30 grudnia 2006 ogłosił zakończenie piłkarskiej kariery, po czym zaczął próbować swoich sił jako komentator sportowy w Canal+. 10 sierpnia 2007 FIFA rozwiązała kontrakt Szymkowiaka z Trabzonsporem i stał się wolnym piłkarzem. Otrzymał oferty z kilku klubów Ekstraklasy – ale ostatecznie nie zdecydował się na wznowienie kariery.
W pierwszej reprezentacji Polski wystąpił 33 razy, zdobywając 3 bramki. Ostatni raz pojawił się w kadrze w meczu eliminacyjnym do ME'2008 przegranym 1:3 z Finlandią.