Sezon 1939/1940 był siódmym sezonem Gauligi Ostpreußen, wchodzącej w skład Gauligi, stanowiącej pierwszy poziom rozgrywek w Rzeszy Niemieckiej. Mistrz ligi – VfB Königsberg zakwalifikował się do mistrzostw Niemiec, z których odpadł po fazie grupowej.
Runda zasadnicza sezonu została przerwana, a związek piłkarski wybrał cztery najsilniejsze jego zdaniem zespoły, które utworzyły grupę rywalizującą o mistrzostwo Gauligi Ostpreußen. Od sezonu 1940/1941 drużyny z Gdańska i Elbląga startowały w nowo utworzonej w Gaulidze Danzig-Westpreußen.