Wojciech Karłowski: Różnice pomiędzy wersjami

Z Wikipedii, wolnej encyklopedii
Przeglądaj historię interaktywnie
[wersja nieprzejrzana][wersja nieprzejrzana]
← poprzednia edycjanastępna edycja →
Usunięta treść Dodana treść
WizualnieWikikod
źródła/przypisy
źródła/przypisy, linki zewnętrzne
Linia 32: Linia 32:
Wojciech Karłowski odbył staż podoktorski w laboratorium prof. dr Ann Hirsch w Institute of Molecular, Cell and Developmental Biology [[Uniwersytet Kalifornijski w Los Angeles|University of California Los Angeles (UCLA)]] w latach 1997-2000. Tematyka jego prac badawczych w tym okresie dotyczyła zagadnień związanych z interakcjami symbiotycznymi [[Bobowate|roślin motylkowych]] i bakterii oraz charakterystyki nowego genu zidentyfikowanego podczas analizy mutantów [[Lucerna (roślina)|lucerny (''Medicago sativa'')]] zablokowanych na wczesnych etapach rozwoju symbiozy<ref name=":2" />.
Wojciech Karłowski odbył staż podoktorski w laboratorium prof. dr Ann Hirsch w Institute of Molecular, Cell and Developmental Biology [[Uniwersytet Kalifornijski w Los Angeles|University of California Los Angeles (UCLA)]] w latach 1997-2000. Tematyka jego prac badawczych w tym okresie dotyczyła zagadnień związanych z interakcjami symbiotycznymi [[Bobowate|roślin motylkowych]] i bakterii oraz charakterystyki nowego genu zidentyfikowanego podczas analizy mutantów [[Lucerna (roślina)|lucerny (''Medicago sativa'')]] zablokowanych na wczesnych etapach rozwoju symbiozy<ref name=":2" />.


W latach 2001-2004 Wojciech Karłowski pracował jako naukowiec w Instytucie Bioinformatyki / Munich Information Center for Protein Sequences (MIPS) w [[Monachium]] w grupie dr Klausa F.X. Mayera. Realizował tam badania poświęcone genomice obliczeniowej roślin we współpracy z takimi ośrodkami naukowymi, jak Arizona Genomics Institute, Arizona Computational Laboratory, Whitehead Institute MIT, czy [[Uniwersytet Rutgersa|Rutgers University]]<ref name=":3" />. Najważniejszy projekt, nad którym pracował podczas pobytu w [[Monachium]], dotyczył  bioinformatycznej analizy danych produkowanych w trakcie sekwencjonowania genomu [[Kukurydza zwyczajna|kukurydzy]]. Dzięki wykorzystaniu zaawansowanych technik biologii obliczeniowej umożliwił on pierwsze spojrzenie na skład genomu [[Kukurydza zwyczajna|kukurydzy]] oraz historię jego [[Ewolucja biologiczna|ewolucji]]<ref name=":4" />.
W latach 2001-2004 Wojciech Karłowski pracował jako naukowiec w Instytucie Bioinformatyki / Munich Information Center for Protein Sequences (MIPS) w [[Monachium]] w grupie dr Klausa F.X. Mayera. Realizował tam badania poświęcone genomice obliczeniowej roślin we współpracy z takimi ośrodkami naukowymi, jak [https://www.genome.arizona.edu/ Arizona Genomics Institute], [https://wi.mit.edu/ Whitehead Institute MIT], czy [[Uniwersytet Rutgersa|Rutgers University]]<ref name=":3" /><ref>{{Cytuj |autor = W. M. Karlowski |tytuł = MOsDB: an integrated information resource for rice genomics |czasopismo = Nucleic Acids Research |data = 2003-01-01 |data dostępu = 2021-02-19 |wolumin = 31 |numer = 1 |s = 190–192 |doi = 10.1093/nar/gkg073 |pmid = 12519979 |pmc = PMC165520 |url = https://academic.oup.com/nar/article-lookup/doi/10.1093/nar/gkg073}}</ref><ref>{{Cytuj |autor = Kathrin Schrick, Diana Nguyen, Wojciech M Karlowski, Klaus FX Mayer |tytuł = [No title found] |czasopismo = Genome Biology |data = 2004 |data dostępu = 2021-02-19 |wolumin = 5 |numer = 6 |s = R41 |doi = 10.1186/gb-2004-5-6-r41 |pmid = 15186492 |pmc = PMC463074 |url = http://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/gb-2004-5-6-r41}}</ref>. Najważniejszy projekt, nad którym pracował podczas pobytu w [[Monachium]], dotyczył  bioinformatycznej analizy danych produkowanych w trakcie sekwencjonowania genomu [[Kukurydza zwyczajna|kukurydzy]]. Dzięki wykorzystaniu zaawansowanych technik biologii obliczeniowej umożliwił on pierwsze spojrzenie na skład genomu [[Kukurydza zwyczajna|kukurydzy]] oraz historię jego [[Ewolucja biologiczna|ewolucji]]<ref name=":4" />.


Wojciech Karłowski podjął pracę na Wydziale Biologii [[Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu|Uniwersytetu im. A. Mickiewicza]] w [[Poznań|Poznaniu]] w 2004 roku. W 2007 roku odbył 3 miesięczny staż na Uniwersytecie w [[Perpignan]] we [[Francja|Francji]] w ramach projektu Marie Curie Host Fellowships for the Transfer of Knowledge. Rozpoczął w tym czasie projekt naukowy poświęcony analizom bioinformatycznym [[Domena białka|domen białkowych]] zaangażowanych w procesy wyciszania [[Transkrypcja (genetyka)|transkrypcji]] we współpracy z dr Thierrym Lagrange. W 2008 roku Wojciech Karłowski został zaproszony przez Uniwersytet w [[Perpignan]] jako profesor wizytujący i realizował tam projekt związany z identyfikacją oraz analizą funkcji [[miRNA]] w [[Ryż|ryżu]] we współpracy z prof. Manuelem Echeverria. W tym samym roku Rada Wydziału Biologii [[Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu|Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza]] nadała mu stopień naukowy [[Habilitacja|doktora habilitowanego nauk biologicznych]] w zakresie biologii<ref name=":0" />. W czerwcu 2009 roku Rektor UAM mianował go na stanowisko [[Profesor nadzwyczajny|profesora nadzwyczajnego]] w Pracowni Bioinformatyki. Jednocześnie Wojciech Karłowski założył własną grupę badawczą, która zajmowała się projektami z obszaru [[Genomika|genomiki]], analiz danych biologicznych oraz badaniami nad [[Niekodujący RNA|niekodującymi RNA]].
Wojciech Karłowski podjął pracę na Wydziale Biologii [[Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu|Uniwersytetu im. A. Mickiewicza]] w [[Poznań|Poznaniu]] w 2004 roku. W 2007 roku odbył 3 miesięczny staż na Uniwersytecie w [[Perpignan]] we [[Francja|Francji]] w ramach projektu Marie Curie Host Fellowships for the Transfer of Knowledge. Rozpoczął w tym czasie projekt naukowy poświęcony analizom bioinformatycznym [[Domena białka|domen białkowych]] zaangażowanych w procesy wyciszania [[Transkrypcja (genetyka)|transkrypcji]] we współpracy z dr Thierrym Lagrange<ref name=":5" /><ref>{{Cytuj |autor = Dominique Pontier, Claire Picart, François Roudier, Damien Garcia, Sylvie Lahmy |tytuł = NERD, a Plant-Specific GW Protein, Defines an Additional RNAi-Dependent Chromatin-Based Pathway in Arabidopsis |czasopismo = Molecular Cell |data = 2012-10 |data dostępu = 2021-02-19 |wolumin = 48 |numer = 1 |s = 121–132 |doi = 10.1016/j.molcel.2012.07.027 |url = https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S1097276512006545 |język = en}}</ref>. W 2008 roku Wojciech Karłowski został zaproszony przez Uniwersytet w [[Perpignan]] jako profesor wizytujący i realizował tam projekt związany z identyfikacją oraz analizą funkcji [[miRNA]] w [[Ryż|ryżu]] we współpracy z prof. Manuelem Echeverria<ref>{{Cytuj |autor = S.-I. Lin, C. Santi, E. Jobet, E. Lacut, N. El Kholti |tytuł = Complex Regulation of Two Target Genes Encoding SPX-MFS Proteins by Rice miR827 in Response to Phosphate Starvation |czasopismo = Plant and Cell Physiology |data = 2010-12-01 |data dostępu = 2021-02-19 |issn = 0032-0781 |wolumin = 51 |numer = 12 |s = 2119–2131 |doi = 10.1093/pcp/pcq170 |url = https://academic.oup.com/pcp/article-lookup/doi/10.1093/pcp/pcq170 |język = en}}</ref>. W tym samym roku Rada Wydziału Biologii [[Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu|Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza]] nadała mu stopień naukowy [[Habilitacja|doktora habilitowanego nauk biologicznych]] w zakresie biologii<ref name=":0" />. W czerwcu 2009 roku Rektor UAM mianował go na stanowisko [[Profesor nadzwyczajny|profesora nadzwyczajnego]] w Pracowni Bioinformatyki. Jednocześnie Wojciech Karłowski założył własną grupę badawczą, która zajmowała się projektami z obszaru [[Genomika|genomiki]], analiz danych biologicznych oraz badaniami nad [[Niekodujący RNA|niekodującymi RNA]].


W 2014 roku [[Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej]] nadał Wojciechowi Karłowskiemu [[Tytuł profesora|tytuł naukowy profesora nauk biologicznych]]<ref name=":1" />. W tym samym roku objął on stanowisko profesora na Wydziale Biologii [[Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu|Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza]] w [[Poznań|Poznaniu]] oraz zaczął kierować Zakładem Biologii Obliczeniowej (combio.pl). Jego zespół pracuje nad projektami związanymi z analizą danych biologicznych. W swoich badaniach wykorzystuje metody obliczeniowe do poznawania procesów biologicznych oraz prowadzenia wysokoprzepustowych analiz porównawczych, funkcjonalnych i ewolucyjnych w [[Biologia molekularna|biologii molekularnej]].
W 2014 roku [[Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej]] nadał Wojciechowi Karłowskiemu [[Tytuł profesora|tytuł naukowy profesora nauk biologicznych]]<ref name=":1" />. W tym samym roku objął on stanowisko profesora na Wydziale Biologii [[Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu|Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza]] w [[Poznań|Poznaniu]] oraz zaczął kierować [http://combio.pl/ Zakładem Biologii Obliczeniowej]. Jego zespół pracuje nad projektami związanymi z analizą danych biologicznych. W swoich badaniach wykorzystuje metody obliczeniowe do poznawania procesów biologicznych oraz prowadzenia wysokoprzepustowych analiz porównawczych, funkcjonalnych i ewolucyjnych w [[Biologia molekularna|biologii molekularnej]]<ref>{{Cytuj |tytuł = combio {{!}} Research |data dostępu = 2021-02-19 |opublikowany = combio.pl |url = http://combio.pl/research.php}}</ref><ref name=":6" /><ref name=":7" /><ref>{{Cytuj |autor = The RNAcentral Consortium, Blake A Sweeney, Anton I Petrov, Boris Burkov, Robert D Finn |tytuł = RNAcentral: a hub of information for non-coding RNA sequences |czasopismo = Nucleic Acids Research |data = 2019-01-08 |data dostępu = 2021-02-19 |issn = 0305-1048 |wolumin = 47 |numer = D1 |s = D221–D229 |doi = 10.1093/nar/gky1034 |pmid = 30395267 |pmc = PMC6324050 |url = https://academic.oup.com/nar/article/47/D1/D221/5160993 |język = en}}</ref><ref>{{Cytuj |autor = Agnieszka Thompson, Andrzej Zielezinski, Patrycja Plewka, Maciej Szymanski, Przemyslaw Nuc |tytuł = tRex: A Web Portal for Exploration of tRNA-Derived Fragments in Arabidopsis thaliana |czasopismo = Plant and Cell Physiology |data = 2018-01-01 |data dostępu = 2021-02-19 |issn = 0032-0781 |wolumin = 59 |numer = 1 |s = e1–e1 |doi = 10.1093/pcp/pcx173 |url = https://academic.oup.com/pcp/article/59/1/e1/4627829 |język = en}}</ref>.


== Główne osiągnięcia naukowe: ==
== Główne osiągnięcia naukowe: ==
Wojciech Karłowski specjalizuje się w [[Bioinformatyka|bioinformatyce]], [[Biologia molekularna|biologii molekularnej]], [[Genetyka molekularna|genetyce molekularnej]] i [[Genomika|genomice]]. Jest autorem szeregu prac naukowych w międzynarodowych czasopismach naukowych<ref>{{Cytuj |tytuł = Wojtek Karlowski |data dostępu = 2021-02-18 |opublikowany = scholar.google.com |url = https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=XX1GbB8AAAAJ}}</ref><ref>{{Cytuj |autor = ORCID |tytuł = Wojciech Karlowski (0000-0002-8086-5404) |data dostępu = 2021-02-18 |opublikowany = orcid.org |url = https://orcid.org/0000-0002-8086-5404 |język = en}}</ref><ref>https://www.researchgate.net/profile/Wojciech_Karlowski</ref>. Do jego najważniejszych osiągnięć należą:
Wojciech Karłowski specjalizuje się w [[Bioinformatyka|bioinformatyce]], [[Biologia molekularna|biologii molekularnej]], [[Genetyka molekularna|genetyce molekularnej]] i [[Genomika|genomice]]. Jest autorem szeregu publikacji w międzynarodowych czasopismach naukowych<ref>{{Cytuj |tytuł = Wojtek Karlowski |data dostępu = 2021-02-18 |opublikowany = scholar.google.com |url = https://scholar.google.com/citations?hl=en&user=XX1GbB8AAAAJ}}</ref><ref>{{Cytuj |autor = ORCID |tytuł = Wojciech Karlowski (0000-0002-8086-5404) |data dostępu = 2021-02-18 |opublikowany = orcid.org |url = https://orcid.org/0000-0002-8086-5404 |język = en}}</ref><ref>https://www.researchgate.net/profile/Wojciech_Karlowski</ref>. Do jego najważniejszych osiągnięć należą:


* Zielezinski A, Girgis HZ, Bernard G, Leimeister CA, Tang K, Dencker T, Lau AK, Röhling S, Choi JJ, Waterman MS, Comin M, Kim SH, Vinga S, Almeida JS, Chan CX, James BT, Sun F, Morgenstern B, Karlowski WM. Benchmarking of alignment-free sequence comparison methods. Genome Biol. 2019 Jul 25;20(1):144. doi: 10.1186/s13059-019-1755-7<ref>{{Cytuj |autor = Andrzej Zielezinski, Hani Z. Girgis, Guillaume Bernard, Chris-Andre Leimeister, Kujin Tang |tytuł = Benchmarking of alignment-free sequence comparison methods |czasopismo = Genome Biology |data = 2019-12 |data dostępu = 2021-02-17 |issn = 1474-760X |wolumin = 20 |numer = 1 |s = 144 |doi = 10.1186/s13059-019-1755-7 |pmid = 31345254 |pmc = PMC6659240 |url = https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-019-1755-7 |język = en}}</ref>.
* Zielezinski A, Girgis HZ, Bernard G, Leimeister CA, Tang K, Dencker T, Lau AK, Röhling S, Choi JJ, Waterman MS, Comin M, Kim SH, Vinga S, Almeida JS, Chan CX, James BT, Sun F, Morgenstern B, Karlowski WM. Benchmarking of alignment-free sequence comparison methods. Genome Biol. 2019 Jul 25;20(1):144. doi: 10.1186/s13059-019-1755-7<ref name=":6">{{Cytuj |autor = Andrzej Zielezinski, Hani Z. Girgis, Guillaume Bernard, Chris-Andre Leimeister, Kujin Tang |tytuł = Benchmarking of alignment-free sequence comparison methods |czasopismo = Genome Biology |data = 2019-12 |data dostępu = 2021-02-17 |issn = 1474-760X |wolumin = 20 |numer = 1 |s = 144 |doi = 10.1186/s13059-019-1755-7 |pmid = 31345254 |pmc = PMC6659240 |url = https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-019-1755-7 |język = en}}</ref>.
* Zielezinski A, Karlowski WM. Integrative data analysis indicates an intrinsic disordered domain character of Argonaute-binding motifs. Bioinformatics. 2015 Feb 1;31(3):332-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btu666<ref>{{Cytuj |autor = Andrzej Zielezinski, Wojciech M. Karlowski |tytuł = Integrative data analysis indicates an intrinsic disordered domain character of Argonaute-binding motifs |czasopismo = Bioinformatics |data = 2015-02-01 |data dostępu = 2021-02-17 |issn = 1460-2059 |wolumin = 31 |numer = 3 |s = 332–339 |doi = 10.1093/bioinformatics/btu666 |url = https://academic.oup.com/bioinformatics/article-lookup/doi/10.1093/bioinformatics/btu666 |język = en}}</ref>.
* Zielezinski A, Karlowski WM. Integrative data analysis indicates an intrinsic disordered domain character of Argonaute-binding motifs. Bioinformatics. 2015 Feb 1;31(3):332-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btu666<ref name=":7">{{Cytuj |autor = Andrzej Zielezinski, Wojciech M. Karlowski |tytuł = Integrative data analysis indicates an intrinsic disordered domain character of Argonaute-binding motifs |czasopismo = Bioinformatics |data = 2015-02-01 |data dostępu = 2021-02-17 |issn = 1460-2059 |wolumin = 31 |numer = 3 |s = 332–339 |doi = 10.1093/bioinformatics/btu666 |url = https://academic.oup.com/bioinformatics/article-lookup/doi/10.1093/bioinformatics/btu666 |język = en}}</ref>.
* Karlowski WM, Zielezinski A, Carrère J, Pontier D, Lagrange T, Cooke R. Genome-wide computational identification of WG/GW Argonaute-binding proteins in Arabidopsis. Nucleic Acids Res. 2010 Jul;38(13):4231-45. doi: 10.1093/nar/gkq162<ref>{{Cytuj |autor = Wojciech M. Karlowski, Andrzej Zielezinski, Julie Carrère, Dominique Pontier, Thierry Lagrange |tytuł = Genome-wide computational identification of WG/GW Argonaute-binding proteins in Arabidopsis |czasopismo = Nucleic Acids Research |data = 2010-07 |data dostępu = 2021-02-17 |issn = 1362-4962 |wolumin = 38 |numer = 13 |s = 4231–4245 |doi = 10.1093/nar/gkq162 |pmid = 20338883 |pmc = PMC2910046 |url = https://academic.oup.com/nar/article-lookup/doi/10.1093/nar/gkq162 |język = en}}</ref>.
* Karlowski WM, Zielezinski A, Carrère J, Pontier D, Lagrange T, Cooke R. Genome-wide computational identification of WG/GW Argonaute-binding proteins in Arabidopsis. Nucleic Acids Res. 2010 Jul;38(13):4231-45. doi: 10.1093/nar/gkq162<ref name=":5">{{Cytuj |autor = Wojciech M. Karlowski, Andrzej Zielezinski, Julie Carrère, Dominique Pontier, Thierry Lagrange |tytuł = Genome-wide computational identification of WG/GW Argonaute-binding proteins in Arabidopsis |czasopismo = Nucleic Acids Research |data = 2010-07 |data dostępu = 2021-02-17 |issn = 1362-4962 |wolumin = 38 |numer = 13 |s = 4231–4245 |doi = 10.1093/nar/gkq162 |pmid = 20338883 |pmc = PMC2910046 |url = https://academic.oup.com/nar/article-lookup/doi/10.1093/nar/gkq162 |język = en}}</ref>.
* Messing J, Bharti AK, Karlowski WM, Gundlach H, Kim HR, Yu Y, Wei F, Fuks G, Soderlund CA, Mayer KF, Wing RA. Sequence composition and genome organization of maize. Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Oct 5;101(40):14349-54. doi: 10.1073/pnas.0406163101<ref name=":4">{{Cytuj |autor = J. Messing, A. K. Bharti, W. M. Karlowski, H. Gundlach, H. R. Kim |tytuł = Sequence composition and genome organization of maize |czasopismo = Proceedings of the National Academy of Sciences |data = 2004-10-05 |data dostępu = 2021-02-17 |issn = 0027-8424 |wolumin = 101 |numer = 40 |s = 14349–14354 |doi = 10.1073/pnas.0406163101 |pmid = 15388850 |pmc = PMC521949 |url = http://www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.0406163101 |język = en}}</ref>.
* Messing J, Bharti AK, Karlowski WM, Gundlach H, Kim HR, Yu Y, Wei F, Fuks G, Soderlund CA, Mayer KF, Wing RA. Sequence composition and genome organization of maize. Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Oct 5;101(40):14349-54. doi: 10.1073/pnas.0406163101<ref name=":4">{{Cytuj |autor = J. Messing, A. K. Bharti, W. M. Karlowski, H. Gundlach, H. R. Kim |tytuł = Sequence composition and genome organization of maize |czasopismo = Proceedings of the National Academy of Sciences |data = 2004-10-05 |data dostępu = 2021-02-17 |issn = 0027-8424 |wolumin = 101 |numer = 40 |s = 14349–14354 |doi = 10.1073/pnas.0406163101 |pmid = 15388850 |pmc = PMC521949 |url = http://www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.0406163101 |język = en}}</ref>.
* Shiu SH, Karlowski WM, Pan R, Tzeng YH, Mayer KF, Li WH. Comparative analysis of the receptor-like kinase family in Arabidopsis and rice. Plant Cell. 2004 May;16(5):1220-34. doi: 10.1105/tpc.020834<ref name=":3">{{Cytuj |autor = Shin-Han Shiu, Wojciech M. Karlowski, Runsun Pan, Yun-Huei Tzeng, Klaus F. X. Mayer |tytuł = Comparative Analysis of the Receptor-Like Kinase Family in Arabidopsis and Rice |czasopismo = The Plant Cell |data = 2004-05 |data dostępu = 2021-02-17 |issn = 1040-4651 |wolumin = 16 |numer = 5 |s = 1220–1234 |doi = 10.1105/tpc.020834 |pmid = 15105442 |pmc = PMC423211 |url = https://academic.oup.com/plcell/article/16/5/1220-1234/6010173 |język = en}}</ref>.
* Shiu SH, Karlowski WM, Pan R, Tzeng YH, Mayer KF, Li WH. Comparative analysis of the receptor-like kinase family in Arabidopsis and rice. Plant Cell. 2004 May;16(5):1220-34. doi: 10.1105/tpc.020834<ref name=":3">{{Cytuj |autor = Shin-Han Shiu, Wojciech M. Karlowski, Runsun Pan, Yun-Huei Tzeng, Klaus F. X. Mayer |tytuł = Comparative Analysis of the Receptor-Like Kinase Family in Arabidopsis and Rice |czasopismo = The Plant Cell |data = 2004-05 |data dostępu = 2021-02-17 |issn = 1040-4651 |wolumin = 16 |numer = 5 |s = 1220–1234 |doi = 10.1105/tpc.020834 |pmid = 15105442 |pmc = PMC423211 |url = https://academic.oup.com/plcell/article/16/5/1220-1234/6010173 |język = en}}</ref>.

Wersja z 17:46, 19 lut 2021

Wojciech Karłowski
Ilustracja
Data i miejsce urodzenia

10 stycznia 1966
Poznań

Profesor nauk biologicznych
Specjalność: bioinformatyka, biologia obliczeniowa, biologia molekularna, genetyka molekularna, genomika
Alma Mater

Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu

Doktorat

1996 – biologia molekularna

Habilitacja

2008 – biologia

Profesura

2014

Naukowiec i nauczyciel akademicki
Uczelnia

Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu

Wydział

Wydział Biologii

Stanowisko

Profesor

Kierownik Zakładu Biologii Obliczeniowej
[combio.pl Strona internetowa]

Wojciech Karłowski

Wojciech Maciej Karłowski (ur. 10 stycznia 1966) - polski biolog specjalizujący się w biologii molekularnej i bioinformatyce[1]. Profesor nauk biologicznych[2]. Kierownik Zakładu Biologii Obliczeniowej na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Jego zainteresowania naukowe obejmują identyfikację niekodujących RNA, genomikę, analizy wysokoprzepustowe i adnotację funkcjonalną sekwencji biologicznych.

Życiorys Naukowy

Wojciech Karłowski ukończył studia o specjalności biologia molekularna na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu w 1991 roku. W trakcie studiów odbył trzymiesięczną praktykę w ramach wymiany IAESTE w laboratorium prof. L. Jaenicke w Instytucie Biochemii Uniwersytetu w Kolonii.

W latach 1991-1996 Wojciech Karłowski kształcił się w kierunku genetyki molekularnej roślin w ramach studium doktoranckiego na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. A. Mickiewicza. Jego prace badawcze dotyczyły molekularnych mechanizmów zaangażowanych w procesy symbiotycznego wiązania azotu przez rośliny motylkowe. Rozprawę doktorską pod tytułem 'Geny kodujące brodawkowo-specyficzne białka prolino-bogate w łubinie żółtym' obronił w 1996 roku. Promotorem w jego przewodzie doktorskim był prof. dr hab. Andrzej B. Legocki[1].

Wojciech Karłowski odbył staż podoktorski w laboratorium prof. dr Ann Hirsch w Institute of Molecular, Cell and Developmental Biology University of California Los Angeles (UCLA) w latach 1997-2000. Tematyka jego prac badawczych w tym okresie dotyczyła zagadnień związanych z interakcjami symbiotycznymi roślin motylkowych i bakterii oraz charakterystyki nowego genu zidentyfikowanego podczas analizy mutantów lucerny (Medicago sativa) zablokowanych na wczesnych etapach rozwoju symbiozy[3].

W latach 2001-2004 Wojciech Karłowski pracował jako naukowiec w Instytucie Bioinformatyki / Munich Information Center for Protein Sequences (MIPS) w Monachium w grupie dr Klausa F.X. Mayera. Realizował tam badania poświęcone genomice obliczeniowej roślin we współpracy z takimi ośrodkami naukowymi, jak Arizona Genomics Institute, Whitehead Institute MIT, czy Rutgers University[4][5][6]. Najważniejszy projekt, nad którym pracował podczas pobytu w Monachium, dotyczył  bioinformatycznej analizy danych produkowanych w trakcie sekwencjonowania genomu kukurydzy. Dzięki wykorzystaniu zaawansowanych technik biologii obliczeniowej umożliwił on pierwsze spojrzenie na skład genomu kukurydzy oraz historię jego ewolucji[7].

Wojciech Karłowski podjął pracę na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. A. Mickiewicza w Poznaniu w 2004 roku. W 2007 roku odbył 3 miesięczny staż na Uniwersytecie w Perpignan we Francji w ramach projektu Marie Curie Host Fellowships for the Transfer of Knowledge. Rozpoczął w tym czasie projekt naukowy poświęcony analizom bioinformatycznym domen białkowych zaangażowanych w procesy wyciszania transkrypcji we współpracy z dr Thierrym Lagrange[8][9]. W 2008 roku Wojciech Karłowski został zaproszony przez Uniwersytet w Perpignan jako profesor wizytujący i realizował tam projekt związany z identyfikacją oraz analizą funkcji miRNA w ryżu we współpracy z prof. Manuelem Echeverria[10]. W tym samym roku Rada Wydziału Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza nadała mu stopień naukowy doktora habilitowanego nauk biologicznych w zakresie biologii[1]. W czerwcu 2009 roku Rektor UAM mianował go na stanowisko profesora nadzwyczajnego w Pracowni Bioinformatyki. Jednocześnie Wojciech Karłowski założył własną grupę badawczą, która zajmowała się projektami z obszaru genomiki, analiz danych biologicznych oraz badaniami nad niekodującymi RNA.

W 2014 roku Prezydent Rzeczypospolitej Polskiej nadał Wojciechowi Karłowskiemu tytuł naukowy profesora nauk biologicznych[2]. W tym samym roku objął on stanowisko profesora na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu oraz zaczął kierować Zakładem Biologii Obliczeniowej. Jego zespół pracuje nad projektami związanymi z analizą danych biologicznych. W swoich badaniach wykorzystuje metody obliczeniowe do poznawania procesów biologicznych oraz prowadzenia wysokoprzepustowych analiz porównawczych, funkcjonalnych i ewolucyjnych w biologii molekularnej[11][12][13][14][15].

Główne osiągnięcia naukowe:

Wojciech Karłowski specjalizuje się w bioinformatyce, biologii molekularnej, genetyce molekularnej i genomice. Jest autorem szeregu publikacji w międzynarodowych czasopismach naukowych[16][17][18]. Do jego najważniejszych osiągnięć należą:

  • Zielezinski A, Girgis HZ, Bernard G, Leimeister CA, Tang K, Dencker T, Lau AK, Röhling S, Choi JJ, Waterman MS, Comin M, Kim SH, Vinga S, Almeida JS, Chan CX, James BT, Sun F, Morgenstern B, Karlowski WM. Benchmarking of alignment-free sequence comparison methods. Genome Biol. 2019 Jul 25;20(1):144. doi: 10.1186/s13059-019-1755-7[12].
  • Zielezinski A, Karlowski WM. Integrative data analysis indicates an intrinsic disordered domain character of Argonaute-binding motifs. Bioinformatics. 2015 Feb 1;31(3):332-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btu666[13].
  • Karlowski WM, Zielezinski A, Carrère J, Pontier D, Lagrange T, Cooke R. Genome-wide computational identification of WG/GW Argonaute-binding proteins in Arabidopsis. Nucleic Acids Res. 2010 Jul;38(13):4231-45. doi: 10.1093/nar/gkq162[8].
  • Messing J, Bharti AK, Karlowski WM, Gundlach H, Kim HR, Yu Y, Wei F, Fuks G, Soderlund CA, Mayer KF, Wing RA. Sequence composition and genome organization of maize. Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Oct 5;101(40):14349-54. doi: 10.1073/pnas.0406163101[7].
  • Shiu SH, Karlowski WM, Pan R, Tzeng YH, Mayer KF, Li WH. Comparative analysis of the receptor-like kinase family in Arabidopsis and rice. Plant Cell. 2004 May;16(5):1220-34. doi: 10.1105/tpc.020834[4].
  • Karlowski WM, Hirsch AM. The over-expression of an alfalfa RING-H2 gene induces pleiotropic effects on plant growth and development. Plant Mol Biol. 2003 May;52(1):121-33. doi: 10.1023/a:1023916701669[3].

Linki zewnętrzne

Strona Zakładu Biologii Obliczeniowej UAM: combio.pl.

Przypisy

Kategoria:Bioinformatyka Kategoria:Polscy biolodzy Kategoria:Wykładowcy Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu Kategoria:Absolwenci Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu Kategoria:Urodzeni w 1966 Kategoria:Naukowcy

  1. ↑ a b c Nauka Polska [online].
  2. ↑ a b Wolters Kluwer, Nadanie tytułu profesora. [online], OpenLEX [dostęp 2021-02-13] (pol.).
  3. ↑ a b Wojciech M. Karlowski, [No title found], „Plant Molecular Biology”, 52 (1), 2003, s. 121–133, DOI: 10.1023/A:1023916701669 [dostęp 2021-02-17].
  4. ↑ a b Shin-Han Shiu i inni, Comparative Analysis of the Receptor-Like Kinase Family in Arabidopsis and Rice, „The Plant Cell”, 16 (5), 2004, s. 1220–1234, DOI: 10.1105/tpc.020834, ISSN 1040-4651, PMID: 15105442, PMCID: PMC423211 [dostęp 2021-02-17] (ang.).
  5. ↑ W.M. Karlowski, MOsDB: an integrated information resource for rice genomics, „Nucleic Acids Research”, 31 (1), 2003, s. 190–192, DOI: 10.1093/nar/gkg073, PMID: 12519979, PMCID: PMC165520 [dostęp 2021-02-19].
  6. ↑ Kathrin Schrick i inni, [No title found], „Genome Biology”, 5 (6), 2004, R41, DOI: 10.1186/gb-2004-5-6-r41, PMID: 15186492, PMCID: PMC463074 [dostęp 2021-02-19].
  7. ↑ a b J. Messing i inni, Sequence composition and genome organization of maize, „Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America”, 101 (40), 2004, s. 14349–14354, DOI: 10.1073/pnas.0406163101, ISSN 0027-8424, PMID: 15388850, PMCID: PMC521949 [dostęp 2021-02-17] (ang.).
  8. ↑ a b Wojciech M. Karlowski i inni, Genome-wide computational identification of WG/GW Argonaute-binding proteins in Arabidopsis, „Nucleic Acids Research”, 38 (13), 2010, s. 4231–4245, DOI: 10.1093/nar/gkq162, ISSN 1362-4962, PMID: 20338883, PMCID: PMC2910046 [dostęp 2021-02-17] (ang.).
  9. ↑ Dominique Pontier i inni, NERD, a Plant-Specific GW Protein, Defines an Additional RNAi-Dependent Chromatin-Based Pathway in Arabidopsis, „Molecular Cell”, 48 (1), 2012, s. 121–132, DOI: 10.1016/j.molcel.2012.07.027 [dostęp 2021-02-19] (ang.).
  10. ↑ S.-I. Lin i inni, Complex Regulation of Two Target Genes Encoding SPX-MFS Proteins by Rice miR827 in Response to Phosphate Starvation, „Plant and Cell Physiology”, 51 (12), 2010, s. 2119–2131, DOI: 10.1093/pcp/pcq170, ISSN 0032-0781 [dostęp 2021-02-19] (ang.).
  11. ↑ combio | Research [online], combio.pl [dostęp 2021-02-19].
  12. ↑ a b Andrzej Zielezinski i inni, Benchmarking of alignment-free sequence comparison methods, „Genome Biology”, 20 (1), 2019, s. 144, DOI: 10.1186/s13059-019-1755-7, ISSN 1474-760X, PMID: 31345254, PMCID: PMC6659240 [dostęp 2021-02-17] (ang.).
  13. ↑ a b Andrzej Zielezinski, Wojciech M. Karlowski, Integrative data analysis indicates an intrinsic disordered domain character of Argonaute-binding motifs, „Bioinformatics”, 31 (3), 2015, s. 332–339, DOI: 10.1093/bioinformatics/btu666, ISSN 1460-2059 [dostęp 2021-02-17] (ang.).
  14. ↑ The RNAcentral Consortium i inni, RNAcentral: a hub of information for non-coding RNA sequences, „Nucleic Acids Research”, 47 (D1), 2019, D221–D229, DOI: 10.1093/nar/gky1034, ISSN 0305-1048, PMID: 30395267, PMCID: PMC6324050 [dostęp 2021-02-19] (ang.).
  15. ↑ Agnieszka Thompson i inni, tRex: A Web Portal for Exploration of tRNA-Derived Fragments in Arabidopsis thaliana, „Plant and Cell Physiology”, 59 (1), 2018, e1–e1, DOI: 10.1093/pcp/pcx173, ISSN 0032-0781 [dostęp 2021-02-19] (ang.).
  16. ↑ Wojtek Karlowski [online], scholar.google.com [dostęp 2021-02-18].
  17. ↑ ORCID, Wojciech Karlowski (0000-0002-8086-5404) [online], orcid.org [dostęp 2021-02-18] (ang.).
  18. ↑ https://www.researchgate.net/profile/Wojciech_Karlowski
Źródło: „https://pl.wikipedia.org/w/index.php?title=Wojciech_Karłowski&oldid=62392162”