Alicia Oshlack

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Alicia Oshlack
Alicia Yinema Kate Nungarai Oshlack
ilustracja
Data i miejsce urodzenia 1975
Roleystone
Zawód bioinformatyk
Odznaczenia
Ruth Stephens Gani Medal (2011), Millennium Award (2015)[1]
Strona internetowa

Alicia Yinema Kate Nungarai Oshlack[2][3][4] (ur. w 1975[5] w Roleystone) – australijska bioinformatyczka i szefowa bioinformatyki w Murdoch Children's Research Institute w Królewskim szpitalu dziecięcym w Melbourne. Jest najbardziej znana dzięki rozwojowi metody analizy transkryptomu[6] jako środka ekspresji genów. Scharakteryzowała rolę ekspresji genów w ewolucji człowieka poprzez porównanie człowieka, szympansa, orangutana i makaka; współtworzy metody analizy danych w celu zwiększenia efektywności wykorzystania klinicznego sekwencjonowania RNA w diagnostyce chorób człowieka[7].

Młodość i wykształcenie[edytuj | edytuj kod]

Alicia Oshlack urodziła się w Roleystone, Perth w 1975 roku. W 1993 roku ukończyła Warrnambool College w Wiktorii[8]. W latach 1994–1998 uczęszczała na Uniwersytet w Melbourne, gdzie z wyróżnieniem kończyła licencjat na wydziale fizyki. Pozostała na uniwersytecie w Melbourne (1999–2003), gdzie obroniła doktorat w dziedzinie astrofizyki na temat centralnej struktury radio-kwazarów[2][9].

Kariera[edytuj | edytuj kod]

Oshlack zmieniała obszar zainteresowań na zastosowania matematyki w genetyce po przeprowadzce do Walter i Eliza Hall Institute, gdzie pracowała w charakterze pracownika naukowego (2003–2007), a następnie jako starszy pracownik naukowy (2007–2011) w sekcji bioinformatyki[10]. Oshlack przeniosła się do Murdoch Children's Research Institute w Melbourne w 2011 roku, gdzie objęła stanowisko szefa bioinformatyki. Została również mianowana w 2013 roku współprzewodniczącą grupy doradczej The Melbourne Genomics Health Alliance[11]. W 2013 roku była w komitecie organizacyjnym Beyond the Genome[12].

Badania[edytuj | edytuj kod]

Analiza ekspresji genów[edytuj | edytuj kod]

Badania Oshlack[3][4][13] koncentrują się na metodach analizy ekspresji genomu, w szczególności obliczeń i analiz statystycznych transkryptomu. Obejmują pracę nad normalizacją poziomu tła w dwukolorowych mikromacierzach[14], normalizacją danych z mikromacierzy[15], analizą porównawczą sekwencjonowania RNA[16][17] i normalizacją wzorów metylacji w macierzach DNA człowieka[18].

Ewolucja człowieka[edytuj | edytuj kod]

Metodologia Oshlack umożliwiła bezstronne porównanie poziomów ekspresji genów pomiędzy człowiekiem i innymi naczelnymi. Jej praca przy porównywaniu poziomów ekspresji genów wątroby pomiędzy pięcioma osobnikami z czterech różnych gatunków naczelnych: człowieka, szympansa, orangutana i makaka, zidentyfikowała szybki rozwój czynników transkrypcyjnych w organizmie człowieka[19]. Kolejne doświadczenia porównały zmiany tych czynników w wielu tkankach ludzkich[20]. Za tę pracę w 2011 roku Alicia Oshlack została nagrodzona medalem Ruth Gani for Human Genetics przyznawanego przez Australijską Akademię Nauk[21].

Kliniczne badanie ekspresji genów[edytuj | edytuj kod]

Oshlack opracowała oprogramowanie do wykonywania analizy danych sekwencjonowania DNA dla celów diagnostycznych. Narzędzia te są wykorzystywane do analizy danych z sekwencjonowania w diagnostyce kardiomiopatii w Victorian Clinical Genetics Service[22]. Oshlack opracowała również narzędzia do analizy danych onkologicznych, w szczególności do wykrywania mutacji spowodowanych przebudową genomu nowotworowego w wyniku syntezy genów chimerycznych[23].

Życie osobiste[edytuj | edytuj kod]

Poglądy Oshlack na równowagę życia zawodowego w nauce[24] i komunikowanie szerokiej publiczności, czym zajmują się bioinformatycy[25] zostały opublikowane.

Przypisy[edytuj | edytuj kod]

  1. Lorne Genome Conference – Awards
  2. a b Alicia Yinema Kate Nungarai Oshlack, The central structure of radio quasars, University of Melbourne, 2015.
  3. a b Alicia Oshlack. scholar.google.pl.
  4. a b Alicia Oshlack. www.scopus.com.
  5. BIOGRAPHICAL ENTRY Oshlack, Alicia (1975 – ), Encyclopedia of Australian Science
  6. Transcript length bias in RNA-seq data confounds systems biology. „Biology Direct”. 4, s. 14, 2009. DOI: 10.1186/1745-6150-4-14. PMID: 19371405. PMCID: PMC2678084. 
  7. Wideo, zasób filmowy w serwisie YouTube
  8. Australian Academy of Science – Dr Alicia Oshlack
  9. Black Hole Mass Estimates of Radio-selected Quasars. „The Astrophysical Journal”. 576 (1), s. 81–8, 2002. DOI: 10.1086/341729. arXiv:astro-ph/0205171. Bibcode2002ApJ...576...81O. 
  10. Women In Astronomy: Career Profiles: Astronomer to Head of Bioinformatics
  11. Melbourne Genomics
  12. Alicia Oshlack | Beyond the Genome 2013 | Mission Bay | San Francisco
  13. Gene ontology analysis for RNA-seq: Accounting for selection bias. „Genome Biology”. 11 (2), s. R14, 2010. DOI: 10.1186/gb-2010-11-2-r14. PMID: 20132535. PMCID: PMC2872874. 
  14. A comparison of background correction methods for two-colour microarrays. „Bioinformatics”. 23 (20), s. 2700–7, 2007. DOI: 10.1093/bioinformatics/btm412. PMID: 17720982. 
  15. Statistical analysis of an RNA titration series evaluates microarray precision and sensitivity on a whole-array basis. „BMC Bioinformatics”. 7, s. 511, 2006. DOI: 10.1186/1471-2105-7-511. PMID: 17118209. PMCID: PMC1664592. 
  16. A scaling normalization method for differential expression analysis of RNA-seq data. „Genome Biology”. 11 (3), s. R25, 2010. DOI: 10.1186/gb-2010-11-3-r25. PMID: 20196867. PMCID: PMC2864565. 
  17. From RNA-seq reads to differential expression results. „Genome Biology”. 11 (12), s. 220, 2010. DOI: 10.1186/gb-2010-11-12-220. PMID: 21176179. PMCID: PMC3046478. 
  18. SWAN: Subset-quantile within array normalization for illumina infinium HumanMethylation450 Bead Chips. „Genome Biology”. 13 (6), s. R44, 2012. DOI: 10.1186/gb-2012-13-6-r44. PMID: 22703947. PMCID: PMC3446316. 
  19. Expression profiling in primates reveals a rapid evolution of human transcription factors. „Nature”. 440 (7081), s. 242–245, 2006. DOI: 10.1038/nature04559. PMID: 16525476. Bibcode2006Natur.440..242G. 
  20. Gene regulation in primates evolves under tissue-specific selection pressures. „PLoS Genetics”. 4 (11), s. e1000271, 2008. DOI: 10.1371/journal.pgen.1000271. PMID: 19023414. PMCID: PMC2581600. 
  21. Australian Academy of Science – Awardees for 2011
  22. Victorian Clinical Genetics Services (VCGS)
  23. Identification of recurrent FGFR3 fusion genes in lung cancer through kinome-centred RNA sequencing. „The Journal of Pathology”. 230 (3), s. 270–276, 2013. DOI: 10.1002/path.4209. 
  24. Women in science. „Genome Biology”. 13 (3), s. 148, 2012. DOI: 10.1186/gb4005. PMID: 22405408. PMCID: PMC3439960. 
  25. A 10-step guide to party conversation for bioinformaticians. „Genome Biology”. 14, s. 104, 2013. DOI: 10.1186/gb-2013-14-1-104. PMID: 23360612.