Terri Attwood

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
Skocz do: nawigacja, szukaj
Terri Attwood
Teresa K. Attwood
Ilustracja
Portret Terri Attwood wykonany przez Lindę Bussey
Zawód bioinformatyk
Odznaczenia
Royal Society University Research Fellow
Strona internetowa

Teresa (Terri) K. Attwood – profesor bioinformatyki w School of Computer Science i School of Health Sciences na uniwersytecie w Manchesterze. Nagrodzona uniwersyteckim stypendium badawczym od Royal Society[1] oraz stypendium dla wizytującego pracownika naukowego w Europejskim Instytucie Bioinformatyki (EMBL-EBI)[2].

Edukacja[edytuj]

Attwood uzyskała tytuł licencjata w dziedzinie biofizyki na Uniwersytecie w Leeds w 1982 roku. Dwa lata później w 1984 roku uzyskała tytuł doktora również w zakresie biofizyki pod kierownictwem Johna E. Lydona, studiując chromoniczne fazy pośrednie[3]. Attwood odbyła staż podoktorski w Leeds, następnie od 1993 roku przez pięć lat pracowała na University College London, aby w końcu przenieść się do Uniwersytetu w Manchesterze w 1999 roku[4].

Badania[edytuj]

Jej badania skupiają się na dopasowywaniu sekwencji i analizie białek[5][6].

Zainspirowana stworzeniem PROSITE, Attwood opracowała metodę pomiaru mas peptydów powstałych przez degradację białka i wykorzystała ją do stworzenia bazy danych PRINTS[7][8][9]. Razem z Amosem Bairoch ujednoliciła klasyfikację i adnotacje rodziny białek. W 1997 roku Attwood, Bairoch i Rolf Aqweiler otrzymali grant z Unii Europejskiej w celu utworzenia InterPro[10], gdzie partnerami były takie organizacje jak Pfam, ProDom i Swiss-prot/ТrEMBL[11].

Attwood prowadziła duże projekty, w tym konsorcjum text mining BioMinT FP5[12], bioinformatyczne konsorcjum edukacyjne EMBER[13] (łącznie z partnerami EBI i szwajcarskim Instytutem Bioinformatyki) i platformę EPSRC PARADIGM[14]. W Manchesterze jest kierownikiem projektów SeqAhead (sieć analizy danych sekwencjonowania nowej generacji)[15] i AllBio (infrastruktury bioinformatycznej dla nauk o jednokomórkowcach, zwierzętach i roślinach)[16], była również kierownikiem projektów EMBRACE w Manchesterze[17] i EuroKUP (European Kidney and Urine Proteomics)[18]. Podczas fazy wstępnej projektu Attwood była członkiem ELIXIR – komitetu strategii szkolenia bioinformatycznego (pakiet roboczy nr 11)[19]. Obecnie jest przewodniczącym globalnej sieci bioinformatyki EMBnet, była członkiem komitetu wykonawczego International Society for Biocuration i sieci szkolenia bioinformatycznego, została wybrana do zarządu Międzynarodowego Stowarzyszenia Biologii Obliczeniowej. W 2012 roku zainicjowała stworzenie Globalnej Organizacji Nauki, Edukacji i Szkoleń Bioinformatycznych (ang. GOBLET), we współpracy z dużymi stowarzyszeniami, sieciami i organizacjami zajmującymi się bioinformatyką, biologią obliczeniową i biokuracją. Od 2016 roku Attwood jest prezesem zarządu GOBLET[20].

Poza byciem biokuratorką[21] opracowała narzędzia do dopasowania i wizualizacji sekwencji białkowych i struktur, w tym Ambrozję i CINEMA[22][23]. Jej grupa buduje komponenty oprogramowania do tworzenia użytecznych aplikacji bioinformatycznych za pomocą narzędzi UTOPIA[24][25] i opracowuje nowe podejścia do automatycznego objaśniania i analizy tekstu, jak PRECIS[26], METIS[27], BioIE[28], i podejścia semantyczne do integracji danych[29], takie jak semantyczny Biochemical Journal[30] publikowany przez Portland Press. Narzędzia UTOPII opierają się o zarówno semantyczny Biochemical Journal, jak i wspólny projekt z Pfizerem i АstraZeneką, służący do rozwoju interfejsu XXI wieku dla literatury biomedycznej i zarządzenia danymi.

Badania Attwood były sponsorowane przez Engineering and Physical Sciences Research Council[31], Biotechnology and Biological Sciences Research Council, Wellcome Trust, Unię Europejską i partnerów przemysłowych.

Attwood zasiada w redakcji czasopism Biochemical Journal[32], Database: The Journal of Biological Databases and Curation[33], Molecular and Cellular Proteomics, Journal of Molecular Graphics and Modelling i czasopisma EMBnet.journal.

Dydaktyka[edytuj]

Attwood wykłada na studiach licencjackich i magisterskich, była doradczynią i promotorką wielu doktorantów. Attwood jest współautorką kilku rozdziałów książek i dwóch popularnych podręczników bioinformatyki: Introduction to Bioinformatics[34] i Bioinformatics and Molecular Evolution[35].

Przypisy

  1. University Research Fellowship | Royal Society. [dostęp 2012-06-11].
  2. Attwood, Teresa. www.scopus.com.
  3. Teresa K.T.K. Attwood Teresa K.T.K., Chromonic mesophases, University of Leeds, 1984.
  4. Prof Teresa Attwood. www.research.manchester.ac.uk.
  5. Terri Attwood. dblp.org.
  6. Terri Attwood. scholar.google.pl.
  7. The PRINTS database: A fine-grained protein sequence annotation and analysis resource--its status in 2012. „Database”. 2012, s. bas019, 2012. DOI: 10.1093/database/bas019. PMID: 22508994. PMCID: PMC3326521. 
  8. PRINTS-S: The database formerly known as PRINTS. „Nucleic Acids Research”. 28 (1), s. 225–227, 2000. DOI: 10.1093/nar/28.1.225. PMID: 10592232. PMCID: PMC102408. 
  9. PRINTS and its automatic supplement, prePRINTS. „Nucleic Acids Research”. 31 (1), s. 400–402, 2003. DOI: 10.1093/nar/gkg030. PMID: 12520033. PMCID: PMC165477. 
  10. The InterPro database, an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites. „Nucleic Acids Research”. 29 (1), s. 37–40, 2001. DOI: 10.1093/nar/29.1.37. PMID: 11125043. PMCID: PMC29841. 
  11. InterPro--an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites. „Bioinformatics”. 16 (12), s. 1145–1150, 2000. DOI: 10.1093/bioinformatics/16.12.1145. PMID: 11159333. 
  12. BioMinT: Biological Text Mining EU FP5 Quality of Life Project. [zarchiwizowane z tego adresu (2012-07-25)].
  13. EMBER - European Multimedia Bioinformatics Educational Resource
  14. Platform grant: PARADIGM - Platform for Annotation, Robust Analysis, Data Integration & Genome Management. [dostęp 2012-07-25].
  15. COST Action: NGS-Data Analysis Network. [dostęp 2012-07-25].
  16. start – AllBio. [zarchiwizowane z tego adresu (2012-07-25)].
  17. The EMBRACE web service collection. „Nucleic Acids Research”. 38 (Web Server wydanie), s. W683–W688, 2010. DOI: 10.1093/nar/gkq297. PMID: 20462862. PMCID: PMC2896104. 
  18. European Kidney and Urine Proteomics | Eurokup. [dostęp 2012-07-25].
  19. Welcome to ELIXIR. [dostęp 2012-07-26].
  20. Committees | GOBLET. [dostęp 24-08-2016].
  21. Biocurators and Biocuration: Surveying the 21st century challenges. „Database”. 2012, s. bar059, 2012. DOI: 10.1093/database/bar059. PMID: 22434828. PMCID: PMC3308150. 
  22. CINEMA-MX: A modular multiple alignment editor. „Bioinformatics”. 18 (10), s. 1402–1403, 2002. DOI: 10.1093/bioinformatics/18.10.1402. PMID: 12376388. 
  23. CINEMA—a novel Colour INteractive Editor for Multiple Alignments. „Gene”. 221 (1), s. GC57–GC63, 1998. DOI: 10.1016/S0378-1119(97)00650-1. PMID: 9852962. 
  24. Utopia documents: Linking scholarly literature with research data. „Bioinformatics”. 26 (18), s. i568–i574, 2010. DOI: 10.1093/bioinformatics/btq383. PMID: 20823323. PMCID: PMC2935404. 
  25. UTOPIA—User-Friendly Tools for Operating Informatics Applications. „Comparative and Functional Genomics”. 5 (1), s. 56–60, 2004. DOI: 10.1002/cfg.359. PMID: 18629035. PMCID: PMC2447318. 
  26. PRECIS: Protein reports engineered from concise information in SWISS-PROT. „Bioinformatics (Oxford, England)”. 19 (13), s. 1664–1671, 2003. DOI: 10.1093/bioinformatics/btg204. PMID: 12967963. 
  27. METIS: Multiple extraction techniques for informative sentences. „Bioinformatics”. 21 (22), s. 4196–4197, 2005. DOI: 10.1093/bioinformatics/bti675. PMID: 16159915. 
  28. BioIE: Extracting informative sentences from the biomedical literature. „Bioinformatics”. 21 (9), s. 2138–2139, 2005. DOI: 10.1093/bioinformatics/bti296. PMID: 15691860. 
  29. Visualising biological data: A semantic approach to tool and database integration. „BMC Bioinformatics”. 10, s. S19, 2009. DOI: 10.1186/1471-2105-10-S6-S19. PMID: 19534744. PMCID: PMC2697642. 
  30. Calling International Rescue: Knowledge lost in literature and data landslide!. „Biochemical Journal”. 424 (3), s. 317–333, 2009. DOI: 10.1042/BJ20091474. PMID: 19929850. PMCID: PMC2805925. 
  31. Grants awarded to Terri Attwood by the EPSRC. [dostęp 2012-07-25].
  32. Biochemical Journal Editorial Board. [dostęp 2012-07-25].
  33. Oxford Journals | Life Sciences | Database | Editorial board. [dostęp 2012-07-25].
  34. Introduction to bioinformatics. Longman, 1999. ISBN 0-582-32788-1.
  35. Bioinformatics And Molecular Evolution. Blackwell Publishers, 2005. ISBN 1-4051-0683-2.