Degradacja Edmana

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
Skocz do: nawigacja, szukaj

Degradacja Edmana - metoda sekwencjonowania peptydów polegająca na kolejnym odrywaniu oznakowanych aminokwasów z N-końca cząsteczki peptydu. Opracowana w roku 1950 przez szwedzkiego biochemika Pehra Edmana[1].

Sumaryczny przebieg reakcji

Degradację Edmana wykonuje się w dwóch etapach, zasadowym i kwaśnym. Pierwszy etap to reakcja N-fenyloizotiocyjanianu z terminalną grupą aminową (-NH2), która w łagodnym środowisku alkalicznym występuje w formie obojętnej (niesprotonowanej). Otrzymany w ten sposób związek, pochodna tiomocznika, w następnym etapie w środowisku kwasu solnego ulega cyklizacji i rozpadowi do heterocyklicznego produktu degradacji nazywanego fenylotiohydantoinową pochodną aminokwasu (tzw. PTH-aminokwasu) oraz peptydu, krótszego o jeden aminokwas. Powstające PTH-aminokwasy są identyfikowane za pomocą chromatografii lub elektroforezy.

Mechanizm degradacji Edmana

Maksymalna długość sekwencjonowanego peptydu to 50-60 aminokwasów (ze względu na nieilościowy przebieg reakcji). Sekwencjonowanie metodą Edmana może być wykonywane w sposób zautomatyzowany[2]

Przypisy

  1. Edman, P.. Method for Determination of the Amino Acid Sequence in Peptides.. „Acta Chem. Scand.”. 4, s. 283-293, 1950. doi:10.3891/acta.chem.scand.04-0283. 
  2. HD. Niall. Automated Edman degradation: The protein sequenator. „Methods Enzymol”. 27, s. 942-1010, 1973. doi:10.1016/S0076-6879(73)27039-8. PMID 4773306.