Shearer po dwóch latach w juniorskiej drużynie został powołany do pierwszego składu Southampton. W seniorskiej drużynie zadebiutował 26 marca 1988, wchodząc z ławki przeciwko Chelsea[1]. W meczu przeciwko Arsenalowi, mając 17 lat i 240 dni, został najmłodszym piłkarzem, który zdobył hat-tricka bijąc tym samym 30-letni rekord Jimmy’ego Greavesa[1]. Po zakończeniu sezonu podpisał pierwszy profesjonalny kontrakt[2]. W letnim okienku transferowym 1992 r. Shearer został sprzedany za 3,3 mln funtów do Blackburn Rovers[3]. Jego dorobek w Southampton to 43 gole w 158 meczach[4]
Po przeprowadzce z Southampton doznał kontuzji więzadła krzyżowego w grudniu 1992, przez co nie mógł grać przez pół sezonu. Sezon zakończył strzelając 16 goli w 21 spotkaniach. W sezonie 1993-94 razem z drużyną zdobył wicemistrzostwo Anglii, w 40 meczach strzelił 31 bramek[5]. Następny rok przyniósł Shearerowi koronę króla strzelców Premier League z 34 bramkami na koncie[6], co jest nadal rekordem ilości goli. Otrzymał również nagrodę najlepszego zawodnika roku w Anglii przyznawaną przez graczy[7]. Blackburn zdobyło wtedy mistrzostwo kraju[6]. W sezonie 1995/96 również sięgnął po koronę króla strzelców tym razem strzelając 31 bramek[6], lecz drużynie nie udało się powtórzyć sukcesu sprzed roku.
