W czasach krzyżackich wieś pojawia się w dokumentach w roku 1351, podlegała pod komturię w Olsztynku, były to dobra rycerskie o powierzchni 27 włók[1]. Wieś lokowana w 1351 r. na 27 łanach na prawie chełmińskim, przez komtura ostródzkiego Gunther von Hohenstein. Nadanie otrzymali wolni Prusowie, bracia: Henryk, Herman, Pomens, Windik i Gedik. Wieś wzięła nazwę od imienia najstarszego z braci - Heinrichdorf. W 1540 roku mieszkało we wsi 7 wolnych (każdy posiadach 2-4 łany ziemi) i jeden zagrodnik. W 1606 roku wolni z Gębin, Tomaszyna i Witułt wnieśli skargę do elektora na burgrabiego olsztyneckiego, który odebrał im przywilej warzenia piwa. Na początku XVIII w. we wsi było 10 chłopskich gospodarstw. W 1939 roku w Gębinach było 19 domów i 100 mieszkańców. W 1997 w osadzie był jeden i 7 osób. W 2007 r. mieszkały już tylko cztery osoby.
↑Cz. Baszyński: Osadnictwo komturstwa ostródzkiego do połowy XV w. Zapiski historyczne, t. 25, 1960, str.: 103-118, za Ostróda. Z dziejów miasta i okolic. Pojezierze, Olsztyn, 1976, 448 str.