ZINC
ZINC (akronim rekurencyjny od ang. ZINC is not commercial) – darmowa baza danych dostępnych handlowo struktur chemicznych, dostępna on-line. Jej głównym przeznaczeniem jest użycie zdeponowanych tam struktur w screeningu wirtualnym. Baza prowadzona jest przez Shoichet Laboratory Uniwersytetu Kalifornijskiego w San Francisco (UCSF).
Zawartość[edytuj | edytuj kod]
Baza ZINC gromadzi struktury związków chemicznych dostępnych handlowo u różnych dostawców. Przed importem do bazy struktury są filtrowane w celu odrzucenia związków niespełniających reguł chemii medycznej (np. zbyt duża masa molowa, obecność reaktywnych grup chemicznych itp). Dla każdej cząsteczki generowana jest jej struktura trójwymiarowa, protonowana w trzech warunkach pH: kwaśnym, obojętnym i zasadowym.
Zawartość bazy dostępna jest zarówno w zestawach (ang. subsets), dobieranych według różnych kryteriów (np. parametrów fizykochemicznych)[1] jak i poprzez wyszukiwarkę struktur[2].
Struktury związków dostępne są w różnych formatach: SMILES, mol2, SDF i flexibase.
Statystyki[edytuj | edytuj kod]
Na dzień 2013-01-11 baza ZINC zawierała 19607982 struktur[1]. Tygodniowo przybywa ok. 40 tys. nowych cząsteczek[3]. Miesięcznie pobieranych jest 1–2 TB danych.
Przypisy[edytuj | edytuj kod]
- ↑ a b Physical Property Subsets. [dostęp 2013-03-30]. [zarchiwizowane z tego adresu (2013-03-07)].
- ↑ Structure search. [dostęp 2013-03-30]. [zarchiwizowane z tego adresu (2013-03-12)].
- ↑ ZINC wiki. [dostęp 2013-03-30]. [zarchiwizowane z tego adresu (2013-04-29)].