Od sezonu 1986/87 wprowadzono nowy system punktowania, drużyna, która wygrała różnicą 3 bramek (np. 3:0, 4:1) otrzymywała 3 pkt., przegrany różnicą 3 bramek (minus) – 1 pkt. W przypadku remisu bez zmian 1 pkt. Nie dotyczyło to walkowerów, gdzie przyznawano 2 pkt. za walkower (3:0). W tabeli liczbę meczów za „3” i za „-1” zaznaczono w nawiasach.
Następną nowością było wprowadzenie baraży o awans do 1 Ligi, walka o premiowane miejsce toczyła się pomiędzy 2 i 3 drużyną ligi (bezpośredni dwumecz). Baraże o utrzymanie się w lidze zostały wprowadzone także dla zespołów z miejsc 11-14, zwycięzcy dwumeczu pozostawali w II lidze. Historyczny awans
Jeden z najlepszych sezonów w historii klubu, Jagiellonia po raz pierwszy awansowała do 1 ligi. Autorem tego sukcesu był trener Janusz Wójcik, asystent Ryszard Karalus, sztab działaczy i przede wszystkim drużyna. Kadra w porównaniu z zeszłym sezonem była podobna, w Jagiellonii występowało 11 wychowanków klubu. Podziw budził styl w jakim białostoczanie ogrywali swoich rywali, bardzo dobre przygotowanie fizyczne, bardzo dobra obrona i bramkarz Mirosław Sowiński, który pobił następny rekord klubowy nie wpuszczając gola przez 1011 minut. Niewątpliwie najbardziej błyszczał atak Jagiellończyków, a w nim Jacek Bayer, który z 23 trafieniami został królem strzelców II ligi wschodniej.
Pierwsza runda była wyrównana, Jagiellończycy rywalizowali z Górnikiem Knurów oraz Stalą Stalowa Wola i różnice pomiędzy nimi były niewielkie. W drugiej rundzie Jagiellonia grała jeszcze lepiej, wygrała ze swoimi głównymi rywalami i zakończyła sezon z 15 punktami przewagi.
Po meczu z Górnikiem Knurów (29 kol.) w trakcie fety z okazji awansu, kibice spalili jeans-ową kurtkę Janusza Wójcika, którą to trener nosił na wszystkich spotkaniach zespołu. Było to oczywiście zaplanowane jako symboliczne pożegnanie się raz na zawsze z II ligą[1]. Gra w reprezentacji
Dobra postawa na boisku została zauważona także w kraju, białostoczanie byli powoływani ma mecze reprezentacji juniorów i seniorów. Pierwszym piłkarzem występującym w barwach drużyny narodowej był Jarosław Michalewicz, debiutował 23 lutego 1987r. w meczu z belgijskim klubem VVV Truident 2:1, gdzie strzelił bramkę.
Debiutem na skalę międzynarodową okazał się występ Jacka Bayera (grał od 45 min.) w meczu z Cyprem zremisowanym 0:0. Mecz odbył się 12.04.1987r. w Gdańsku w ramach eliminacji do Mistrzostw Europy 1988. Kibice
Dobra gra zespołu spowodowała niezwykłe zainteresowanie kibiców. Żywiołowy doping i gorąca atmosfera to był standard na meczach „Jagi”, która rozgrywała swoje mecze na stadionie Gwardii (poj. około 30 tys.). Jagiellonia dysponowała stadionem o znacznie mniejszej pojemności. Na mecze Jagiellonii przychodziły tłumy, od 15 do 30 tys., co na ówczesne czasy było liczbą rekordową, przekraczającą kilka razy średnią w innych spotkaniach I-ligowych. W tym czasie powstały fan kluby Jagiellonii w okolicznych miastach regionu, na mecze zjeżdżali kibice z całego województwa. Najbardziej zagorzali z nich, towarzyszyli Jagiellonii w meczach wyjazdowych, czasami w liczbie porównywalnej lub większej niż gospodarze. Puchar Polski
W rozgrywkach Pucharu Polski Jagiellonia w 1/64 pokonała (na wyjeździe) 5:0 Mazovię Ciechanów, w następnej rundzie uległa (na wyjeździe) Wiśle Puławy 1:1 (5:4 w karnych) i odpadła z dalszej rywalizacji.
Jagiellonia rozpoczęła przygotowania do nowego sezonu obozem przygotowawczym w Suwałkach (14-26 lipca), następnie odbyły się mecze sparingowe w Siemiatyczach oraz Tomaszowie Mazowieckim i Białymstoku. Od 20 lutego obóz przygotowawczy do rundy wiosennej w Swarzędzu, natomiast od 1 do 8 marca piłkarze przebywali na zgrupowaniu w Erfurcie (DDR).
Mirosław Sowiński
86(j) z Motor Lublin
86(w) do Wigry Suwałki 
Erfurt