Jako piłkarz Funkel występował tylko w dwóch klubach: najpierw przez pięć lat, od 1975 do 1980 roku, w Bayer Uerdingen. Po awansie do Bundesligi, zmienił drużynę na 1. FC Kaiserslautern. W roku 1983 powrócił do Bayeru Uerdingen, gdzie grał do 1990 roku.
Największe sukcesy Friedhelm Funkel osiągał ze swoją macierzystą drużyną: w sezonie 1984/1985 zdobył Puchar Niemiec, a rok później zajął trzecie miejsce w Bundeslidze.