Swoją karierę piłkarską Maniatis rozpoczął w klubie AO Thiva. W 2003 roku został zawodnikiem Panioniosu Ateny. W 2004 roku awansował do kadry pierwszej drużyny Panioniosu, a 20 lutego 2005 zadebiutował w pierwszej lidze greckiej w wygranym 2:1 domowym meczu z OFI 1925. Od sezonu 2006/2007 był podstawowym zawodnikiem Panioniosu. W Panioniosie grał do końca 2010 roku.
Na początku 2011 roku Maniatis przeszedł z Panioniosu do Olympiakosu. W klubie z Pireusu swój debiut zanotował 23 stycznia 2011 w zwycięskim 1:0 wyjazdowym spotkaniu z Asterasem Tripolis. W sezonie 2010/2011 wywalczył z Olympiakosem swój pierwszy w karierze tytuł mistrza Grecji. W następnych czterech sezonach wraz z Olympiakosem cztery razy zdobywał mistrzostwo Grecji. W styczniu 2016 roku został wypożyczony do Standardu Liège, z którym w sezonie 2015/2016 zdobył Puchar Belgii. W połowie 2016 roku wrócił do Olympiakosu. W 2017 grał w PAE Atromitos, a następnie trafił do Alanyasporu.
