"El escudo se encuentra inscrito en dos círculos: Rojo y blanco que hacen alusión a la calidez humana, la paz y el civismo que caracterizan a los San Franciscanos; la representación iconográfica a los dos lados sobre el circulo blanco, simboliza la riqueza étnico-cultural y ancestral de las comunidades Camentza e Inga presentes en el Municipio, en el mismo círculo encontramos inscritas las palabras San Francisco y Putumayo, contextualizando a nuestro Municipio dentro de un territorio. La parte interna se divide en tres secciones: En la superior se encuentra la representación de las montañas que bordean al Municipio, y es aquí, donde nacen dos importantes ríos: El río San Francisco y el río Putumayo, los cuales se extienden a través del Municipio bañando estas fértiles tierras; en la franja central se puede apreciar la iglesia, patrimonio arquitectónico y orgullo San Franciscano por ser la más bella en su género en todo el Departamento de Putumayo. En la sección inferior se encuentra la bandera del Municipio, ubicada en forma vertical de abajo hacia arriba, sobre la cual se hace representación del que hacer de sus habitantes, dos de los renglones de la economía que mejor caracterizan a San Francisco: La ganadería y la industria de la caliza con la respectiva fabricación de ladrillo. Las hojas de orquídea en la parte inferior y la orquídea ubicada en el centro de la bandera, nativas del Municipio, hacen parte de la gran riqueza en biodiversidad de la región. En la parte inferior sobre la cinta, se encuentra las palabras Capital Cívica que es como se conoce a San Francisco."