DrugBank

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

DrugBank – ogólnodostępna i bezpłatna baza informacji o lekach, utworzona w 2006 roku przez zespół Craiga Knoxa i Davida Wisharta z Wydziału Informatyki i Nauk Biologicznych Uniwersytetu Alberty w Kanadzie. Łączy dane z dziedziny chemii, biochemii, genetyki, farmakologii i farmakokinetyki.

Baza zawiera informacje o prawie 4800 lekach, w tym:

Ponadto w bazie znajduje się ponad 2500 sekwencji białek będącymi celami biologicznymi leków.

Informacje w bazie DrugBank pochodzą głównie z 29 innych serwisów internetowych[1]. Część informacji pochodzi z publikacji i podręczników.

Budowa bazy[edytuj | edytuj kod]

Leki w bazie podzielone są na kategorie:

  • Approved – leki zaaprobowane przez FDA, o udowodnionej skuteczności działania,
  • Biotech – leki otrzymywane metodami biotechnologicznymi (białka i peptydy),
  • Small Molecule – leki nie będące polimerami lub kopolimerami,
  • Nutraceutical – suplementy diety w formie farmaceutycznej,
  • Experimental – leki stosowane w badaniach eksperymentalnych,
  • Withdraw – leki wycofane z użycia w Kanadzie,
  • Illicit – substancje nielegalne lub których użycie jest ściśle kontrolowane w Kanadzie.

Informacje o lekach zebrane są w postaci karty leku (ang. DrugCard). Każda substancja posiada oddzielną kartę z przypisanym unikatowym identyfikatorem w formacie DBnumerkarty, np. DB00203 (Sildenafil). Karta leku zawiera 103 pola, podzielone na trzy części:

  • Drug Field (kolor niebieski) – pola dotyczące danego leku,
  • Target Field (kolor czerwony) – pola dotyczące białka docelowego,
  • Enzyme Field (kolor zielony) – pola dotyczące enzymu metabolizującego lek.

DrugBank umożliwia ściągnięcie:

  • sekwencji białek/genów w formacie FASTA,
  • wzorów strukturalnych wszystkich leków w formacie SDF,
  • wszystkich kart leków w jednym pliku tekstowym (o rozmiarze około 85 MB).

Wyszukiwanie informacji[edytuj | edytuj kod]

DrugBank pozwala na wyszukiwanie informacji na cztery sposoby:

  1. Wyszukiwarka – wyszukiwanie poprzez podstawowe pola wyszukiwania znajdujące się na każdej podstronie serwisu lub cztery podtypy wyszukiwania, znajdujące się w zakładce Search:
    • ChemQuery – zawiera cztery możliwości wyszukiwania:
      • Structure – narzędzie pozwalające wyszukać narysowany dwuwymiarowy wzór strukturalny,
      • Molecular Weight – filtr substancji w granicach podanych mas atomowych i typu leków,
      • SMILES – wyszukiwanie na podstawie wpisanego kodu SMILES,
      • Chemical Formula – wyszukiwanie substancji na podstawie wpisanego wzoru chemicznego.
    • TextQuery – wyszukiwanie tekstowe z możliwością zastosowania operatorów oraz kilkudziesięciu komend,
    • Sequence Search – wyszukiwanie na podstawie sekwencji w formacie FASTA oraz parametrów algorytmu BLAST,
    • Data Extractor – narzędzie pozwalające na konstruowanie zapytań i wybieranie różnych sposobów wyświetlania informacji.
  2. DrugBank Browse – przeglądarka wszystkich leków zestawionych w tabeli i uszeregowanych według identyfikatora.
  3. Pharma Browse – przeglądarka, w której leki uszeregowane są według grup farmakologicznych w postaci listy.
  4. Geno Browse – przeglądarka łącząca efekt stosowania leku z konkretnym allelem genu.

Przypisy

  1. DrugBank: Data sources (ang.). [dostęp 2010-03-21].

Bibliografia[edytuj | edytuj kod]

Linki zewnętrzne[edytuj | edytuj kod]