Terri Attwood

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
Skocz do: nawigacja, szukaj
Terri Attwood
Teresa K. Attwood
Ilustracja
Portret Terri Attwood wykonany przez Lindę Bussey
Data urodzenia 20 listopada 1959
Zawód bioinformatyk
Odznaczenia
Royal Society University Research Fellow
Strona internetowa

Teresa (Terri) K. Attwood (ur. 20 listopada 1959[1]) – profesor bioinformatyki w School of Computer Science i School of Health Sciences na uniwersytecie w Manchesterze. Nagrodzona uniwersyteckim stypendium badawczym od Royal Society[2] oraz stypendium dla wizytującego pracownika naukowego w Europejskim Instytucie Bioinformatyki (EMBL-EBI)[3].

Edukacja[edytuj | edytuj kod]

Attwood uzyskała tytuł licencjata w dziedzinie biofizyki na Uniwersytecie w Leeds w 1982 roku. Dwa lata później w 1984 roku uzyskała tytuł doktora również w zakresie biofizyki pod kierownictwem Johna E. Lydona, studiując chromoniczne fazy pośrednie[4]. Attwood odbyła staż podoktorski w Leeds, następnie od 1993 roku przez pięć lat pracowała na University College London, aby w końcu przenieść się do Uniwersytetu w Manchesterze w 1999 roku[5].

Badania[edytuj | edytuj kod]

Jej badania skupiają się na dopasowywaniu sekwencji i analizie białek[6][7].

Zainspirowana stworzeniem PROSITE, Attwood opracowała metodę pomiaru mas peptydów powstałych przez degradację białka i wykorzystała ją do stworzenia bazy danych PRINTS[8][9][10]. Razem z Amosem Bairoch ujednoliciła klasyfikację i adnotacje rodziny białek. W 1997 roku Attwood, Bairoch i Rolf Aqweiler otrzymali grant z Unii Europejskiej w celu utworzenia InterPro[11], gdzie partnerami były takie organizacje jak Pfam, ProDom i Swiss-prot/ТrEMBL[12].

Attwood prowadziła duże projekty, w tym konsorcjum text mining BioMinT FP5[13], bioinformatyczne konsorcjum edukacyjne EMBER[14] (łącznie z partnerami EBI i szwajcarskim Instytutem Bioinformatyki) i platformę EPSRC PARADIGM[15]. W Manchesterze jest kierownikiem projektów SeqAhead (sieć analizy danych sekwencjonowania nowej generacji)[16] i AllBio (infrastruktury bioinformatycznej dla nauk o jednokomórkowcach, zwierzętach i roślinach)[17], była również kierownikiem projektów EMBRACE w Manchesterze[18] i EuroKUP (European Kidney and Urine Proteomics)[19]. Podczas fazy wstępnej projektu Attwood była członkiem ELIXIR – komitetu strategii szkolenia bioinformatycznego (pakiet roboczy nr 11)[20]. Obecnie jest przewodniczącym globalnej sieci bioinformatyki EMBnet, była członkiem komitetu wykonawczego International Society for Biocuration i sieci szkolenia bioinformatycznego, została wybrana do zarządu Międzynarodowego Stowarzyszenia Biologii Obliczeniowej. W 2012 roku zainicjowała stworzenie Globalnej Organizacji Nauki, Edukacji i Szkoleń Bioinformatycznych (ang. GOBLET), we współpracy z dużymi stowarzyszeniami, sieciami i organizacjami zajmującymi się bioinformatyką, biologią obliczeniową i biokuracją. Od 2016 roku Attwood jest prezesem zarządu GOBLET[21].

Poza byciem biokuratorką[22] opracowała narzędzia do dopasowania i wizualizacji sekwencji białkowych i struktur, w tym Ambrozję i CINEMA[23][24]. Jej grupa buduje komponenty oprogramowania do tworzenia użytecznych aplikacji bioinformatycznych za pomocą narzędzi UTOPIA[25][26] i opracowuje nowe podejścia do automatycznego objaśniania i analizy tekstu, jak PRECIS[27], METIS[28], BioIE[29], i podejścia semantyczne do integracji danych[30], takie jak semantyczny Biochemical Journal[31] publikowany przez Portland Press. Narzędzia UTOPII opierają się o zarówno semantyczny Biochemical Journal, jak i wspólny projekt z Pfizerem i АstraZeneką, służący do rozwoju interfejsu XXI wieku dla literatury biomedycznej i zarządzenia danymi.

Badania Attwood były sponsorowane przez Engineering and Physical Sciences Research Council[32], Biotechnology and Biological Sciences Research Council, Wellcome Trust, Unię Europejską i partnerów przemysłowych.

Attwood zasiada w redakcji czasopism Biochemical Journal[33], Database: The Journal of Biological Databases and Curation[34], Molecular and Cellular Proteomics, Journal of Molecular Graphics and Modelling i czasopisma EMBnet.journal.

Dydaktyka[edytuj | edytuj kod]

Attwood wykłada na studiach licencjackich i magisterskich, była doradczynią i promotorką wielu doktorantów. Attwood jest współautorką kilku rozdziałów książek i dwóch popularnych podręczników bioinformatyki: Introduction to Bioinformatics[35] i Bioinformatics and Molecular Evolution[36].

Przypisy[edytuj | edytuj kod]

  1. Katalog Biblioteki Kongresu
  2. University Research Fellowship | Royal Society. [dostęp 2012-06-11].
  3. Attwood, Teresa. www.scopus.com.
  4. Teresa K. Attwood, Chromonic mesophases, University of Leeds, 1984.
  5. Prof Teresa Attwood. www.research.manchester.ac.uk.
  6. Terri Attwood. dblp.org.
  7. Terri Attwood. scholar.google.pl.
  8. The PRINTS database: A fine-grained protein sequence annotation and analysis resource--its status in 2012. „Database”. 2012, s. bas019, 2012. DOI: 10.1093/database/bas019. PMID: 22508994. PMCID: PMC3326521. 
  9. PRINTS-S: The database formerly known as PRINTS. „Nucleic Acids Research”. 28 (1), s. 225–227, 2000. DOI: 10.1093/nar/28.1.225. PMID: 10592232. PMCID: PMC102408. 
  10. PRINTS and its automatic supplement, prePRINTS. „Nucleic Acids Research”. 31 (1), s. 400–402, 2003. DOI: 10.1093/nar/gkg030. PMID: 12520033. PMCID: PMC165477. 
  11. The InterPro database, an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites. „Nucleic Acids Research”. 29 (1), s. 37–40, 2001. DOI: 10.1093/nar/29.1.37. PMID: 11125043. PMCID: PMC29841. 
  12. InterPro--an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites. „Bioinformatics”. 16 (12), s. 1145–1150, 2000. DOI: 10.1093/bioinformatics/16.12.1145. PMID: 11159333. 
  13. BioMinT: Biological Text Mining EU FP5 Quality of Life Project. [zarchiwizowane z tego adresu (2012-07-25)].
  14. EMBER - European Multimedia Bioinformatics Educational Resource
  15. Platform grant: PARADIGM - Platform for Annotation, Robust Analysis, Data Integration & Genome Management. [dostęp 2012-07-25].
  16. COST Action: NGS-Data Analysis Network. [dostęp 2012-07-25].
  17. start – AllBio. [zarchiwizowane z tego adresu (2012-07-25)].
  18. The EMBRACE web service collection. „Nucleic Acids Research”. 38 (Web Server wydanie), s. W683–W688, 2010. DOI: 10.1093/nar/gkq297. PMID: 20462862. PMCID: PMC2896104. 
  19. European Kidney and Urine Proteomics | Eurokup. [dostęp 2012-07-25].
  20. Welcome to ELIXIR. [dostęp 2012-07-26].
  21. Committees | GOBLET. [dostęp 24-08-2016].
  22. Biocurators and Biocuration: Surveying the 21st century challenges. „Database”. 2012, s. bar059, 2012. DOI: 10.1093/database/bar059. PMID: 22434828. PMCID: PMC3308150. 
  23. CINEMA-MX: A modular multiple alignment editor. „Bioinformatics”. 18 (10), s. 1402–1403, 2002. DOI: 10.1093/bioinformatics/18.10.1402. PMID: 12376388. 
  24. CINEMA—a novel Colour INteractive Editor for Multiple Alignments. „Gene”. 221 (1), s. GC57–GC63, 1998. DOI: 10.1016/S0378-1119(97)00650-1. PMID: 9852962. 
  25. Utopia documents: Linking scholarly literature with research data. „Bioinformatics”. 26 (18), s. i568–i574, 2010. DOI: 10.1093/bioinformatics/btq383. PMID: 20823323. PMCID: PMC2935404. 
  26. UTOPIA—User-Friendly Tools for Operating Informatics Applications. „Comparative and Functional Genomics”. 5 (1), s. 56–60, 2004. DOI: 10.1002/cfg.359. PMID: 18629035. PMCID: PMC2447318. 
  27. PRECIS: Protein reports engineered from concise information in SWISS-PROT. „Bioinformatics (Oxford, England)”. 19 (13), s. 1664–1671, 2003. DOI: 10.1093/bioinformatics/btg204. PMID: 12967963. 
  28. METIS: Multiple extraction techniques for informative sentences. „Bioinformatics”. 21 (22), s. 4196–4197, 2005. DOI: 10.1093/bioinformatics/bti675. PMID: 16159915. 
  29. BioIE: Extracting informative sentences from the biomedical literature. „Bioinformatics”. 21 (9), s. 2138–2139, 2005. DOI: 10.1093/bioinformatics/bti296. PMID: 15691860. 
  30. Visualising biological data: A semantic approach to tool and database integration. „BMC Bioinformatics”. 10, s. S19, 2009. DOI: 10.1186/1471-2105-10-S6-S19. PMID: 19534744. PMCID: PMC2697642. 
  31. Calling International Rescue: Knowledge lost in literature and data landslide!. „Biochemical Journal”. 424 (3), s. 317–333, 2009. DOI: 10.1042/BJ20091474. PMID: 19929850. PMCID: PMC2805925. 
  32. Grants awarded to Terri Attwood by the EPSRC. [dostęp 2012-07-25].
  33. Biochemical Journal Editorial Board. [dostęp 2012-07-25].
  34. Oxford Journals | Life Sciences | Database | Editorial board. [dostęp 2012-07-25].
  35. Introduction to bioinformatics. Longman, 1999. ISBN 0-582-32788-1.
  36. Bioinformatics And Molecular Evolution. Blackwell Publishers, 2005. ISBN 1-4051-0683-2.