Klub sportowy SBGSA Atalanta został założony w miejscowości Bergamo 17 października 1907 roku[1]. Klub wziął nazwę od mitologicznej atletki Atalanty. Natychmiast zapisał się do F.I.F., ale rozgrywał jedynie mecze towarzyskie. Dopiero w sezonie 1914/15 zespół startował w mistrzostwach Promozione Lombarda (D2). Po zakończeniu I wojny światowej w sezonie 1919/20 klub został zakwalifikowany do Prima Categoria, w której zajął trzecie miejsce w grupie B Prima Categoria Lombarda. W lutym 1920 klub połączył się z Bergamasca di Ginnastica e Scherma, po czym nazwa klubu otrzymała brzmienie Atalanta e Bergamasca di Ginnastica e Scherma, a następnie uproszczonado Atalanta Bergamasca Calcio. W następnym sezonie 1920/21 zespół uplasował się na czwartej pozycji w grupie EPrima Categoria Lombarda. 24 lipca 1921 roku, podczas zgromadzenia na którym przedstawiono Projekt Pozzo, plan reformy mistrzostw, który przewidywał zmniejszenie mistrzostw Pierwszej Dywizji Północnej do zaledwie 24 uczestników w porównaniu z 64 uczestnikami mistrzostw sezonu 1920/21, 24 największe włoskie kluby odłączyli się od FIGC, tworząc federację (CCI) i mistrzostwo (Prima Divisione, znane również jako Torneo delle 24). Klub zdecydował się pozostać w szeregach FIGC, zajmując w sezonie 1921/22 trzecie miejsce w grupie B mistrzostw Prima Categoria Lombarda. Przed rozpoczęciem sezonu 1922/23 ze względu na kompromis Colombo dotyczący restrukturyzacji mistrzostw, klub został zakwalifikowany do rozgrywek Seconda Divisione Lega Nord (D2), w których najpierw zwyciężył w grupie C, a w półfinale zajął drugie miejsce w grupie B. W następnym sezonie 1923/24 był trzecim w grupie B Seconda Divisione Lega Nord.
Po reorganizacji systemu ligi w 1926 i wprowadzeniu najwyższej klasy, zwanej Divisione Nazionale klub w sezonie 1926/27 zajął drugie miejsce w grupie B Prima Divisione (D2). W następnej sezonie 1927/28 najpierw zwyciężył w grupie A Prima Divisione, a potem w finale również był pierwszym, zdobywając promocję do Divisione Nazionale. Jednak klub nie zatrzymał się na długo na najwyższym poziomie, po zajęciu 14 pozycji w grupie A Divisione Nazionale w sezonie 1928/29, spadł z pierwszej dywizji. W sezonie 1929/30 po podziale najwyższej dywizji na Serie A i Serie B, klub został zakwalifikowany do Serie B. W 1937 zespół awansował po raz pierwszy do Serie A, ale szybko został zdegradowany. Powrócił w 1940 i utrzymał się w niej do 1959. Po roku pobytu w Serie B, powrócił do najwyższej klasy rozgrywek, by pozostać w niej do 1973. W 1964 roku drużyna zdobyła Puchar Włoch, a rok później doszła do półfinału Pucharu Zdobywców Pucharów. W 1981 klub został zdegradowany do Serie C1. Do drugiej ligi powrócił rok później, a w 1985 awansował ponownie do najwyższej klasy rozgrywek we Włoszech. Od tej pory klub balansuje między Serie A a Serie B. Atalanta była degradowana w 1988, 1995 i 1998. W 2006 znów powróciła do Serie A. W 2010 roku Atalanta ponownie znalazła się w drugiej lidze. W 2011 roku po raz kolejny awansowała do Serie A.
Największym osiągnięciem drużyny było trzecie miejsce w lidze w 2019, 2020 i 2021.
Q – runda eliminacyjna, 1/16, 1/8, 1/4, 1/2 – odpowiednia faza rozgrywek, Grupa – runda grupowa, 1r gr – pierwsza runda grupowa, 2r gr – druga runda grupowa, F – finał, R – runda, PO – play-off
k. – rzuty karne, los. – losowanie, Dogr. – dogrywka, w. – zasada bramek strzelonych na wyjeździe
Sporting CP
Merthyr Tydfil
OFI Kreta
KV Mechelen
Spartak Moskwa
Dinamo Zagrzeb
Fenerbahçe SK
1. FC Köln
Inter Mediolan
Everton
Olympique Lyon
Apollon Limassol
FK Sarajevo
Hapoel Hajfa
FC København
Dinamo Zagrzeb
Szachtar Donieck
Valencia
Ajax
BSC Young Boys
