Barkod

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
Skocz do: nawigacja, szukaj

Barkod DNA to kod paskowy DNA - krótki odcinek genomu pozwalający na identyfikację gatunku.

Cechy[edytuj | edytuj kod]

Idealny barkod posiada następujące cechy[potrzebne źródło]:

  • jest wysoce zachowawczy w obrębie gatunku i wysoce zmienny pomiędzy gatunkami;
  • jest otoczony wysoce zachowawczymi domenami;
  • jest krótki (do 600 pz);
  • w jego obrębie rzadko zdarzają się insercje i delecje;
  • występuje w dużej liczbie kopii.

Rodzaje[edytuj | edytuj kod]

Barkodem może być[potrzebne źródło]:

  • DNA jądrowe (np. ITS) - rzadko występują insercje i delecje, ale występuje w zbyt małej liczbie kopii, przeszkadzać mogą paralogi;
  • DNA mitochondrialny mtDNA (np. cox1 - występuje w wielu kopiach, ale podlega wielu rearanżacjom (gł. przepływ mtDNA do genomu jądrowego), nie może być stosowany u roślin, nie pozwala prześledzić wielu procesów ewolucyjnych (mtDNA dziedziczy się uniparentalnie);
  • DNA chloroplastowy cpDNA (np. rpoC1, rpoB, matK, trnH-psbA) - występuje w bardzo wielu kopiach i może być stosowany u roślin, wady jak mtDNA, poza tym nie pozwala na identyfikację allopoliploidów.