Chemical Markup Language

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
Skocz do: nawigacja, szukaj

Chemical Markup Language, CML - format zapisu różnorodnych informacji o związkach chemicznych i ich reakcjach, formalnie jeden z języków znaczników zdefiniowanych za pomocą składni XML. Inicjatorami tego formatu są Peter Murray-Rust i Henry Rzepa.[1] Obecnie rozwój tego języka jest prowadzony jako jeden z projektów Sourceforge.

Tradycyjnie informacje o związkach chemicznych i reakcjach są zapisywane w wielu różnych formatach, które nie są z sobą wzajemnie zgodne. CML jest zbiorem znaczników i zasad ich użycia umożliwiających jednolite i niezależne od oprogramowania zapisywanie tego rodzaju informacji. Dzięki temu, że jest to format zgodny z XML do jego obróbki można adaptować programy pierwotnie napisane do obsługi innych formatów z rodziny XML. Np: informacje o strukturze cząsteczek zapisanych w XML można łatwo wizualizować za pomocą zmodyfikowanych programów wyświetlających pliki SVG. Dokumenty CML można bez trudu łączyć z innymi dokumentami XML - np. XHTML, dzięki czemu można je bezpośrednio wpisywać do kodu stron WWW.

Język CML umożliwia jednolite zapisywanie następujących informacji:

  • strukturę chemiczną związków chemicznych - zarówno w postaci analogicznej do tradycyjnych wzorów strukturalnych jak i szczegółowe dane o położeniu atomów w cząsteczce umożliwiające budowanie ich trójwymiarowych modeli
  • zapisy przebiegów i mechanizmów reakcji chemicznych
  • wszelkie dane analityczne dotyczące związków chemicznych (widma spektroskopowe, analizy elementarne, dane fizykochemiczne itp.)

Oprogramowanie[edytuj | edytuj kod]

XML w odróżnieniu od np. Smiles jest formatem otwartym, którego specyfikacja jest jawna i nie objęta patentami czy licencjami ograniczającymi możliwość jego legalnego użycia. Z tego względu jest on adoptowany zarówno do programów opartych na wolnych licencjach jak i programów komercyjnych.

Do najbardziej znanych narzędzi należą[2][3]:

  • Jumbo - biblioteka programów napisanych w Javie wspierających wszystkie elementy zawarte w specyfikacji CML - jest ona tworzona bezpośrednio przez społeczność rozwijającą CML
  • Jmol - aplet Javy umożliwiający bezpośrednią wizualizację struktur chemicznych zapisanych w CML na stronach WWW i w innych zastosowaniach
  • JChemPaint - edytor struktur chemicznych umożliwiający odczytywanie i zapisywanie w formacie CML
  • XDrawChem - inny edytor struktur o podobnych cechach jak JChemPaint
  • CML2SVG - program przekształcający zapis struktury związków chemicznych na format SVG

i wiele innych.

Przypisy

  1. [H. S. Rzepa, P. Murray-Rust and B. J. Whitaker The Internet as a Chemical Information Tool , Chem. Soc. Revs, 1997, 1-10]
  2. Lista narzędzi na stronie oficjalnej CML
  3. Wiki projektu JUMBO i projektów z nim związanych

Linki zewnętrzne[edytuj | edytuj kod]