Transkryptom

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
Skocz do: nawigacja, szukaj

Transkryptom jest to zestaw cząsteczek mRNA lub ogólniej transkryptów obecny w określonym momencie w komórce, grupie komórek lub organizmie. Transkryptom w przeciwieństwie do genomu jest tworem bardzo dynamicznym. Komórki w odpowiedzi na różne czynniki uruchamiają i wyłączają transkrypcję genów, zmieniając w ten sposób swój transkryptom. Często już kilka minut po zadziałaniu jakiegoś czynnika (np. stresu) na komórki można obserwować powstawanie transkryptów genów reakcji na ten czynnik.

Badaniami transkryptomu zajmuje się dziedzina nauki nazywana transkryptomiką (przez analogię do genomiki czy proteomiki). Badania transkryptomiczne polegają najczęściej na określaniu poziomu ekspresji genów - ilości ich transkryptów w komórkach. Do badań tych wykorzystuje się często techniki pozwalające na wykrywanie i ocenianie ilości tysięcy różnych typów cząsteczek RNA, pochodzących z różnych genów, np. mikromacierze DNA. Pozom ekspresji genów może być mierzony wieloma metodami.

Oto podstawowe metody powszechnie stosowanych w laboratoriach do badania transkryptomu. Ilościowy PCR (ang. Quantitative Polymerase Chain Reaction, qPCR) to metoda, która służy do pomiaru poziomu pojedynczych transkryptów wykorzystując ilościową amplifikację cDNA uzyskanego z reakcji odwrotnej transkrypcji RNA (ang. Reverse Transcription, RT). Micromacierze to mikrochipy pokryte sondami DNA, które poprzez hybrydyzację na zasadzie komplementarności do wyznakowanych cząsteczek docelowych (cDNA lub cRNA) uzyskanych z badanego RNA umożliwiają symultaniczne określenie poziomu od dziesiątek do setek tysięcy transkryptów (ale tylko tych, które są reprezentowane na mikromacierzy przez komplementarne do nich sondy). Sekwencjonowanie RNA (RNAseq) to globalna metoda pomiaru poziomy wszystkich cząsteczek RNA stosująca sekwencjonowanie całego transkyptomu z wykorzystaniem sekwencjonowania następnej generacji (ang. Next Generation Seqeuncing, NGS)[1].

Zobacz też: proteom, genom, genomika.

Przypisy[edytuj | edytuj kod]

  1. Publikacja w otwartym dostępie – możesz ją bezpłatnie przeczytać Zhong Wang, Mark Gerstein, Michael Snyder, RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics, „Nature Reviews. Genetics”, 10 (1), 2009, s. 57–63, DOI10.1038/nrg2484, ISSN 1471-0064, PMID19015660, PMCIDPMC2949280 [dostęp 2018-02-12].