Na terenie wsi znaleziono groby z VI wieku p.n.e.[2] Pięć wieków później istniała tu osada, przez którą przechodził Szlak Bursztynowy (z tego okresu pochodzą znalezione kolie bursztynowe). Na początku XIV wieku między właścicielem wsi Zychem a cystersami z Oliwy toczył się spór o tutejsze grunty. Na wzniesieniu, na północ od stawu, we wsi znajdował się kiedyś dwór, stanowiący własność Zygmunta Krasińskiego. Po II wojnie światowej zdewastowany i opuszczony, popadł w ruinę i został rozebrany.
W latach 1773-1918 Kleszczewko podlegało administracji zaboru pruskiego, natomiast w 1919 znalazło się na terenie Wolnego Miasta Gdańska, pomimo usilnych starań właściciela Kleszczewka – Franciszka Wojnowskiego – o przyłączenie wsi i okolic do Polski. Na przedwojennych mapach Polski wieś widnieje pod nazwą Kleszczyn[3].