Alicia Oshlack: Różnice pomiędzy wersjami

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
następna edycja →
Usunięta treść Dodana treść
WizualnieWikikod
Kbhooks (dyskusja | edycje)
114 edycji
utworzenie nowego wpisu na podstawie tekstu angielskiego
(Brak różnic)

Wersja z 23:29, 16 gru 2016

Alicia Oshlack
Alicia Yinema Kate Nungarai Oshlack[1]
{{{alt grafiki}}}
Data i miejsce urodzenia

1975[2]
Roleystone, Perth, Australia

Zawód, zajęcie

bioinformatyk

Odznaczenia
Ruth Stephens Gani Medal (2011), Millennium Award (2015) [3]
Multimedia w Wikimedia Commons
[[[:Szablon:URL]] Strona internetowa]

Alicia Yinema Kate Nungarai Oshlack[1][4][5] Australijska bioinformatyczka i szefowa bioinformatyki w Murdoch Children's Research Institute w Królewskim szpitalu dziecięcym w Melbourne, Victoria, Australia. Jest najbardziej znana dzięki rozwojowi metody analizy transkryptomu[6] jako środka ekspresji genów. Scharakteryzowała rolę ekspresji genów w ewolucji człowieka poprzez porównanie człowieka, szympansa, orangutana i makaka; współtworzy metody analizy danych w celu zwiększenia efektywności wykorzystania klinicznego sekwencjonowania RNA w diagnostyce chorób człowieka.[7]

Młodość i wykształcenie

Alicia Oshlack urodziła się w Roleystone, Perth w 1975 roku. W 1993 roku ukończyła Warrnambool College w Wiktorii, Australia.[8] W latach 1994-98 uczęszczała na Uniwersytet w Melbourne, gdzie z wyróżnieniem kończyła licencjat na wydziale fizyki. Pozostała na uniwersytecie w Melbourne (1999-2003), gdzie obroniła doktorat w dziedzinie astrofizyki na temat centralnej struktury radio-kwazarów.[1][9]

Kariera

Oshlack zmieniała obszar zainteresowań na zastosowania matematyki w genetyce po przeprowadzce do Walter i Eliza Hall Institute, gdzie pracowała w charakterze pracownika naukowego (2003-07), a następnie jako starszy pracownik naukowy (2007-11) w sekcji bioinformatyki.[10] Oshlack przeniosła się do Murdoch Children's Research Institute w Melbourne w 2011 roku, gdzie objęła stanowisko szefa bioinformatyki. Została również mianowana w 2013 roku współprzewodniczącą grupy doradczej The Melbourne Genomics Health Alliance.[11] W 2013 roku była w komitecie organizacyjnym Beyond the Genome.[12]

Badania

Analiza ekspresji genów

Badania Oshlack[4][5][13] koncentrują się na metodach analizy ekspresji genomu, w szczególności obliczeń i analiz statystycznych transkryptomu. Obejmują pracę nad normalizacją poziomu tła w dwukolorowych mikromacierzach,[14] normalizacją danych z mikromacierzy,[15] analizą porównawczą sekwencjonowania RNA[16][17] i normalizacją wzorów metylacji w macierzach DNA człowieka.[18]

Ewolucja człowieka

Metodologia Oshlack umożliwiła bezstronne porównanie poziomów ekspresji genów pomiędzy człowiekiem i innymi naczelnymi. Jej praca przy porównywaniu poziomów ekspresji genów wątroby pomiędzy pięcioma osobnikami z czterech różnych gatunków naczelnych: człowieka, szympansa, orangutana i makaka, zidentyfikowała szybki rozwój czynników transkrypcyjnych w organizmie człowieka.[19] Kolejne doświadczenia porównały zmiany tych czynników w wielu tkankach ludzkich.[20] Za tę pracę w 2011 roku Alicia Oshlack została nagrodzona medalem Ruth Gani for Human Genetics przyznawanego przez Australijską Akademię Nauk.[21]

Kliniczne badanie ekspresji genów

Oshlack opracowała oprogramowanie do wykonywania analizy danych sekwencjonowania DNA dla celów diagnostycznych. Narzędzia te są wykorzystywane do analizy danych z sekwencjonowania w diagnostyce kardiomiopatii w Victorian Clinical Genetics Service.[22] Oshlack opracowała również narzędzia do analizy danych onkologicznych, w szczególności do wykrywania mutacji spowodowanych przebudową genomu nowotworowego w wyniku syntezy genów chimerycznych.[23]

Życie osobiste

Poglądy Oshlack na równowagę życia zawodowego w nauce[24] i komunikowanie szerokiej publiczności, czym zajmują się bioinformatycy[25] zostały opublikowane.

Przypisy

  1. ↑ a b c Alicia Yinema Kate Nungarai Oshlack, The central structure of radio quasars, University of Melbourne, 2015.
  2. ↑ BIOGRAPHICAL ENTRY Oshlack, Alicia (1975 - ), Encyclopedia of Australian Science
  3. ↑ Lorne Genome Conference - Awards
  4. ↑ a b Alicia Oshlack. scholar.google.pl.
  5. ↑ a b Alicia Oshlack. www.scopus.com.
  6. ↑ Transcript length bias in RNA-seq data confounds systems biology. „Biology Direct”. 4, s. 14, 2009. DOI: 10.1186/1745-6150-4-14. PMID: 19371405. PMCID: PMC2678084. 
  7. ↑ Interview with Alicia Oshlack2013-10-22 w serwisie YouTube
  8. ↑ Australian Academy of Science - Dr Alicia Oshlack
  9. ↑ Black Hole Mass Estimates of Radio-selected Quasars. „The Astrophysical Journal”. 576 (1), s. 81–8, 2002. DOI: 10.1086/341729. arXiv:astro-ph/0205171. Bibcode: 2002ApJ...576...81O. 
  10. ↑ Women In Astronomy: Career Profiles: Astronomer to Head of Bioinformatics
  11. ↑ Melbourne Genomics
  12. ↑ Alicia Oshlack | Beyond the Genome 2013 | Mission Bay | San Francisco
  13. ↑ Gene ontology analysis for RNA-seq: Accounting for selection bias. „Genome Biology”. 11 (2), s. R14, 2010. DOI: 10.1186/gb-2010-11-2-r14. PMID: 20132535. PMCID: PMC2872874. 
  14. ↑ A comparison of background correction methods for two-colour microarrays. „Bioinformatics”. 23 (20), s. 2700–7, 2007. DOI: 10.1093/bioinformatics/btm412. PMID: 17720982. 
  15. ↑ Statistical analysis of an RNA titration series evaluates microarray precision and sensitivity on a whole-array basis. „BMC Bioinformatics”. 7, s. 511, 2006. DOI: 10.1186/1471-2105-7-511. PMID: 17118209. PMCID: PMC1664592. 
  16. ↑ A scaling normalization method for differential expression analysis of RNA-seq data. „Genome Biology”. 11 (3), s. R25, 2010. DOI: 10.1186/gb-2010-11-3-r25. PMID: 20196867. PMCID: PMC2864565. 
  17. ↑ From RNA-seq reads to differential expression results. „Genome Biology”. 11 (12), s. 220, 2010. DOI: 10.1186/gb-2010-11-12-220. PMID: 21176179. PMCID: PMC3046478. 
  18. ↑ SWAN: Subset-quantile within array normalization for illumina infinium HumanMethylation450 Bead Chips. „Genome Biology”. 13 (6), s. R44, 2012. DOI: 10.1186/gb-2012-13-6-r44. PMID: 22703947. PMCID: PMC3446316. 
  19. ↑ Expression profiling in primates reveals a rapid evolution of human transcription factors. „Nature”. 440 (7081), s. 242–245, 2006. DOI: 10.1038/nature04559. PMID: 16525476. Bibcode: 2006Natur.440..242G. 
  20. ↑ Gene regulation in primates evolves under tissue-specific selection pressures. „PLoS Genetics”. 4 (11), s. e1000271, 2008. DOI: 10.1371/journal.pgen.1000271. PMID: 19023414. PMCID: PMC2581600. 
  21. ↑ Australian Academy of Science - Awardees for 2011
  22. ↑ Victorian Clinical Genetics Services (VCGS)
  23. ↑ Identification of recurrent FGFR3 fusion genes in lung cancer through kinome-centred RNA sequencing. „The Journal of Pathology”. 230 (3), s. 270–276, 2013. DOI: 10.1002/path.4209. 
  24. ↑ Women in science. „Genome Biology”. 13 (3), s. 148, 2012. DOI: 10.1186/gb4005. PMID: 22405408. PMCID: PMC3439960. 
  25. ↑ A 10-step guide to party conversation for bioinformaticians. „Genome Biology”. 14, s. 104, 2013. DOI: 10.1186/gb-2013-14-1-104. PMID: 23360612. 
Źródło: „https://pl.wikipedia.org/w/index.php?title=Alicia_Oshlack&oldid=47895807”