Całą swoją karierę piłkarską Pregesbauer spędził w klubie Rapid Wiedeń. W sezonie 1974/1975 zadebiutował w jego barwach w austriackiej Bundeslidze za kadencji trenera Ernsta Hlozka. Od 1976 roku był podstawowym zawodnikiem Rapidu. W 1976 roku osiągnął z Rapidem swój pierwszy sukces w karierze, gdy wywalczył Puchar Austrii. W 1982 roku po raz pierwszy w karierze został mistrzem kraju. W 1983 roku sięgnął po dublet - mistrzostwo i Puchar Austrii, a w latach 1984 i 1985 ponownie zdobywał krajowy puchar. Wiosną 1985 roku dotarł do finału Pucharu Zdobywców Pucharów (nie grał w przegranym 1:3 finale z Evertonem). W 1986 roku zakończył karierę piłkarską. W barwach Rapidu rozegrał 184 mecze i strzelił 13 goli.
W reprezentacji Austrii Pregesbauer zadebiutował 4 czerwca 1980 roku w zremisowanym 1:1 towarzyskim spotkaniu z Węgrami. W 1982 roku był w kadrze Austrii na Mundialu w Hiszpanii. Na tym turnieju zagrał w jednym meczu, z Irlandią Północną (2:2). Od 1980 do 1984 roku rozegrał w kadrze narodowej 10 meczów.
