W 2010 debiutował w rozgrywkach Pucharu Rosji w meczu z Syzraniem, w którym przegrał dopiero po serii rzutów karnych. 27 kwietnia 2010 startował w rozgrywkach Drugiej Dywizji Rosji, w grupie Uralsko-Nadwołżańskiej. Po zakończeniu sezonu 2011/12 zajął drugie miejsce w grupie. 2 lipca 2012 na Nadzwyczajnym Walnym Zgromadzeniu FNL otrzymał promocję do rozgrywek FNL w miejsce niezdającego licencji klubu Dinamo Briańsk.
W debiutowym sezonie w Pierwszej Dywizji zajął 6 miejsce. Rok później Ufimcy finiszowali na 4-tej pozycji, a po wygranym barażu z Tomem Tomsk awansowali na najwyższy poziom rozgrywkowy - do Priemjer-Ligi.
W pierwszych dwóch sezonach po awansie do rosyjskiej ekstraklasy, drużyna FK Ufa zajęła 12 miejsce. W sezonie 2016/17 została sklasyfikowana na siódmym miejscu, natomiast sezon 2017/18 zakończyła na szóstej pozycji.
Q – runda eliminacyjna, 1/16, 1/8, 1/4, 1/2 – odpowiednia faza rozgrywek, Grupa – runda grupowa, 1r gr – pierwsza runda grupowa, 2r gr – druga runda grupowa, F – finał, R – runda, PO – play-off
k. – rzuty karne, los. – losowanie, Dogr. – dogrywka, w. – zasada bramek strzelonych na wyjeździe
Rosja
Baszkortostan
Domžale
Progrès Niedercorn
Rangers
