Koniec lepki

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
(Przekierowano z Lepki koniec)
Skocz do: nawigacja, szukaj

Koniec lepki, koniec kohezyjny – kilkunukleotydowy jednoniciowy odcinek DNA znajdujący się na końcu dwuniciowego DNA[1].

Końce lepkie mogą być efektem hybrydyzacji łańcuchów jednoniciowych DNA o odpowiedniej sekwencji, na przykład oligonukleotydów syntetycznych[2], lub powstawać przez przecięcie dwuniciowej cząsteczki DNA enzymem restrykcyjnym[1].

Przykładowo enzym restrykcyjny EcoRI rozpoznaje sekwencję 5′-GAATTC-3′ w dwuniciowym DNA:

5′ G|A A T T C 3'
3′ C T T A A|G 5'

i niesymetrycznie przecina dwuniciową cząsteczkę w taki sposób, że na nowo powstałych zakończeniach znajdują się jednoniciowe fragmenty o długości czterech nukleotydów z wystającym końcem 5′.

5′ G 3′               5′ A A T T C 3′
3′ C T T A A 5′               3′ G 5′

Inny enzym restrykcyjny – PstI – rozpoznaje sekwencję 5′-CTGCAG-3′ i przecina ją w następujący sposób:

5′ C T G C A|G 3′
3′ G|A C G T C 5′

co daje końce lepkie z wystającym 3′:

5′ C T G C A 3′                5′ G 3′
3′ G 5′                3′ A C G T C 5′

Jak widać z powyższych przykładów, istnieją dwa rodzaje końców lepkich: z wystającym końcem 3′ lub 5′. Jest to istotne w biologii molekularnej podczas umieszczania insertu w wektorze.

Cząsteczki DNA zakończone komplementarnymi końcami lepkimi, w odróżnieniu od cząsteczek zakończonych końcami tępymi, mogą łączyć się ze sobą (hybrydyzować) poprzez wiązania wodorowe (stąd nazwa „lepkie”), co ułatwia ich ligację[3].

Przypisy

  1. a b końce kohezyjne. Słownik terminów biologicznych PWN. [dostęp 2013-08-02].
  2. R. Crea, A. Kraszewski, T. Hirose, K. Itakura. Chemical synthesis of genes for human insulin. „Proc Natl Acad Sci USA”. 75 (12), s. 5765–9, 1978. PMID: 282602. 
  3. Gregory J.S. Lohman, Stanley Tabor, Nicole M. Nichols: DNA Ligases. W: Current protocols in molecular biology. Willey & Sons, 2003. DOI: 10.1002/0471142727.mb0314s94.