Tomasz Zdebel rozpoczynał swoją karierę klubową jako młodzieżowiec w klubach śląskich, najpierw w Rozwoju, a potem GKS Katowice. Jeszcze w latach 80. wyjechał do Niemiec, gdzie kontynuował karierę w 2. Bundeslidze, w zespołach Fortuna Düsseldorf, a od 1990 roku Rot-Weiss Essen. W klubie z Essen grał do 1992, kiedy to przeszedł do zespołu Bundesligi1. FC Köln. W 1. lidze zadebiutował dopiero w sezonie 1993/1994. Z drużyną z Kolonii grał regularnie w Bundeslidze, zawsze plasując się w środku tabeli. Ogółem rozegrał dla klubu 57 meczów i zdobył 2 bramki. W 1997 przeszedł do klubu belgijskiegoLierse SK, z którym występował w Eerste klasse, a w 1999 roku zdobył Puchar Belgii. Ogółem do sezonu 1999/2000 rozegrał tam 88 meczów i zdobył 8 bramek. Sezon 2000/2001 zaczął jako zawodnik tureckiegoGençlerbirliği Ankara, występującego w Superlidze. Już w 2001 roku zdobył z drużyną Puchar Turcji. Występował również w rozgrywkach Pucharu UEFA. Dla Gençlerbirliği zagrał 79 razy w trzech sezonach i zdobył 12 goli. Od 2003 roku Tomasz Zdebel jest zawodnikiem VfL Bochum. W 2004 zajął z klubem wysokie, 5. miejsce, w Bundeslidze i zakwalifikował się do Pucharu UEFA, jednak sezon później klub Zdebela spadł z ligi. W 1. Bundeslidze w barwach klubu z Bochum Polak zagrał 62 razy i zdobył 3 bramki. Po przesunięciu na początku roku 2009 do rezerw VfL Bochum zawodnik wyznawał w wywiadach, iż czuje się "oszukany i wykorzystany", zaś przesunięcie do drużyny występującej w Oberlidze nazwał "ciosem w twarz"[1]. W związku z tym zdecydował się na zmianę klubu. W przerwie zimowej sezonu 2008/09, 7 stycznia2009 roku został zakupiony przez Bayer 04 Leverkusen. Po ponad rocznym pobycie w Leverkusen i nielicznych występach, 29 marca2010 podpisał kontrakt z klubem 2. Bundesligi, Alemannia Aachen, ważny do 30 czerwca2011[2]. Umowa nie została przedłużona.
Od marca 2015 roku jest trenerem piątoligowego SV Bergisch Gladbach 09[3].