Polimeraza RNA: Różnice pomiędzy wersjami
[wersja nieprzejrzana] | [wersja nieprzejrzana] |
m robot poprawia: da:RNA-polymerase |
|||
Linia 1: | Linia 1: | ||
'''Polimeraza RNA, RNAP''' - [[enzym]] wytwarzający nić [[Kwas rybonukleinowy|RNA]] na matrycy [[Kwas deoksyrybonukleinowy|DNA]] w procesie zwanym [[transkrypcja (genetyka)|transkrypcją]]. Polimeraza porusza się wzdłuż nici DNA w kierunku 3' |
'''Polimeraza RNA, RNAP''' - [[enzym]] wytwarzający nić [[Kwas rybonukleinowy|RNA]] na matrycy [[Kwas deoksyrybonukleinowy|DNA]] w procesie zwanym [[transkrypcja (genetyka)|transkrypcją]]. Polimeraza porusza się wzdłuż nici DNA w kierunku 3' → 5', a nić RNA powstaje w kierunku 5' → 3' z szybkością 50-100 zasad na sekundę. |
||
Polimeraza RNA wykorzystująca jako matrycę nić DNA to polimeraza RNA zależna od DNA. U [[wirus]]ów i roślin występują też polimerazy RNA zależne od RNA, które wykorzystują jako matrycę nić RNA. |
Polimeraza RNA wykorzystująca jako matrycę nić DNA to polimeraza RNA zależna od DNA. U [[wirus]]ów i roślin występują też polimerazy RNA zależne od RNA, które wykorzystują jako matrycę nić RNA. |
||
[[ |
[[Plik:RNA polymerase (1i6h).png|thumb|right|Polimeraza RNA]] |
||
==Polimerazy u bakterii== |
== Polimerazy u bakterii == |
||
U [[bakterie|bakterii]] występuje jedna polimeraza RNA, syntetyzująca wszystkie rodzaje RNA. Składa się ona z 5 podjednostek: dwóch podjednostek α rozpoznających czynniki regulatorowe, podjednostki β katalizującej syntezę RNA, podjednostki β' wiążącej niespecyficznie DNA i podjednostki ω tworzących razem część rdzeniową enzymu. Do związania się z sekwencjami [[promotor genu|promotorowymi]] potrzebna jest jeszcze szósta podjednostka - sigma (σ). Taki enzym określa się jako holoenzym. Transkrypcja z większości promotorów ''[[Escherichia coli]]'' prowadzona jest przez polimerazę RNA zawierającą czynnik σ<sup>70</sup>, ale podczas transkrypcji niektórych genów wykorzystywane są alternatywne czynniki sigma rozpoznające inne sekwencje promotorowe. |
U [[bakterie|bakterii]] występuje jedna polimeraza RNA, syntetyzująca wszystkie rodzaje RNA. Składa się ona z 5 podjednostek: dwóch podjednostek α rozpoznających czynniki regulatorowe, podjednostki β katalizującej syntezę RNA, podjednostki β' wiążącej niespecyficznie DNA i podjednostki ω tworzących razem część rdzeniową enzymu. Do związania się z sekwencjami [[promotor genu|promotorowymi]] potrzebna jest jeszcze szósta podjednostka - sigma (σ). Taki enzym określa się jako holoenzym. Transkrypcja z większości promotorów ''[[Escherichia coli]]'' prowadzona jest przez polimerazę RNA zawierającą czynnik σ<sup>70</sup>, ale podczas transkrypcji niektórych genów wykorzystywane są alternatywne czynniki sigma rozpoznające inne sekwencje promotorowe. |
||
==Polimerazy u Eukariota== |
== Polimerazy u Eukariota == |
||
⚫ | |||
⚫ | |||
U [[jądrowe|eukariota]] występuje kilka jądrowych polimeraz RNA składających się z kilkunastu (12 do 17) podjednostek: |
U [[jądrowe|eukariota]] występuje kilka jądrowych polimeraz RNA składających się z kilkunastu (12 do 17) podjednostek: |
||
* Polimeraza RNA I (Pol I) syntetyzuje pre-[[rRNA]] 45S, z którego powstają 28S, 18S i 5.8S rRNA, wchodzące w skład [[rybosom]]u. Zlokalizowana jest w [[jąderko|jąderku]]. |
* Polimeraza RNA I (Pol I) syntetyzuje pre-[[rRNA]] 45S, z którego powstają 28S, 18S i 5.8S rRNA, wchodzące w skład [[rybosom]]u. Zlokalizowana jest w [[jąderko|jąderku]]. |
||
* Polimeraza RNA II (Pol II) syntetyzuje [[pre-mRNA]] i większość [[snRNA]]. |
* Polimeraza RNA II (Pol II) syntetyzuje [[pre-mRNA]] i większość [[snRNA]]. |
||
* Polimeraza RNA III (Pol III) syntetyzuje [[tRNA]], 5S rRNA i inne małe jądrowe RNA. |
* Polimeraza RNA III (Pol III) syntetyzuje [[tRNA]], 5S rRNA i inne małe jądrowe RNA. |
||
* Polimeraza RNA IV jest specyficzna dla roślin (bierze udział w tworzeniu [[siRNA]] zaangażowanych w zależną od RNA [[metylacja|metylację]] DNA, wyciszanie transkrypcji i formowanie [[heterochromatyna|heterochromatyny]] |
* Polimeraza RNA IV jest specyficzna dla roślin (bierze udział w tworzeniu [[siRNA]] zaangażowanych w zależną od RNA [[metylacja|metylację]] DNA, wyciszanie transkrypcji i formowanie [[heterochromatyna|heterochromatyny]] |
||
Linia 19: | Linia 18: | ||
Jądrowe polimerazy RNA [[jądrowe|eukariota]] - w przeciwieństwie do polimerazy RNA bakterii - potrzebują do rozpoczęcia transkrypcji zestawu podstawowych [[czynnik transkrypcyjny|czynników trankrypcyjnych]] ([[kompleks preinicjacyjny]]), ponieważ rozpoznają nie sekwencję promotora, ale kompleks [[kwas nukleinowy]]-[[białko]]. |
Jądrowe polimerazy RNA [[jądrowe|eukariota]] - w przeciwieństwie do polimerazy RNA bakterii - potrzebują do rozpoczęcia transkrypcji zestawu podstawowych [[czynnik transkrypcyjny|czynników trankrypcyjnych]] ([[kompleks preinicjacyjny]]), ponieważ rozpoznają nie sekwencję promotora, ale kompleks [[kwas nukleinowy]]-[[białko]]. |
||
Ponadto u eukariota istnieją polimerazy RNA specyficzne dla [[mitochondrium|mitochodriów]] i [[chloroplast]]ów. |
Ponadto u eukariota istnieją polimerazy RNA specyficzne dla [[mitochondrium|mitochodriów]] i [[chloroplast]]ów. |
||
Polimerazy mitochondrialne są kodowane przez [[genom]] jądrowy, charakteryzują się znaczną homologią do polimeraz [[bakteriofag]]ów z rodziny T3/T7 i zbudowane są z jednej podjednostki. Alternatywny transkrypt [[gen]]u kodującego ludzką polimerazę mitochondrialną daje jądrowo-specyficzną polimerazę RNA, która odpowiada za transkrypcję niektórych [[mRNA]]. |
Polimerazy mitochondrialne są kodowane przez [[genom]] jądrowy, charakteryzują się znaczną homologią do polimeraz [[bakteriofag]]ów z rodziny T3/T7 i zbudowane są z jednej podjednostki. Alternatywny transkrypt [[gen]]u kodującego ludzką polimerazę mitochondrialną daje jądrowo-specyficzną polimerazę RNA, która odpowiada za transkrypcję niektórych [[mRNA]]. |
||
W chloroplastach roślin wyższych występują dwa rodzaje polimeraz. Polimeraza pierwszego rodzaju (PEP) jest homologiczna do polimeraz bakteryjnych, a jej podjednostki kodowane są przez genom chloroplastów (z wyjątkiem podjednostek sigma (σ), kodowanych przez genom jądrowy). Polimeraza drugiego rodzaju (NEP) jest homologiczna do polimeraz bakteriofagów, składa się z jednej podjednostki, i jest kodowana przez genom jądrowy. |
W chloroplastach roślin wyższych występują dwa rodzaje polimeraz. Polimeraza pierwszego rodzaju (PEP) jest homologiczna do polimeraz bakteryjnych, a jej podjednostki kodowane są przez genom chloroplastów (z wyjątkiem podjednostek sigma (σ), kodowanych przez genom jądrowy). Polimeraza drugiego rodzaju (NEP) jest homologiczna do polimeraz bakteriofagów, składa się z jednej podjednostki, i jest kodowana przez genom jądrowy. |
||
===Polimerazy RNA zależne od RNA=== |
=== Polimerazy RNA zależne od RNA === |
||
U roślin występują też polimerazy RNA zależne od RNA, które biorą udział w odpowiedzi na infekcje [[wirus]]ami i [[wiroid]]ami, oraz w normalnych procesach rozwoju roślin, wykorzystując mechanizm [[RNAi|interferencji RNA]]. |
U roślin występują też polimerazy RNA zależne od RNA, które biorą udział w odpowiedzi na infekcje [[wirus]]ami i [[wiroid]]ami, oraz w normalnych procesach rozwoju roślin, wykorzystując mechanizm [[RNAi|interferencji RNA]]. |
||
===Polimeraza poli(A)=== |
=== Polimeraza poli(A) === |
||
U eukariota występuje też polimeraza poliA (PAP), która podczas obróbki posttranskrypcyjnej dobudowuje na końcu [[mRNA]] ogon poliA w procesie [[poliadenylacja|poliadenylacji]]. |
U eukariota występuje też polimeraza poliA (PAP), która podczas obróbki posttranskrypcyjnej dobudowuje na końcu [[mRNA]] ogon poliA w procesie [[poliadenylacja|poliadenylacji]]. |
||
==Polimerazy u Archea== |
== Polimerazy u Archea == |
||
U [[Archeowce|Archea]] występuje jedna polimeraza RNA składająca się z 13 podjednostek o dużej homologii do podjednostek eukariotycznych polimeraz RNA (a zwłaszcza polimerazy RNA II). Podobnie jak eukariotyczne polimerazy RNA potrzebuje do rozpoczęcia transkrypcji obecności [[Ogólne czynniki transkrypcyjne|ogólnych czynników transkrypcyjnych]]. |
U [[Archeowce|Archea]] występuje jedna polimeraza RNA składająca się z 13 podjednostek o dużej homologii do podjednostek eukariotycznych polimeraz RNA (a zwłaszcza polimerazy RNA II). Podobnie jak eukariotyczne polimerazy RNA potrzebuje do rozpoczęcia transkrypcji obecności [[Ogólne czynniki transkrypcyjne|ogólnych czynników transkrypcyjnych]]. |
||
==Polimerazy u wirusów== |
== Polimerazy u wirusów == |
||
Wiele [[wirus]]ów posiada własne polimerazy RNA. Są wśród nich polimerazy RNA zależne od DNA i polimerazy RNA zależne od RNA. Polimeraza RNA bakteriofaga T7 składa się z jednej podjednostki i jest podobna do polimeraz mitochondrialnych i chloroplastowych. Charakteryzuje się też znaczną homologią do [[polimeraza DNA|polimerazy DNA]]. |
Wiele [[wirus]]ów posiada własne polimerazy RNA. Są wśród nich polimerazy RNA zależne od DNA i polimerazy RNA zależne od RNA. Polimeraza RNA bakteriofaga T7 składa się z jednej podjednostki i jest podobna do polimeraz mitochondrialnych i chloroplastowych. Charakteryzuje się też znaczną homologią do [[polimeraza DNA|polimerazy DNA]]. |
||
==Bibliografia== |
== Bibliografia == |
||
* [http://www.sciencedirect.com/science/article/B6VS6-452VM6X-H/2/e5356461de07ae489ee18a5201195702 Cramer P, Multisubunit RNA polymerases, COiSB 2002, Vol12(1), 89-97] |
* [http://www.sciencedirect.com/science/article/B6VS6-452VM6X-H/2/e5356461de07ae489ee18a5201195702 Cramer P, Multisubunit RNA polymerases, COiSB 2002, Vol12(1), 89-97] |
||
* [http://www.sciencedirect.com/science/article/B6TD1-4J84T2D-3/2/495d2b08d8be120f2e094712fbf421fb Wassenegger M, Krczal G, Nomenclature and functions of RNA-directed RNA polymerases, TiPS 2006, Vol11(3), 142-151] |
* [http://www.sciencedirect.com/science/article/B6TD1-4J84T2D-3/2/495d2b08d8be120f2e094712fbf421fb Wassenegger M, Krczal G, Nomenclature and functions of RNA-directed RNA polymerases, TiPS 2006, Vol11(3), 142-151] |
||
==Zobacz też== |
== Zobacz też == |
||
* [[primaza]] |
* [[primaza]] |
||
* [[polimeraza]] |
* [[polimeraza]] |
||
Linia 47: | Linia 46: | ||
* [[Mediator (biologia)]] |
* [[Mediator (biologia)]] |
||
==Linki zewnętrzne== |
== Linki zewnętrzne == |
||
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=OMIM&dopt=Detailed&tmpl=dispomimTemplate&list_uids=601778 OMIM - polimeraza mitochondrialna] |
* [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=OMIM&dopt=Detailed&tmpl=dispomimTemplate&list_uids=601778 OMIM - polimeraza mitochondrialna] |
||
Linia 70: | Linia 69: | ||
[[ru:РНК-полимераза]] |
[[ru:РНК-полимераза]] |
||
[[fi:RNA-polymeraasi]] |
[[fi:RNA-polymeraasi]] |
||
⚫ | |||
[[tr:RNA polimeraz]] |
[[tr:RNA polimeraz]] |
||
[[uk:РНК-полімераза]] |
[[uk:РНК-полімераза]] |
||
⚫ | |||
[[zh:RNA聚合酶]] |
[[zh:RNA聚合酶]] |
Wersja z 19:46, 18 maj 2009
Polimeraza RNA, RNAP - enzym wytwarzający nić RNA na matrycy DNA w procesie zwanym transkrypcją. Polimeraza porusza się wzdłuż nici DNA w kierunku 3' → 5', a nić RNA powstaje w kierunku 5' → 3' z szybkością 50-100 zasad na sekundę.
Polimeraza RNA wykorzystująca jako matrycę nić DNA to polimeraza RNA zależna od DNA. U wirusów i roślin występują też polimerazy RNA zależne od RNA, które wykorzystują jako matrycę nić RNA.
Polimerazy u bakterii
U bakterii występuje jedna polimeraza RNA, syntetyzująca wszystkie rodzaje RNA. Składa się ona z 5 podjednostek: dwóch podjednostek α rozpoznających czynniki regulatorowe, podjednostki β katalizującej syntezę RNA, podjednostki β' wiążącej niespecyficznie DNA i podjednostki ω tworzących razem część rdzeniową enzymu. Do związania się z sekwencjami promotorowymi potrzebna jest jeszcze szósta podjednostka - sigma (σ). Taki enzym określa się jako holoenzym. Transkrypcja z większości promotorów Escherichia coli prowadzona jest przez polimerazę RNA zawierającą czynnik σ70, ale podczas transkrypcji niektórych genów wykorzystywane są alternatywne czynniki sigma rozpoznające inne sekwencje promotorowe.
Polimerazy u Eukariota
Polimerazy RNA zależne od DNA
U eukariota występuje kilka jądrowych polimeraz RNA składających się z kilkunastu (12 do 17) podjednostek:
- Polimeraza RNA I (Pol I) syntetyzuje pre-rRNA 45S, z którego powstają 28S, 18S i 5.8S rRNA, wchodzące w skład rybosomu. Zlokalizowana jest w jąderku.
- Polimeraza RNA II (Pol II) syntetyzuje pre-mRNA i większość snRNA.
- Polimeraza RNA III (Pol III) syntetyzuje tRNA, 5S rRNA i inne małe jądrowe RNA.
- Polimeraza RNA IV jest specyficzna dla roślin (bierze udział w tworzeniu siRNA zaangażowanych w zależną od RNA metylację DNA, wyciszanie transkrypcji i formowanie heterochromatyny
Jądrowe polimerazy RNA eukariota - w przeciwieństwie do polimerazy RNA bakterii - potrzebują do rozpoczęcia transkrypcji zestawu podstawowych czynników trankrypcyjnych (kompleks preinicjacyjny), ponieważ rozpoznają nie sekwencję promotora, ale kompleks kwas nukleinowy-białko.
Ponadto u eukariota istnieją polimerazy RNA specyficzne dla mitochodriów i chloroplastów.
Polimerazy mitochondrialne są kodowane przez genom jądrowy, charakteryzują się znaczną homologią do polimeraz bakteriofagów z rodziny T3/T7 i zbudowane są z jednej podjednostki. Alternatywny transkrypt genu kodującego ludzką polimerazę mitochondrialną daje jądrowo-specyficzną polimerazę RNA, która odpowiada za transkrypcję niektórych mRNA.
W chloroplastach roślin wyższych występują dwa rodzaje polimeraz. Polimeraza pierwszego rodzaju (PEP) jest homologiczna do polimeraz bakteryjnych, a jej podjednostki kodowane są przez genom chloroplastów (z wyjątkiem podjednostek sigma (σ), kodowanych przez genom jądrowy). Polimeraza drugiego rodzaju (NEP) jest homologiczna do polimeraz bakteriofagów, składa się z jednej podjednostki, i jest kodowana przez genom jądrowy.
Polimerazy RNA zależne od RNA
U roślin występują też polimerazy RNA zależne od RNA, które biorą udział w odpowiedzi na infekcje wirusami i wiroidami, oraz w normalnych procesach rozwoju roślin, wykorzystując mechanizm interferencji RNA.
Polimeraza poli(A)
U eukariota występuje też polimeraza poliA (PAP), która podczas obróbki posttranskrypcyjnej dobudowuje na końcu mRNA ogon poliA w procesie poliadenylacji.
Polimerazy u Archea
U Archea występuje jedna polimeraza RNA składająca się z 13 podjednostek o dużej homologii do podjednostek eukariotycznych polimeraz RNA (a zwłaszcza polimerazy RNA II). Podobnie jak eukariotyczne polimerazy RNA potrzebuje do rozpoczęcia transkrypcji obecności ogólnych czynników transkrypcyjnych.
Polimerazy u wirusów
Wiele wirusów posiada własne polimerazy RNA. Są wśród nich polimerazy RNA zależne od DNA i polimerazy RNA zależne od RNA. Polimeraza RNA bakteriofaga T7 składa się z jednej podjednostki i jest podobna do polimeraz mitochondrialnych i chloroplastowych. Charakteryzuje się też znaczną homologią do polimerazy DNA.
Bibliografia
- Cramer P, Multisubunit RNA polymerases, COiSB 2002, Vol12(1), 89-97
- Wassenegger M, Krczal G, Nomenclature and functions of RNA-directed RNA polymerases, TiPS 2006, Vol11(3), 142-151