W 1989 r. Reid został głównym mówcą opozycji ds. dzieci. Był nim do 1990 r., kiedy został opozycyjnym mówcą ds. obrony. Po wygranych przez Partię Pracy wyborach w 1997 r. Reid został ministrem stanu w ministerstwie obrony. W 1998 r. został ministrem stanu w resorcie transportu. Był nim do 17 maja1999 r., kiedy to został ministrem ds. Szkocji i członkiem gabinetu. Podczas sprawowania tego urzędu często popadał w konflikty ze Szkockim Parlamentem. W styczniu 2001 r. otrzymał tekę ministra ds. Irlandii Północnej, jako pierwszy katolik na tym stanowisku. 24 października2002 r. został ministrem bez teki i Party Chair.
Po rezygnacji w marcu 2003 r. Robina Cooka ze stanowisk rządowych w związku z jego obiekcjami odnoście brytyjskiego udziału w inwazji na Irak, Reid objął jego stanowiska przewodniczącego Izby Gmin i Lorda Przewodniczącego Rady. Sprawował je jednak tylko trzy miesiące, po czym został mianowany ministrem zdrowia. Jego autorytarny styl kierowania resortem wywoływał krytykę ze strony liderów Narodowej Służby Zdrowia. Starał się możliwie ograniczyć proponowany zakaz palenia w miejscach publicznych do miejsc, gdzie podawane jest jedzenie. Następczynią Reida w ministerstwie zdrowia, Patricia Hewitt, doprowadziła ostatecznie do wprowadzenia całkowitego zakazu palenia.
Reid pozostał ministerstwie zdrowia do 2005 r., kiedy to po kolejnych wyborach zastąpił Geoffa Hoona jako minister obrony. W 2006 r. został ministrem spraw wewnętrznych. Z tego stanowiska zrezygnował w czerwcu 2007 r. wraz z odejściem premiera Blaira. Nie objął żadnego urzędu w administracji Gordona Browna i powrócił do tylnych ław parlamentu. 15 września2007 r. ogłosił, że nie wystartuje w następnych wyborach parlamentarnych. 7 listopada2007 r. Reid został prezesem klubu piłkarskiego Celtic Glasgow.
Minister spraw wewnętrznych
