Filogenomika: Różnice pomiędzy wersjami

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
następna edycja →
Usunięta treść Dodana treść
WizualnieWikikod
D kuba (dyskusja | edycje)
Redaktorzy
25 821 edycji
nowy
(Brak różnic)

Wersja z 22:27, 28 paź 2009

Filogenomika[1] i Brown D., Sjölander K. (2006)[2] - może być uważana za dziedzinę pomiędzy ewolucją i genomiką[3]. Termin ten używany był w wielu znaczeniach do określenia niektórych typów analiz z udziałem danych genomu i rekonstrukcji ewolucyjnych, zwłaszcza filogenezy. Przykłady różnych znaczeń filogenomiki:

  • Przewidywanie funkcji genu w oparciu o historię jego ewolucji w drzewie filogenetycznym. Było to pierwotne znaczenie tego terminu użytego przez biologa ewolucynego Jonathana Eisena. W celu przeglądu tego aspektu filogenetyki, patrz: Sjölander K. (2004)[4] i Brown D., Sjölander K. (2006)[5];
  • Rekonstrukcja drzewa gatunku przez połączenie informacji z wielu genów lub całego genomu[6][7][8];
  • Integracja analiz genomu i rekonstrukcji ewolucyjnej[9][10];
  • Użycie drzewa filogenetycznego do przewidywania poziomego transferu genów w skali genomu[11].
  1. ↑ Paweł Mackiewicz, Jolanta Zakrzewska-Czerwińska, Stanisław Cebrat. Genomika – dziedzina wiedzy XXI wieku. „Biotechnologia”. 3 (70), s. 7-21, 2005. 
  2. ↑ D. Brown, K. Sjölander. Functional classification using phylogenomic inference.. „PLoS Comput Biol”. 2 (6), s. e77, Jun 2006. DOI: 10.1371/journal.pcbi.0020077. PMID: 16846248. (ang.). 
  3. ↑ Hervé Philippe, Mathieu Blanchette: Overview of the First Phylogenomics Conference. BMC Evolutionary Biology, 02 2007, 7 (Suppl 1):S1 (ang.).
  4. ↑ K. Sjölander. Phylogenomic inference of protein molecular function: advances and challenges.. „Bioinformatics”. 20 (2), s. 170-9, Jan 2004. PMID: 14734307. (ang.). 
  5. ↑ D. Brown, K. Sjölander. Functional classification using phylogenomic inference.. „PLoS Comput Biol”. 2 (6), s. e77, Jun 2006. DOI: 10.1371/journal.pcbi.0020077. PMID: 16846248. (ang.). 
  6. ↑ F. Delsuc, H. Brinkmann, H. Philippe. Phylogenomics and the reconstruction of the tree of life.. „Nat Rev Genet”. 6 (5), s. 361-75, May 2005. DOI: 10.1038/nrg1603. PMID: 15861208. (ang.). 
  7. ↑ H. Philippe, EA. Snell, E. Bapteste, P. Lopez i inni. Phylogenomics of eukaryotes: impact of missing data on large alignments.. „Mol Biol Evol”. 21 (9), s. 1740-52, Sep 2004. DOI: 10.1093/molbev/msh182. PMID: 15175415. (ang.). 
  8. ↑ O. Jeffroy, H. Brinkmann, F. Delsuc, H. Philippe. Phylogenomics: the beginning of incongruence?. „Trends Genet”. 22 (4), s. 225-31, Apr 2006. DOI: 10.1016/j.tig.2006.02.003. PMID: 16490279. (ang.). 
  9. ↑ JA. Eisen, CM. Fraser. Phylogenomics: intersection of evolution and genomics.. „Science”. 300 (5626), s. 1706-7, Jun 2003. DOI: 10.1126/science.1086292. PMID: 12805538. (ang.). 
  10. ↑ JA. Eisen, PC. Hanawalt. A phylogenomic study of DNA repair genes, proteins, and processes.. „Mutat Res”. 435 (3), s. 171-213, Dec 1999. PMID: 10606811. 
  11. ↑ JW. Whitaker, GA. McConkey, DR. Westhead. The transferome of metabolic genes explored: analysis of the horizontal transfer of enzyme encoding genes in unicellular eukaryotes.. „Genome Biol”. 10 (4), s. R36, 2009. DOI: 10.1186/gb-2009-10-4-r36. PMID: 19368726. 
Źródło: „https://pl.wikipedia.org/w/index.php?title=Filogenomika&oldid=18999175”