Van Hoogdalem karierę piłkarską rozpoczynał w barwach Gorinchem SVW. Następnie grał w RKC Waalwijk, Rodzie Kerkrade skąd w styczniu 1997 trafił do FC Schalke 04. W styczniu 2004 został wypożyczony do Rody, gdzie grał przez pół roku. Później wrócił do Schalke, w którym w 2006 roku zakończył karierę.