Jest wychowankiem Nørre Aaby, w którym rozpoczynał także seniorską karierę. W 1996 roku został piłkarzem Aalborg Chang[1]. W rundzie wiosennej sezonu 1996/1997 w rozgrywkach 2. division w 19 meczach zdobył 15 bramek, a jego klub awansował w tamtym sezonie do 1. division[2][3]. Następnie przeszedł do Silkeborg IF. W barwach Silkeborgu zadebiutował w Superligaen, co miało miejsce 27 lipca 1997 w wygranym 2:0 spotkaniu z Herfølge BK. W sezonie 1997/1998 zdobył wraz z Silkeborgiem wicemistrzostwo Danii. W latach 1998–2001 grał w Aarhus GF, a następnie ponownie z Silkeborgu. Ogółem w barwach AGF i Silkeborgu rozegrał w Superligaen 130 spotkań, w których zdobył 51 goli[4]. W 2003 roku, z powodu bycia rezerwowym w Silkeborgu, Nielsen został wypożyczony do FC Nordjylland, gdzie strzelił 8 bramek[2][5]. W latach 2004–2005 ponownie był piłkarzem Silkeborgu, jednakże nie zagrał w tym okresie żadnego meczu[6]. Po wygaśnięciu kontraktu 1 stycznia 2006 roku postanowił zakończyć karierę i zostać elektrykiem[7]. W kwietniu 2006 roku wznowił karierę, zostając zawodnikiem Bolbro GIF[8]. W klubie tym występował do 2008 roku[9]. Następnie grał amatorsko w Allesø GF[1].
2. division