Departament położony jest w górach przez co jest jednym z chłodniejszych[3]. Klimat Totonicapan według klasyfikacji klimatów Köppena jest klimatem umiarkowanym z suchą zimą (Cwb)[4]. Średnia temperatura roczna wynosi od 11,9-17,6 °C, w zależności od wyniesienia nad poziom morza, a opady od 920-1130 mm, prawie wyłącznie w miesiącach maj-październik[4].