19 maja 1991 ponad 90% Chorwatów opowiedziało się za odłączeniem od Jugosławii i utworzeniem niepodległego państwa chorwackiego. Referendum zostało jednak zbojkotowane przez Serbów zamieszkałych na terenach objętych głosowaniem. Po plebiscycie większość Serbów, która nie pogodziła się z nową konstytucją Chorwacji, w której zostali zdegradowani z równouprawnionej ludności do mniejszości narodowej, opowiedziało się za odłączeniem od Chorwacji i pozostaniem przy Jugosławii.
Według spisu statystycznego stworzonego na początku 1991, na terenie późniejszej Republiki Serbskiej Krajiny żyło ogółem ok. 470 tys. ludzi, z tego 246 tys. (59,7%) Serbów, 168 tys. (30,2%) Chorwatów i 56 tys. (10,1%) zaliczanych do innych narodowości.
W sierpniu 1991 Serbowie kontrolowali jedną trzecią terenów państwa chorwackiego. 19 grudnia 1991 proklamowali niepodległą Republikę Serbskiej Krajiny, która nie została jednak uznana przez większość innych państw.
Jesienią 1991 doszło do bitwy o Vukovar, w której zniszczona została większość miasta, a ludność cywilna została wypędzona. Vukovar został w listopadzie 1991 zdobyty przez Serbów. W tym też czasie jugosłowiańska armia (w większości rekrutująca się w tych rejonach z Czarnogórców) rozpoczęła blokadę i ostrzał (z ziemi oraz morza) zabytkowego miasta Dubrownik. Głównym celem atakujących była próba przyłączenia tego terenu (oddzielonego od pozostałej części Chorwacji fragmentem wybrzeża należącego do Bośni) do Czarnogóry lub proklamowania separatystycznej nowej Republiki Dubrownickiej[3]. Trwał on do maja 1992 i zakończył porażką armii jugosłowiańskiej, przy jednoczesnym znacznym zniszczeniu miasta.
W maju 1995 armia chorwacka zdołała opanować w ramach operacji „Błysk” wschodnią część Slawonii. W sierpniu tego samego roku armia chorwacka pod dowództwem gen. Ante Gotoviny wraz z policją opanowała w ramach operacji „Burza” całą Republikę Serbskiej Krajiny.