Karierę piłkarską Myojin rozpoczął w klubie Kizu FC, a następnie był członkiem zespołu Eagles United FC. Pierwszym profesjonalnym klubem w jego karierze była Kashiwa Reysol. W 1996 roku został włączony do kadry pierwszego zespołu, a 16 marca zadebiutował w J-League w spotkaniu z Urawą Red Diamonds. Z kolei pierwszego gola w lidze zdobył rok później, 23 sierpnia w spotkaniu z Kashimą Antlers. W 1999 roku zajął z Kashiwą 3. miejsce w J-League, najwyższe w historii występów klubu w profesjonalnej lidze japońskiej. Osiągnął też inny sukces - zdobył Puchar J-League. Od 2002 roku bronił się z Kashiwą przed spadkiem i ostatecznie w 2005 roku został z nią zdegradowany do drugiej ligi.
W 2006 roku po spadku Kashiwy Myojin przeszedł do Gamby Osaka, mistrza Japonii. W tym samym sezonie zajął z Gambą 3. pozycję w J-League. W 2007 roku powtórzył to osiągnięcie oraz zdobył kolejny Puchar J-League, a także Superpuchar Japonii.
