Kawaguchi uczęszczał do Tokai No.1 Jr. High School, a następnie do Shimizu Shogyo High School, w których rozpoczął przygodę z piłką. Pierwszy profesjonalny kontrakt podpisał w 1995 roku z drużyną Yokohama F. Marinos. 26 kwietnia zadebiutował w ligowym spotkaniu z Kashiwą Reysol. Już w pierwszym sezonie stał się pierwszym bramkarzem zespołu i wywalczył tytuł mistrza kraju. Został też wybrany Młodym Piłkarzem Sezonu. W 1996 i 1997 zajmował z Yokohamą 3. miejsce w J-League, a na kolejne sukcesy czekał do 2000 roku. Wtedy też został mistrzem pierwszej fazy rozgrywek, a na koniec sezonu został wicemistrzem Japonii. W Yokohamie przez 7 sezonów rozegrał 193 mecze ligowe.
W 2005 roku Kawaguchi wrócił do Japonii i w zespole Júbilo Iwata odzyskał formę. Został pierwszym bramkarzem, a w kolejnych sezonach zajmował miejsca w pierwszej dziesiątce J-League.