Testy na SARS-CoV-2: Różnice pomiędzy wersjami

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
następna edycja →
Usunięta treść Dodana treść
WizualnieWikikod
Kbhooks (dyskusja | edycje)
114 edycji
Utworzono przez tłumaczenie strony „COVID-19 testing”
(Brak różnic)

Wersja z 22:46, 17 maj 2021

CDC 2019-nCoV Laboratory Test Kit.jpg
Zestaw testów laboratoryjnych na obecność koronawirusa amerykańskiego CDC

Testy na SARS-CoV-2, wywołującego chorobę COVID-19, polegają na analizie próbek w celu oceny obecnej lub przeszłej obecności SARS-CoV-2. Dwa główne rodzaje testów wykrywają obecność wirusa lub obecność przeciwciał wytwarzanych w odpowiedzi na infekcję SARS-CoV-2[1][2]. Testy te są wykorzystywane do diagnozowania indywidualnych przypadków zakażeń i umożliwiają organom zdrowia publicznego śledzenie i zarządzanie epidemią. Wyniki testów na obecność przeciwciał (testy immunologiczne/serologiczne) są przesłanką do oceny, czy ktoś przeszedł infekcję SARS-CoV-2 w przeszłości[3]. Ponieważ przeciwciała mogą pojawiać się dopiero kilka tygodni po zakażeniu, testy serologiczne są mniej użyteczne w diagnozowaniu aktywnej infekcji[4], ale mogą służyć do oceny rozprzestrzenienia się choroby, co pomaga oszacować jej śmiertelność[5].

Poszczególne kraje przyjęły różne protokoły testowania uwzględniające kogo testować, jak często, jakiego protokołu analizy używać, jak pobierać próbki i jak wykorzystywać wyniki testów[6][7]. Te różnice w protokołach wpłynęły na wyniki statystyczne, w tym liczbę odnotowywanych przypadków, wykonanych testów, wskaźniki śmiertelności i dane demograficzne przypadków[8][9][10]. Ponieważ zakażenie SARS-CoV-2 występuje kilka dni po kontakcie z wirusem (i przed wystąpieniem objawów), istnieje pilna potrzeba częstego testowania i szybkiej dostępności wyników[11].

Analiza testów jest często wykonywana w laboratoriach medycznych przez diagnostów laboratoryjnych. Laboratoria mogą być również umiejscowiane w gabinetach lekarskich, na parkingach, w miejscach pracy lub w węzłach komunikacyjnych.

Metody

Ze względu na rodzaj wykrywanego materiału rozróżnia się trzy główne typy testów:

  • wykrywające materiał genetyczny wirusa (zwane również molekularnymi lub genetycznymi; potocznie określane mianem testu PCR),
  • wykrywające otoczkę wirusa (określane mianem testów antygenowych),
  • wykrywające przeciwciała, które wytworzyły się u człowieka w odpowiedzi na infekcję wirusową (potocznie nazywane testami na przeciwciała).

Badanie na obecność wirusa zwykle odbywa się poprzez wykrywanie jego materiału genetycznego (testy PCR)[12] lub fragmentów białek z jego powierzchni (testy antygenowe).

Test RT-PCR

Reakcja łańcuchowa polimerazy z odwrotną transkrypcją (RT-PCR) służy do uzyskania DNA z RNA w procesie odwrotnej transkrypcji, a w kolejnym kroku powiela się cząstki DNA, aby wytworzyć wystarczającą ilość materiału do analizy[13]. RT-PCR może w ten sposób wykryć obecność materiału genetycznego SARS-CoV-2 w badanej próbce. Proces RT-PCR zwykle trwa kilka godzin[14]. Testy te nazywane są również testami molekularnymi lub genetycznymi[3].


W zależności od wyposażenia laboratoriów, stosowane są także inne rodzaje testów RT-PCR: RT-PCR w czasie rzeczywistym[15] lub ilościowy RT-PCR[16]. Jej nazwa jest skracana do qRT-PCR[17], rRT-PCR[18] lub RT-qPCR[19].

Testy antygenowe

Zestaw do szybkiego testu antygenowego SARS-CoV-2

Testy antygenowe potwierdzają obecność białek antygenowych pochodzących z powierzchni wirusa. W przypadku koronawirusa SARS-CoV-2 są to najczęściej białka kolców z powierzchni wirusa[20]. Białka antygenowe SARS-CoV-2 można wykryć przed wystąpieniem objawów choroby COVID-19. Test ten trwa krócej, ale ma mniejszą czułość niż test RT-PCR[21].

Testy na przeciwciała

Organizm broni się przed infekcją wirusową wytwarzając przeciwciała, które mają zneutralizować wirusa. Badania krwi (zwane również testami serologicznymi[3]) mogą wykryć obecność takich przeciwciał[22]. Testy te można również wykorzystać do określenia, ile przeciwciał znajduje się w jednostce osocza ozdrowieńców lub do sprawdzenia, czy dana szczepionka wytwarza odpowiedź immunologiczną[23].


Testy na przeciwciała wykrywają dwie główne klasy przeciwciał: IgM i IgG. Przeciwciała IgM są na ogół wykrywalne kilka dni po początkowej infekcji, chociaż ich poziom w trakcie i po infekcji nie jest dobrze scharakteryzowany[24]. Przeciwciała IgG są zwykle wykrywalne 10–14 dni po zakażeniu i zwykle osiągają szczyt około 28 dni po zakażeniu[25][26]. Ten wzorzec pojawiania się przeciwciał został zaobserwowany przy innych infekcjach i może być inny w przypadku SARS-CoV-2, gdzie IgM czasami występują po IgG, razem z IgG lub wcale[27]. Jednakowoż, przeciwciała IgM są zwykle wykrywane 5 dni po wystąpieniu objawów, podczas gdy IgG są wykrywane średnio 14 dni po wystąpieniu objawów[28]. Poziomy IgG znacznie spadają po dwóch lub trzech miesiącach[29].

Nie określono siły działania przeciwciał SARS-CoV-2 i ich okresu ochronnego[5][dodać link 68]. Dlatego dodatni wynik testu na przeciwciała może nie oznaczać odporności na przyszłą infekcję. Ponadto nie ustalono, czy łagodne lub bezobjawowe infekcje wytwarzają wystarczającą ilość przeciwciał, aby test mógł je wykryć[30]. Przeciwciała po przejściu niektórych chorób utrzymują się we krwi przez wiele lat, podczas gdy inne zanikają[20].

[tekst nt przeciwciała po szczepionce]

Precyzja

Wpływ sposobu pobierania próbek na czułość detekcji SARS-CoV-2 u 205 pacjentów z Wuhan [31]
Źródło próbek Czułość
Próbki płynu z płukania oskrzelowo-pęcherzykowego 93% (14/15)
Plwocina 72% (75/104)
Wymazy z nosa 63% (5/8)
Fiberobronchoskopia, biopsja szczoteczkowa 46% (6/13)
Wymazy z gardła 32% (126/398)
Kał 29% (44/153)
Krew 1% (3/307)

Dokładność testów, zarówno tych wykrywających wirusa jak i tych wykrywających przeciwciała wytworzone w odpowiedzi na infekcję SARS-CoV-2, mierzy się pod względem czułości i swoistości. Błędy testu mogą być fałszywie dodatnie (wynik testu jest pozytywny, ale wirus, bądź przeciwciało nie są obecne) lub fałszywie ujemne (wynik testu jest negatywny, ale wirus lib przeciwciało są obecne)[32].

Czułość i swoistość

Czułość wskazuje, jak często test poprawnie identyfikuje obecność wirusa lub przeciwciała. Aby dać wynik pozytywny próbka musi zawierać minimalny poziom wirusa lub przeciwciała. Dla przykładu: test o czułości 90% prawidłowo zidentyfikuje 90% infekcji, a w pozostałych 10% da wynik fałszywie ujemny.

Swoistość wskazuje, jak dobrze test jest ukierunkowany na dany wirus lub przeciwciało i nie wychwytuje podobnych wirusów lub podobnych przeciwciał. Test swoisty w 90% prawidłowo zidentyfikuje 90% niezainfekowanych przypadków i da fałszywie dodatni wynik w 10% przypadków[32].

Przyczyny błędnego wyniku testu

Na wynik testu wpływ mają: moment infekcji, w którym pobierana jest próbka, prawidłowość pobrania próbki, prawidłowość jej przygotowania do testu jak również prawidłowość przeprowadzenia samego testu. Np. w przypadku wykrywania obecności wirusa moment pobrania próbki ma duże znaczenie, gdyż pobranie materiału do badania zanim wirus się namnożył w organizmie w odpowiedniej ilości lub pobranie próbki  w momencie, gdy organizm zacznie go eliminować, może skutkować fałszywie negatywnym wynikiem spowodowanym niskim poziomem wirusów w pobranej próbce. Ocena testów RT-PCR w maju 2020 r. wykazała, że mediana prawdopodobieństwa wyniku fałszywie ujemnego zmniejszyła się ze 100% w pierwszym dniu po kontakcie z wirusem do 67% w dniu czwartym. W dniu wystąpienia objawów prawdopodobieństwo fałszywie negatywnego testu wynosi 38% i zmniejsza się do 20% trzy dni później[33]. [[Kategoria:COVID-19]] [[Kategoria:Category:Wirusologia]]

  1. ↑ Błąd w składni szablonu {{Cytuj stronę}}. Brak podanego tytułu cytowanej strony (parametr tytuł=|).
  2. ↑ Błąd w składni szablonu {{Cytuj stronę}}. Brak podanego tytułu cytowanej strony (parametr tytuł=|).
  3. ↑ a b c . DOI: 10.3390/diagnostics10060434. PMID: 32604919. PMCID: PMC7345211. 
  4. ↑ Błąd w składni szablonu {{Cytuj stronę}}. Brak podanego tytułu cytowanej strony (parametr tytuł=|).
  5. ↑ a b . DOI: 10.1001/jama.2020.6170. PMID: 32301958. 
  6. ↑ Błąd w składni szablonu {{Cytuj stronę}}. Brak podanego tytułu cytowanej strony (parametr tytuł=|).
  7. ↑ Błąd w składni szablonu {{Cytuj stronę}}. Brak podanego tytułu cytowanej strony (parametr tytuł=|).
  8. ↑ Ward, D. (April 2020) "Sampling Bias: Explaining Wide Variations in COVID-19 Case Fatality Rates". WardEnvironment. doi: 10.13140/RG.2.2.24953.62564/1
  9. ↑ Błąd w składni szablonu {{Cytuj stronę}}. Brak podanego tytułu cytowanej strony (parametr tytuł=|).
  10. ↑ Błąd w składni szablonu {{Cytuj stronę}}. Brak podanego tytułu cytowanej strony (parametr tytuł=|).
  11. ↑ . DOI: 10.1056/NEJMp2025631. PMID: 32997903. 
  12. ↑ . DOI: 10.1080/10408363.2021.1884640. ISSN 1549-781X. PMID: 33595397. PMCID: PMC7898297. 
  13. ↑ Błąd w składni szablonu {{Cytuj stronę}}. Brak podanego tytułu cytowanej strony (parametr tytuł=|).
  14. ↑ Błąd w składni szablonu {{Cytuj stronę}}. Brak podanego tytułu cytowanej strony (parametr tytuł=|).
  15. ↑ . DOI: 10.1186/1743-422X-7-113. PMID: 20515509. PMCID: PMC2892456. 
  16. ↑ {{{tytuł}}}. DOI: 10.1385/1-59259-283-X:083. ISBN 978-1-59259-283-8.
  17. ↑ {{{tytuł}}}. DOI: 10.1007/978-1-60761-646-7_10. ISBN 978-1-60761-645-0.
  18. ↑ Błąd w składni szablonu {{Cytuj stronę}}. Brak podanego tytułu cytowanej strony (parametr tytuł=|).
  19. ↑ . DOI: 10.1016/j.ymeth.2010.01.005. PMID: 20215014. 
  20. ↑ a b Błąd w składni szablonu {{Cytuj stronę}}. Brak podanego tytułu cytowanej strony (parametr tytuł=|).
  21. ↑ . DOI: 10.1038/d41586-020-02661-2. PMID: 32939084. Bibcode: 2020Natur.585..496G. 
  22. ↑ Błąd w składni szablonu {{Cytuj stronę}}. Brak podanego tytułu cytowanej strony (parametr tytuł=|).
  23. ↑ . PMID: 32900007. 
  24. ↑ Błąd w składni szablonu {{Cytuj stronę}}. Brak podanego tytułu cytowanej strony (parametr tytuł=|).
  25. ↑ Błąd w składni szablonu {{Cytuj stronę}}. Brak podanego tytułu cytowanej strony (parametr tytuł=|).
  26. ↑ Błąd w składni szablonu {{Cytuj stronę}}. Brak podanego tytułu cytowanej strony (parametr tytuł=|).
  27. ↑ . DOI: 10.1002/jmv.26262. PMID: 32633840. PMCID: PMC7361859. 
  28. ↑ . DOI: 10.1016/j.bios.2020.112454. PMID: 32729549. PMCID: PMC7368663. 
  29. ↑ . DOI: 10.1016/j.jped.2020.08.001. PMID: 32882235. PMCID: PMC7456621. 
  30. ↑ . DOI: 10.1002/14651858.CD013652. PMID: 32584464. PMCID: PMC7387103. 
  31. ↑ . DOI: 10.1001/jama.2020.3786. PMID: 32159775. PMCID: PMC7066521. 
  32. ↑ a b Błąd w składni szablonu {{Cytuj stronę}}. Brak podanego tytułu cytowanej strony (parametr tytuł=|).
  33. ↑ . DOI: 10.7326/M20-1495. PMID: 32422057. PMCID: PMC7240870. 
Źródło: „https://pl.wikipedia.org/w/index.php?title=Testy_na_SARS-CoV-2&oldid=63342679”