Karierę trenerską rozpoczął w 1994, trenując grupy młodzieżowe w klubie CWKS Legia Warszawa. Po czterech latach pracy w Legii, został trenerem juniorów warszawskiego klubu. Przez dwa lata odbywał również staż w autonomicznym klubie Legia Warszawa, którego trenerem był wówczas Paweł Janas[1]. Od 1998 samodzielnie prowadził klub piłkarski Szkoły Mistrzostwa Sportowego w Piasecznie.
W 1999 trafił do Amiki Wronki, gdzie zajmował się pracą z młodzieżą. W 2002 doprowadził juniorów starszych Amiki do mistrzostwa Polski[2]. Przed sezonem 2002/2003 został trenerem rezerwowej drużyny Amiki Wronki, zastępując na tym stanowisku Czesława Michniewicza[3]. W kwietniu 2003, po przegranym spotkaniu z Obrą Kościan Skorża zapowiedział, że już nie będzie szkoleniowcem rezerw Amiki Wronki[4]. Następnie przez krótki okres był asystentem Mirosława Jabłońskiego w Wiśle Płock.
W latach 1997–1999 współpracował z Pawłem Janasem, prowadząc "bank informacji" w olimpijskiej reprezentacji Polski. W maju 2003 po raz kolejny został asystentem Janasa, tym razem w kadrze narodowej seniorów. Ze stanowiska asystenta selekcjonera reprezentacji Polski odszedł po Mistrzostwach Świata 2006.
W 2004, po zwolnieniu Stefana Majewskiego z posady pierwszego trenera Amiki ponownie podjął współpracę z tym klubem na stanowisku trenera-menedżera (pełniąc jednocześnie funkcję asystenta selekcjonerareprezentacji Polski). W listopadzie 2005 zrezygnował z funkcji trenera Amiki.
13 czerwca 2007 podpisał kontrakt z Wisłą Kraków. Z Wisłą dwukrotnie, w sezonach 2007/2008 i 2008/2009, zdobył Mistrzostwo Polski. W krakowskim klubie pracował do 15 marca 2010, kiedy to został zwolniony ze stanowiska trenera "Białej Gwiazdy" po nieudanym początku rundy rewanżowej sezonu 2009/2010[5]. Zastąpił go Henryk Kasperczak[6].
Od czerwca 2010, przez dwa kolejne sezony Skorża był trenerem Legii Warszawa, z którą dwukrotnie wygrał rozgrywki Pucharu Polski.
26 września 2012 został trenerem saudyjskiego klubu Ettifaq FC. W sezonie 2012/2013 ligi saudyjskiej zajął z drużyną szóste miejsce. W czerwcu 2013 poinformował, że nie przedłużył kontraktu i odszedł z klubu[7].
