Tomasz Mieszkowski w młodym wieku wyjechał do Niemiec, gdzie rozpoczął karierę w 1991 roku w barwach EC Kassel, w którym grał do 1992 roku, grając w 28 meczach w III ligi niemieckiej, w których strzelił 2 gole.
Następnie w latach 1992-1995 Tomasz Mieszkowski reprezentował barwy EC Wilhelmshaven-Stickhausen, gdzie rozegrał 42 mecze oraz strzelił 6 bramek w 2. Bundesligi niemieckiej. Potem w latach 1995-1997 Tomasz Mieszkowski był zawodnikiem Herner EV, gdzie w 2. Bundeslidze niemieckiej rozegrał 87 meczów oraz strzelił 15 goli. Następnymi klubami w karierze Tomasza Mieszkowskiego były kluby III ligi niemieckiej: ES Weißwasser (2000-2002 - 86 meczów, 7 bramek), SC Riessersee (2002-2003 - 56 meczów, 1 bramka) oraz ETC Crimmitschau, gdzie w 2005 roku po rozegraniu 52 meczów i strzeleniu 2 bramek w lidze, w wieku 33 lat zakończył sportową karierę. Łącznie w 2. Bundeslidze niemieckiej rozegrał 238 mecze oraz strzelił 30 bramek, a w III lidze niemieckiej rozegrał 285 meczów oraz strzelił 14 bramek.