskich. 25 sierpnia batalion osiągnął gotowość bojową i transportem kolejowym przeniósł się na Śląsk.
Zdzisław Józef Cutter: Polskie wojska saperskie w 1939 r. : organizacja, wyposażenie, mobilizacja i działania wojenne. Częstochowa: Wydawnictwo Wyższej Szkoły Pedagogicznej, 2003. ISBN 83-7098-834-2.
Zdzisław Józef Cutter: Saperzy II Rzeczypospolitej. Warszawa [etc.]: Pat, 2005. ISBN 83-921881-3-6.
Piotr Zarzycki, Plan mobilizacyjny „W”, Wykaz oddziałów mobilizowanych na wypadek wojny, Oficyna Wydawnicza „Ajaks” i Zarząd XII Sztabu Generalnego Wojska Polskiego, Pruszków 1995, ISBN 83-85621-87-3.
Adam Szugajew „Saperzy w służbie Polsce” Londyn 1985.