Był studentem scenarzysty Nelsona Giddinga w Uniwersytecie Stanforda i wrócił do jego klasy jako wolny słuchacz. Swój pierwszy scenariusz napisał w 1990 roku do filmu Wykonać wyrok. Za pieniądze ze scenariusza kupił sobie model Isuzu Trooper, który został skradziony pierwszej nocy, kiedy go przywiózł.
Goyer zaczął od pisania komiksów, m.in Doctor Strange, Ghost Rider, Batman: Początek, Mroczny Rycerz i The Flash.
Napisał komiksy z serii Liga Sprawiedliwych dla DC Comics, debiutując w 1999 roku. Ligę Sprawiedliwych Bez Granic napisał już z pomocą Jamesa Robinsona i Goeffa Johnsa.
Goyer był z Brannon'em Bragą współtwórcą FlashForward: Przebłysk jutra, serialu science fiction, którego premiera odbyła się jesienią 2009 roku na kanale ABC. Serial oparty jest na powieści Robert J. Sawyer.
