Kuijt jest wychowankiem amatorskiego klubu z rodzinnej miejscowości, Quick Boys. W wieku 18 lat został zauważony przez pierwszoligowyFC Utrecht. W Eredivisie zadebiutował 30 sierpnia 1998 w meczu z SC Cambuur. W sezonie 2002/2003 zdobył 20 bramek, plasując się w tabeli strzelców tuż za Mateją Kežmanem. Zainteresowali się nim działacze Feyenoordu. Kuijt, który dla FC Utrecht strzelił łącznie 51 goli w 161 meczach, odszedł w lecie 2003 roku do zespołu z Rotterdamu za sumę miliona euro[1]. W pierwszym sezonie gry na De Kuip zdobył 20 bramek, by w następnym (2004/2005) zdobyć ich 29 i zdobyć tytuł króla strzelców Eredivisie. Pierwszego hat-tricka zdobył w wygranym 6:1 meczu z De Graafschap. Kuijt ma również na koncie strzelone 4 gole w jednym meczu (przeciwko ADO Den Haag). W sierpniu 2006 roku został piłkarzem angielskiego Liverpool FC. Anglicy zapłacili za niego ok. 10 mln funtów. W sezonie 2011/2012 Kuijt zdobył z drużyną klubową Puchar Ligi Angielskiej[2].
3 czerwca 2012 podpisał trzyletni kontrakt z tureckim Fenerbahçe SK[3]. 22 maja 2013 zdobył Puchar Turcji. W następnym sezonie wywalczył z drużyną mistrzostwo Süper Lig, 19. w historii klubu. Od sezonu 2015/2016 ponownie gra w barwach holenderskiegoFeyenoordu. W sezonie 2016/2017 zdobył z tym klubem Mistrzostwo Holandii. W mistrzowskim sezonie strzelił 12 bramek, w tym hat-tricka w decydującym o mistrzostwie, meczu ostatniej kolejki przeciwko Heraclesowi Almelo, a wraz z jego końcem, ogłosił zakończenie kariery[4].