SRAP

SRAP (z ang. Sequence-related amplified polymorphism - powiązany z sekwencją amplifikowany polimorfizm) - technika molekularna wykorzystująca PCR, polega na wykrywaniu zmian w otwartych ramkach odczytu (ORF), w związku z czym celuje w funkcjonalne geny. Ten system markerów został po raz pierwszy użyty i zademonstrowany przez Li i Quiros w 2001 roku^[1]^[2].

Startery[edytuj | edytuj kod]

W tej technice wykorzystuje się dwa rodzaje starterów:

Forward- po sekwencji „wypełniającej” następuje sekwencja CCGG
Revers - po sekwencji „wypełniającej” następuje sekwencja AATT

Obydwa startery mają długość 17 lub 18 nukleotydów. Składają się z sekwencji rdzeniowej o długości 13 lub 14 nukleotydów z czego pierwsze 10 lub 11 od końca 5' nie posiada określonej konstrukcji, nazywamy te fragmenty sekwencją wypełniającą. Od końca 3' występują trzy selektywne nukleotydy^[1].

Procedura[edytuj | edytuj kod]

Podobnie jak w przypadku techniki PCR w pierwszej kolejności przeprowadza się izolację DNA. Kolejnym etapem jest przygotowanie mieszaniny reakcyjnej, której przykład zamieszczony jest w tabeli:

Przykładowy skład mieszaniny reakcyjnej do SRAP-PCR
Odczynniki	Objętość (µl)	Ilość w mieszaninie
DNA	3	60 ng
H₂O	2,2	-
Master Mix	6	1x
Starter F	0,4	4 ng
Starter R	0,4	4 ng

Po sporządzeniu mieszaniny przeprowadza się w termocyklerze reakcję SRAP-PCR. Przykładową reakcję przedstawia tabela:

Przykładowy profil termiczny reakcji SRAP-PCR
Etap	Temperatura	Czas	ilość cykli
Wstępna denaturacja	94 °C	3 min.	1x
Denaturacja	94 °C	1 min.	5x
Annealing	35 °C	1 min.	5x
Elongacja	72 °C	1 min.	1x
Denaturacja	94 °C	1 min.	36x
Annealing	50 °C	1 min.	36x
Elongacja	72 °C	1 min.	1x
Końcowa elongacja	72 °C	7 min.	1x

W celu wizualizacji produktów reakcji i identyfikacji ewentualnych polimorfizmów przeprowadza się elektroforezę.

Zastosowanie SRAP[edytuj | edytuj kod]

SRAP-PCR jest techniką stosowaną w genetyce roślin uprawnych, do:

charakteryzowania plazmy zarodkowej;
identyfikacji odmian;
mapowania molekularnego;
klonowania genów roślin uprawnych;
wykrywania zamian w ORF^[2].

Zalety SRAP[edytuj | edytuj kod]

Do głównych zalet techniki SRAP-PCR można zaliczyć:

małej ilość matrycowego DNA, niezbędna do przeprowadzenia reakcji;
dobry poziom wykrywania polimorfizmu u wielu gatunków roślin;
możliwość wykrywania markerów bez wcześniejszej wiedzy o sekwencji genomu;
technika stosunkowo tania do wykonania;
nie wymaga specjalistycznej aparatury^[2].

Przypisy[edytuj | edytuj kod]

↑ ^a ^b G.G. Li G.G., C.F.C.F. Quiros C.F.C.F., Sequence-related amplified polymorphism (SRAP), a new marker system based on a simple PCR reaction: its application to mapping and gene tagging in Brassica, „Theoretical and Applied Genetics”, 103 (2), 2001, s. 455–461, DOI: 10.1007/s001220100570, ISSN 1432-2242 [dostęp 2020-11-19] (ang.).
↑ ^a ^b ^c BhartiB. Aneja BhartiB. i inni, Sequence-related amplified polymorphism (SRAP) molecular marker system and its applications in crop improvement, „Molecular Breeding”, 30 (4), 2012, s. 1635–1648, DOI: 10.1007/s11032-012-9747-2, ISSN 1380-3743 [dostęp 2020-11-19] (ang.).

[:0-1] G.G. Li G.G., C.F.C.F. Quiros C.F.C.F., Sequence-related amplified polymorphism (SRAP), a new marker system based on a simple PCR reaction: its application to mapping and gene tagging in Brassica, „Theoretical and Applied Genetics”, 103 (2), 2001, s. 455–461, DOI: 10.1007/s001220100570, ISSN 1432-2242 [dostęp 2020-11-19] (ang.).

[:1-2] BhartiB. Aneja BhartiB. i inni, Sequence-related amplified polymorphism (SRAP) molecular marker system and its applications in crop improvement, „Molecular Breeding”, 30 (4), 2012, s. 1635–1648, DOI: 10.1007/s11032-012-9747-2, ISSN 1380-3743 [dostęp 2020-11-19] (ang.).

[1]

[2]