Klub został założony 20 czerwca1908 roku pod węgierską nazwą Zsolnai Testgyakorlók Köre. Po zakończeniu I wojny światowej w nieoficjalnych mistrzostwach Słowacji ówczesna SK Žilina dwa razy zdobywała mistrzostwo (1928, 1929).
Wcześniej, w roku 1919 nazwa klubu została zmieniona z ZsTS Zsolna na SK Žilina.
Po rozpadzie Czechosłowacji ŠK Žilina znalazła się w nowo powstałej Superlidze, którą jednak opuściła po dwóch sezonach. W roku 1996 po jednym sezonie spędzonym na zapleczu pierwszej ligi MŠK Žilina (rok wcześniej klub dokonał zmiany nazwy) powróciła na superligowe boiska. W 1997 MŠK Žilina zakwalifikowała się do Pucharu Intertoto, w którym zagrała m.in. z polską Odrą Wodzisław.
W sezonie 2001/2002 pod wodzą Leoša Kalvody MŠK Žilina zdobyła pierwszy tytuł mistrzowski. Kolejne tytuły mistrzowskie klub zdobywał w latach 2003, 2004, 2007 i 2010. Ponadto klub triumfował czterokrotnie w rozgrywkach o Superpuchar Słowacji.
W sezonie 2010/11 MŠK Żylina po raz pierwszy zakwalifikowała się do Ligi Mistrzów[1]. Udział w rozgrywkach zakończyła na fazie grupowej zajmując ostatnie miejsce w grupie F, jednak sam udział w rozgrywkach to największy sukces w europejskich pucharach w historii klubu.
Jozef Antošík
