Syn Stanisława na Gninie i p. Cieleckiej. W młodości przebywał na dworze Stanisława Lubomirskiego. W roku 1645 uczestniczył w poselstwie, wyprawionym do Paryża przez Marię Ludwikę. W roku 1647 otrzymał starostwo gnieźnieńskie. W listopadzie i grudniu 1657 posłował do Danii by przygotować współpracę wojskową przeciwko Szwedom. Brał udział w wojnach polsko-szwedzkich. Wielokrotnie (lata: 1646, 1647, 1650, 1652, 1653-1654, 1658, 1659, 1662 i 1664) był posłem na sejm, 2 razy obrany marszałkiem sejmu (1659 i 1665), a 3-krotnie (1658, 1662 i 1673) marszałkiem trybunału. W roku 1659, nominowany już na podkomorstwo pomorskie, został wybrany komisarzem do układów pokojowych w Oliwie. W 1660 otrzymał starostwo nakielskie. Jako wierny zwolennik polityki Marii Ludwiki, regent kancelarii (1661 – mniejszej, 1664 – większej) i pierwszy sekretarz królewski, odgrywał ważną rolę na dworze królewskim. Po sejmie 1664/1665, gdzie z ramienia stronnictwa dworskiego forsował działania przeciwko Jerzemu Lubomirskiemu, został podskarbim nadwornym. W roku 1667 ponownie posłował do: Szwecji, Danii i książąt niemieckich, w sprawie pomocy dla Polski walczącej z Turkami. W 1668 został mianowany wojewodą chełmińskim (funkcję sprawował do 1680). Na sejmie elekcyjnym 1670 wyznaczono go na posła i pierwszego komisarza do rokowań z Moskwą, dokąd udał się w roku 1671. Dwa lata później brał udział w bitwie pod Chocimiem. W czasie elekcji 1674 roku został sędzią generalnego sądu kapturowego[7]. Elektor Jana III Sobieskiego z województwa chełmińskiego w 1674 roku[8]. Po elekcji Jana III Sobieskiego pełnił, będąc współpracownikiem króla, funkcje kanclerskie. Z odbytych później, najsłynniejszym było poselstwo z lat 1677-1678 do Turcji celem ratyfikacji traktatów żurawińskich, w których towarzyszył mu m.in. Samuel Proski. Po śmierci żony, Doroty z Jaskólskich, w roku 1679 przywdział szaty duchowne. W 1681 został mianowany podkanclerzem koronnym, a nieco wcześniej wojewodą malborskim (1680-1681). Brał udział, towarzysząc Janowi III Sobieskiemu, w odsieczy wiedeńskiej (1683) i w 2 bitwach pod Parkanami.
Mowa podczas wręczania dyplomu elekcji Michałowi Korybutowi Wiśniowieckiemu 7 lipca 1669, wersję łacińską ogł. A. C. Załuski Epistolarum historico-familiarum tomus primus, Braniewo 1709, s. 132-134; wersja pol.: rękopis Biblioteki Ossolińskich, nr 244/II k. 21-24
Relacja legacji tureckiej... do Machmet sołtana... w roku Pańskim 1677, wygłoszona na sejmie grodzieńskim 9 i 10 lutego 1679, wyd. F. Pułaski pt. "Źródła do poselstwa Jana Gnińskiego... do Turcji w latach 1677-1678", Warszawa 1907, Biblioteka Ordynacji Krasińskich, Muzeum K. Świdzińskiego t. 20/22 (tu także reprodukcje – jedna wielobarwna – współczesnych obrazów ukazujących sceny z poselstwa), fragmenty przedr. A. Przyboś, R. Żelewski Dyplomaci w dawnych czasach. Relacje staropolskie z XVI-XVIII stulecia, Kraków 1959; rękopis (oryginał) znajdował się w Bibliotece Krasińskich, nr 708 (vel 3606)
Mowa wygłoszona na sejmie grodzieńskim 8 lutego 1679, wyd. F. Pułaski pt. "Źródła do poselstwa Jana Gnińskiego... do Turcji w latach 1677-1678", Warszawa 1907, Biblioteka Ordynacji Krasińskich, Muzeum K. Świdzińskiego t. 20/22
Do Michała Kazimierza Radziwiłła, Kadzyń: 8 października i 3 listopada 1669; Bóbr, 11 października 1671; ogł. M. Malinowski Źródła do dziejów polskich, t. 2, Wilno 1884
Listy od papieskiego Sekretariatu Stanu z 1674, wiad. podał P. Savio "De actis Nuntiaturae Poloniae quae Partem Archivi Secretariatus Status constituunt", Watykan 1947, Studia Teologiczne XIII, s. 139
Korespondencja z lat 1677-1679 (listy i pisma urzędowe, m.in. do i od: Jana III Sobieskiego, S. Jabłonowskiego, Mirona Kostyna, A. Modrzejowskiego, K. Paca, J. Potockiego, S. Proskiego, A. Trzebickiego, D. Wiśniowieckiego, S. Wydżgi i M. Zamoyskiego), wyd. F. Pułaski pt. "Źródła do poselstwa Jana Gnińskiego... do Turcji w latach 1677-1678", Warszawa 1907, Biblioteka Ordynacji Krasińskich, Muzeum K. Świdzińskiego t. 20/22
Pro informatione, in qualibus functionibus Rpcae Polonae... Joannes Gniński... existebat (biografia łacińska, obejmująca okres lat 1644-1677), ogł. F. Pułaski pt. "Źródła do poselstwa Jana Gnińskiego... do Turcji w latach 1677-1678", Warszawa 1907, Biblioteka Ordynacji Krasińskich, Muzeum K. Świdzińskiego t. 20/22, s. 473-475.
Akta rozmaite (pisma dyplomatyczne, instrukcje, rachunki, itp.) związane z poselstwem do Turcji w latach 1677-1678, wyd. F. Pułaski pt. "Źródła do poselstwa Jana Gnińskiego... do Turcji w latach 1677-1678", Warszawa 1907, Biblioteka Ordynacji Krasińskich, Muzeum K. Świdzińskiego t. 20/22.
↑Paweł Czaplewski, Senatorowie świeccy, podskarbiowie i starostowie Prus Królewskich: 1454-1772, , Toruń 1921, s. 109.
↑Urzędnicy centralni i nadworni Polski XIV-XVIII wieku. Spisy". Oprac. Krzysztof Chłapowski, Stefan Ciara, Łukasz Kądziela, Tomasz Nowakowski, Edward Opaliński, Grażyna Rutkowska, Teresa Zielińska. Kórnik 1992, s. 168.
↑Rocznik Służby Zagranicznej Rzeczypospolitej Polskiej według stanu na 1 kwietnia 1938, Warszawa 1938, s. 67.
↑Rocznik Służby Zagranicznej Rzeczypospolitej Polskiej według stanu na 1 kwietnia 1938, Warszawa 1938, s. 140.
↑Rocznik Służby Zagranicznej Rzeczypospolitej Polskiej według stanu na 1 kwietnia 1938, Warszawa 1938, s. 135.
↑Rocznik Służby Zagranicznej Rzeczypospolitej Polskiej według stanu na 1 kwietnia 1938, Warszawa 1938, s. 57.
↑Porządek Na Seymie Walnym Elekcyey Między Warszawą a Wolą, przez opisane Artykuły do samego tylko Aktu Elekcyey należące, uchwalony y postanowiony, Roku Pańskiego Tysiąc Szesc Set Siedmdziesiat Czwartego, dnia Dwudziestego Miesiaca Kwietnia, s. 7.
Jan Gniński był zleceniodawcą budowy zaprojektowanego około 1684 roku przez Tylmana z Gameren barokowego pałacu przy ul. Tamka w Warszawie, zwanego (nieprawidłowo) Zamkiem Ostrogskich.
