Maj 1920 – Przy stacjonującym w Białymstoku Batalionie Zapasowego 42 Pułku Piechoty powołano do życia Koło Sportowe – sekcję piłki nożnej. Pierwszy mecz rozegrano 30 maja 1920 roku, w którym zespół K.S.B.Z. 42 P.P. wygrał z Kresowcami 5:1.
1921 - Józef Piłsudski dwukrotnie oglądał mecz z udziałem WKS 42 PP. 21 sierpnia 1921 roku podczas wizyty w Białymstoku był świadkiem pojedynku wojskowych z Koroną Warszawa 5:2, a 5 października 1921 roku Naczelnik Państwa obejrzał w Grodnie mecz II Brygady piechoty legionów z WKS 42 PP 4:0.
1924 – Pierwszym oficjalnym mistrzem Białegostoku został WKS 42 PP, który w końcowej tabeli wyprzedził ŻKS Białystok i BOSO Białystok. Następnie piłkarze przystąpili do barażowej rywalizacji o awans do wileńskiej klasy A. Białostoczanie wyszli z niej zwycięsko.
2.11.1930 r. – Po zdobyciu mistrzostwa okręgu drużyna WKS-u 42 PP Białystok wystąpiła w barażu o I ligę. Rywalem był zespół WKS 82 PP Brześć, a rozegrany na boisku w Siedlcach mecz zakończył się porażką białostoczan 1:2.
27.01.1932 r. – po raz pierwszy w historii pojawia się nazwa Jagiellonia decyzją władz miasta z połączenia WKS 42 PP i KS Związku Młodzieży Wiejskiej powstaje Białostocki Klub Sportowy Jagiellonia.
09.04.1932 r. – pierwszy mecz z J-tką na piersiach, w którym Jagiellonia pokonuje Żydowski Klub Sportowy Białystok 4:2.
24.11.1935 r. – Jagiellonia zmieniła nazwę na Wojskowy Klub Sportowy Jagiellonia.
1938 r. - rozwiązanie sekcji piłki nożnej, Jagiellonia zostaje wycofana z rozgrywek.
18.10.1945 odbyło się zebranie działaczy sportowych, na którym wyłoniono zarząd BKS Jagiellonia. Reaktywacja klubu nastąpiła przy dużym zaangażowaniu Karola Kowalczyńskiego przedwojennego piłkarza Jagiellonii.
1946 - 1954 - Piłkarze Jagiellonii występują w barwach kolejnych klubów Motoru, Wici, Związkowca i Budowlanych.
26.01.1957 r. – z połączenia Budowlanych Białystok i Sparty Białystok oficjalnie zostaje reaktywowany BKS Jagiellonia.
21 czerwca 1959 – Awans Jagiellonii do ligi okręgowej po wygranym meczu 4:0 z Włókniarzem Białystok.
Przez ponad pół wieku siedziba klubu mieściła się w hali sportowej przy ul. Jurowieckiej 21. Została ona wybudowana w roku 1952, stając się siedzibą Budowlanych Białystok (od 1955 – Jagiellonii Białystok). W roku 1962 przy hali wybudowano stadion (im. Janusza Kusocińskiego), na którym przez wiele lat rozgrywał mecze I zespół Jagiellonii (w I, II, III i IV lidze). Ostatni mecz ligowy żółto-czerwoni rozegrali przy Jurowieckiej 2 października 2004 roku z RKS-em Radomsko (4:1).
1975 – Awans do II ligi. Oprócz awansu zespół Jagiellonii po raz pierwszy w swojej historii wywalczył Puchar Polski na szczeblu wojewódzkim.
6 czerwca 1987 roku na 3 kolejki przed zakończeniem sezonu, po wygranej w Sosnowcu piłkarze Jagiellonii po raz pierwszy historii awansowali do najwyższej klasy rozgrywkowej.
09.08.1987 – piłkarze białostockiej Jagiellonii w obecności 35 tys. widzów na stadionie miejskim rozegrali swój pierwszy w historii klubu mecz w I lidze. Ich przeciwnikiem był Łódzki Widzew, a mecz zakończył się remisem 1:1 (1:0). Pierwszą bramkę dla "Jagi" w ekstraklasie zdobył w 7 min. Jarosław Michalewicz.
Juniorzy starsi Jagiellonii z rocznika 1970, zdobyli złoty medal mistrzostw Polski. W finale jagiellończycy pokonali dwukrotnie po 1:0 Gwarka Zabrze. Wcześniej w półfinałach żółto-czerwoni pokonali 3:1 Śląsk Wrocław i 5:1 Hutnik Kraków oraz przegrali 2:3 ze Stoczniowcem Gdańsk.
24 czerwca 1989 roku piłkarze Jagiellonii w rozegranym w Olsztynie finale Pucharu Polski przegrali 2:5 (1:3) z warszawską Legią. Zdaniem wielu ekspertów i zwykłych kibiców – był to jeden z najlepszych piłkarsko finałów krajowego Pucharu w jego historii. Na zwycięzców w I rundzie Pucharu Zdobywców Pucharów czekała FC Barcelona. Białostocki zespół wystąpił w następującym składzie: Sowiński – Bartnowski, Lisowski, Ambrożej, Cylwik – Romaniuk (67. J.Szugzda), Czykier, Leszczyk, D. Bayer – J.Bayer, Michalewicz (67. C.Kulesza). Trener: Krzysztof Buliński.
20 czerwca 1992 roku po zwycięstwie w ostatniej kolejce w Rzeszowie z miejscową Resovią 1:0 Jagiellonia po dwóch latach nieobecności wraca do I ligi.
Po czterech latach juniorzy starsi Jagiellonii ponownie najlepsi w kraju. Wychowankowie Ryszarda Karalusa z rocznika 1974 tytuł wywalczyli w imponującym stylu. W dwumeczu finałowym pokonali Orła Łódź 4:0 i 6:3 (bramki strzelali Samuel Tomar – 5 bramek, Tomasz Frankowski – 3, Jacek Chańko – 2).
W sierpniu 1999 roku notarialną umowę o utworzeniu Sportowej Spółki Akcyjnej "Jagiellonia-Wersal Podlaski Białystok" podpisali Mirosław Mojsiuszko i Henryk Pasierski, reprezentujący BKS Jagiellonia Białystok oraz Remigiusz Rogowski i Antoni Piekut właściciele Wersalu Podlaskiego. Wersal wniósł do spółki nakłady finansowe, natomiast Jagiellonia – nieruchomości. SSA Jagiellonia-Wersal Podlaski zarejestrowano 11 października 1999 roku.
13 i 22 kwietnia doszło do dwumeczu w półfinale Pucharu Polski. Prowadzona przez Witolda Mroziewskiego drugoligowa Jagiellonia przegrała Legią.
Po czternastu latach nieobecności Jagiellonii wróciła do Ekstraklasy. Awans Jadze zapewnił sobie na kolejkę przed zakończeniem rozgrywek wygrywając 3 czerwca w Sosnowcu z Zagłębiem 1:0. Złotą bramkę zdobył w 51 minucie Janusz Wolański. Oto Jagiellonii z tego meczu: : J. Banaszyński – D. Łatka, Ł. Nawotczyński, T. Wałdoch, M. Wasiluk – M. Dzienis, J. Markiewicz, R. Naskręt, M. Marczak (82. E. Konon), J. Wolański (66. V. Sotirović) – R. Sobociński (75. J. Chańko). Trener: Artur Płatek.
28 listopada 2009 roku piłkarze Jagiellonii rozegrali setne spotkanie w ekstraklasie przed własną publicznością (0:0 z Lechią Gdańsk). Tydzień później, 5 grudnia w Wodzisławiu Śląskim (2:2 z Odrą) żółto-czerwoni rozegrali mecz nr 200 w ekstraklasie.
29 lipca 2010 – Jaga po raz pierwszy awansowała do rozgrywek międzynarodowych w losowaniu trafia na Aris FC. W pierwszym meczu w Białymstoku przegrywa 1:2 W rewanżu w Salonikach remisuje 2:2[2]
28 listopada 2010 – Jagiellonia Białystok zostaje mistrzem jesieni sezonu 2010/2011[5].
9 grudnia 2010 – Podczas obchodów 90-lecia istnienia Jagiellonii Białystok klub otrzymuje z rąk obecnego na gali Prezes PZPNGrzegorza Laty Diamentową Odznakę Związku za wybitne zasługi sportowe osiągnięte na przestrzeni lat – to najwyższe odznaczenie związkowe, jakie może otrzymać klub w kraju[6].
08.04.2011 – Tomasz Frankowski[7] strzela dwusetnego gola dla Jagiellonii ekstraklasie, dwusetne trafienie padło w meczu przeciwko Śląskowi Wrocław (1:1) z rzutu karnego.
29.05.2011 – Jagiellonia kończy sezon na 4. miejscu tabeli zapewniając sobie po raz drugi z rzędu miejsce w Lidze Europejskiej[8][9]
29.05.2011 – Tomasz Frankowski zdobywa tytuł króla strzelców w barwach Jagiellonii Białystok (14 goli)[10][11]
15 września 2013 roku na Stadionie Miejskim w Białymstoku Jagiellonia pokonała 6:0 Ruchu Chorzów, osiągając tym samym swój najlepszy wynik w historii jej występów w Ekstraklasie. Dzień po meczu trener chorzowian Jacek Zieliński podał się do dymisji[21].
07.04.2014 – Michał Probierz po 3 latach ponownie zostaje trenerem Jagiellonii.
04.06.2017 - Jagiellonia kończy sezon 2016/17 jako wicemistrz Polski.