Vlaar jako dziecko grał w małym klubie o nazwie SVW Heerhugowaard. Potem trafił do AZ Alkmaar, w którym podpisał juniorski kontrakt w 2002 roku. Przede wszystkim przez kontuzje zadebiutował w Eredivisie dopiero w wieku 20 lat, a miało to miejsce 23 kwietnia 2005 roku w przegranym 1-2 meczu z RKC Waalwijk. Zaraz potem Vlaar zadebiutował w europejskich pucharach, w półfinałowym meczu ze Sportingiem CP. Już po kilku świetnych meczach Vlaar wzbudził zainteresowanie selekcjonera reprezentacji HolandiiMarco van Bastena. 8 października 2005 roku Vlaar zadebiutował w reprezentacji w wygranym 2-0 meczu z reprezentacją Czech, przypieczętowującym awans Holendrów do MŚ 2006. Na MŚ 2014 w Brazylii był podstawowym graczem Holandii, z którą sięgnął po brązowy medal.
Dzięki dobrym występom Vlaara w AZ Alkmaar klub zaproponował mu nowy kontrakt – wreszcie zawodowy, gdyż Vlaar dalej był związany z AZ kontraktem juniorskim. Jednak Vlaarem był zainteresowane również lepsze kluby z Ajaksem Amsterdam, Tottenhamem Hotspur i Feyenoordem na czele. W końcu Vlaar przeniósł się w styczniu 2006 do klubu z Rotterdamu, gdzie w wywalczeniu na stałe miejsce w składzie wciąż przeszkadzały mu kontuzje. Dopiero w sezonie 2009/2010 Vlaar rozegrał w lidze 32 mecze i powrócił do reprezentacji.
1 sierpnia 2012 roku podpisał trzyletni kontrakt z Aston Villą. „Lwy” zapłaciły za niego 3,2 mln funtów. W 2015 wrócił do AZ.